PDB-7a9h: Truncated 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXS) from Myco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a9h

タイトル

Truncated 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXS) from Mycobacterium tuberculosis

要素

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase,1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity / thiamine binding / thiamine biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / positive regulation of gene expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.849 Å

データ登録者

Gierse, R.M. / Reddem, E. / Grooves, M.R.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: First crystal structures of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXPS) from Mycobacterium tuberculosis indicate a distinct mechanism of intermediate stabilization.
著者: Gierse, R.M. / Oerlemans, R. / Reddem, E.R. / Gawriljuk, V.O. / Alhayek, A. / Baitinger, D. / Jakobi, H. / Laber, B. / Lange, G. / Hirsch, A.K.H. / Groves, M.R.

履歴

登録	2020年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月5日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a9h.cif.gz	407.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a9h.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a9h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7a9h_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7a9h_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7a9h_validation.xml.gz	44.1 KB	表示
CIF形式データ	7a9h_validation.cif.gz	65.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/7a9h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/7a9h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a9gC 2o1xS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (8) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4)

登録構造単位

AAA: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase,1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

BBB: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase,1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

ヘテロ分子

134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.987, 76.100, 79.148
Angle α, β, γ (deg.)	108.956, 106.530, 107.594
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase,1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate synthase / DXPS 分子量: 66690.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: dxs, Rv2682c, MTCY05A6.03c / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WNS3, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 666 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M DL-Malic acid, MES monohydrate, Tris (MMT)-buffer, pH 5.0 + 25% PEG1500 PH範囲: 5.0 +

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033213 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日 / 詳細: double crystal monochromator
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033213 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.849→43.832 Å / Num. obs: 93268 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0233 / R_pim(I) all: 0.0233 / Net I/σ(I): 20.99
反射シェル	解像度: 1.85→1.916 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.0852 / Mean I/σ(I) obs: 6.54 / Num. unique obs: 6412 / CC_1/2: 0.979 / R_pim(I) all: 0.0852 / % possible all: 62.53

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	VERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190315	データ削減
XDS	VERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190315	データスケーリング
MOLREP	11.6.02	位相決定
Coot	0.8.9.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2o1x

2o1x

解像度: 1.849→43.832 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / WR_factor R_free: 0.178 / WR_factor R_work: 0.154 / Average fsc free: 0.9572 / Average fsc work: 0.9631 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1736	2101	2.253 %
R_work	0.1507	91167	-
all	0.151	-	-
obs	-	93268	90.85 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.252 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.044 Å²	0.233 Å²	-0.22 Å²
2-	-	0.678 Å²	0.079 Å²
3-	-	-	-0.432 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.849→43.832 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8162	0	54	666	8882

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	8550
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	8074
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.37	1.633	11649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.358	1.575	18601
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.254	5	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.325	20.234	470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.088	15	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.616	15	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	7221
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	4093
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.063	0.2	3569
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	526
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.085	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.147	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.318	1.92	4406
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.314	1.919	4404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.039	2.869	5509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.038	2.869	5509
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.804	2.129	4144
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.805	2.131	4137
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.864	3.102	6115
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.863	3.102	6116
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.36	22.886	9477
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.36	22.886	9478

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.849-1.897	0.207	100	0.173	4356	X-RAY DIFFRACTION	58.794
1.897-1.949	0.192	128	0.167	5553	X-RAY DIFFRACTION	76.5427
1.949-2.005	0.224	152	0.164	6574	X-RAY DIFFRACTION	93.1579
2.005-2.067	0.178	148	0.156	6421	X-RAY DIFFRACTION	94.8045
2.067-2.135	0.175	144	0.142	6258	X-RAY DIFFRACTION	94.5922
2.135-2.209	0.188	140	0.146	6096	X-RAY DIFFRACTION	94.5565
2.209-2.293	0.157	135	0.137	5851	X-RAY DIFFRACTION	94.7152
2.293-2.386	0.16	130	0.139	5637	X-RAY DIFFRACTION	94.7585
2.386-2.492	0.16	125	0.129	5415	X-RAY DIFFRACTION	95.3857
2.492-2.614	0.197	119	0.141	5185	X-RAY DIFFRACTION	95.0878
2.614-2.755	0.19	114	0.154	4921	X-RAY DIFFRACTION	94.9463
2.755-2.922	0.166	108	0.149	4684	X-RAY DIFFRACTION	95.3252
2.922-3.123	0.165	100	0.154	4374	X-RAY DIFFRACTION	95.4148
3.123-3.373	0.179	94	0.164	4061	X-RAY DIFFRACTION	95.0801
3.373-3.694	0.165	88	0.156	3805	X-RAY DIFFRACTION	95.6981
3.694-4.128	0.169	78	0.141	3400	X-RAY DIFFRACTION	95.2355
4.128-4.764	0.13	69	0.13	2992	X-RAY DIFFRACTION	94.9736
4.764-5.827	0.184	59	0.172	2545	X-RAY DIFFRACTION	95.8763
5.827-8.211	0.171	45	0.175	1969	X-RAY DIFFRACTION	95.6315
8.211-43.832	0.201	25	0.168	1070	X-RAY DIFFRACTION	93.2709

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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