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- PDB-7a7e: Structure of a delta-N mutant - E232start - of PA1120 (TpbB or Yf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a7e
タイトルStructure of a delta-N mutant - E232start - of PA1120 (TpbB or YfiN) from Pseudomonas aeruginosa (PAO1) comprising only the GGDEF domain
要素Diguanylate cyclase TpbB
キーワードLIGASE / c-di-GMP / GTP / diguanylate cyclase / biofilm
機能・相同性
機能・相同性情報


diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / GTP binding / signal transduction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Periplasmic sensor domain CHASE8 / Periplasmic sensor domain / : / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HAMP domain profile. ...Periplasmic sensor domain CHASE8 / Periplasmic sensor domain / : / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Diguanylate cyclase TpbB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Giardina, G. / Rinaldo, S. / Mantoni, F. / Brunotti, P.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry of EducationRBFR10LHD1 イタリア
引用ジャーナル: Life / 年: 2021
タイトル: Studying GGDEF Domain in the Act: Minimize Conformational Frustration to Prevent Artefacts.
著者: Mantoni, F. / Scribani Rossi, C. / Paiardini, A. / Di Matteo, A. / Cappellacci, L. / Petrelli, R. / Ricciutelli, M. / Paone, A. / Cutruzzola, F. / Giardina, G. / Rinaldo, S.
履歴
登録2020年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diguanylate cyclase TpbB
B: Diguanylate cyclase TpbB
C: Diguanylate cyclase TpbB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7516
ポリマ－67,6783
非ポリマー733
水1267
1
A: Diguanylate cyclase TpbB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5842
ポリマ－22,5591
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Diguanylate cyclase TpbB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5842
ポリマ－22,5591
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Diguanylate cyclase TpbB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5842
ポリマ－22,5591
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.642, 85.104, 126.975
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Diguanylate cyclase TpbB


分子量: 22559.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DeltaN Mutant (E232start) missing the first 232 N-terminal residues
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: tpbB, PA1120 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4L5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.31 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein concentration: 2.5 mg/ml Protein Buffer: Buffer 250mM NaCl 10mM Tris pH 8 2% Gly, 5mM MgCl2 Precipitant: 0.2 M Ammonio Acetate, 0.1M Tri Sodium Citrate pH 5.5, 30% w/v PEG 4K Cryo: +20% GLY

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91801 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.64 Å / Num. obs: 21951 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.255 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.265 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 290324
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-2.9513.51.7034293131750.6820.4781.771.7100
8.85-49.6411.10.036871778210.0110.03848.499.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.609
最高解像度最低解像度
Rotation42.88 Å3.23 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.2.7データスケーリング
MOLREP11.2.05位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IOB

4iob


解像度: 2.8→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.1795 / WRfactor Rwork: 0.1786 / FOM work R set: 0.7413 / SU R Cruickshank DPI: 0.587 / SU Rfree: 0.2852 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.587 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2236 2195 10 %RANDOM
Rwork0.2192 ---
obs0.2196 19705 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 170.44 Å2 / Biso mean: 64.349 Å2 / Biso min: 32.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.53 Å20 Å20 Å2
2--10.18 Å2-0 Å2
3----6.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3799 0 3 7 3809
Biso mean--64.52 46.84 -
残基数----520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0123850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.521.6195235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4065517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.46221.34194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.33915590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2921533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022949
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 177 -
Rwork0.397 1427 -
all-1604 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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