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- PDB-7a73: Crystal structure of the two-domain cyclophilinA from Anabaena sp. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a73
タイトルCrystal structure of the two-domain cyclophilinA from Anabaena sp.
要素Alr5059 protein
キーワードPLANT PROTEIN / immunophilin
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP38-like, PsbQ-like domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, E. coli cyclophilin A-like / PsbQ-like domain superfamily / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
peptidylprolyl isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.14 Å
データ登録者Yadav, S. / Schleiff, E. / Yildiz, O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)DFG SCHL585/7-2) ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The two-domain cyclophilin family protein anaCyp40 of Anabaena sp. regulates photosystem assembly and phycobilisome association
著者: Yadav, S. / Schleiff, E. / Yildiz, O.
履歴
登録2020年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alr5059 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3752
ポリマ－41,3351
非ポリマー401
水10,611589
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.120, 103.060, 44.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.740, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Alr5059 protein


分子量: 41335.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: alr5059 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YM80
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200mM ammonium citrate 20% PEG 3350 10% Morpheus additive screen

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月8日
放射モノクロメーター: Synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.14→37.38 Å / Num. obs: 115078 / % possible obs: 94.99 % / 冗長度: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 14.78 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.2 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.14→1.18 Å / Rmerge(I) obs: 1.8 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 11028 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 1 / Rrim(I) all: 1 / % possible all: 91.14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3rfy

3rfy


解像度: 1.14→37.38 Å / SU ML: 0.1231 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 21.8212
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1981 11031 4.85 %
Rwork0.1791 216475 -
obs0.1801 115074 94.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.14→37.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2608 0 1 589 3198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712654
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10363597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0796409
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3678362
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.14-1.150.29583840.29616778X-RAY DIFFRACTION89.79
1.15-1.170.283560.28116902X-RAY DIFFRACTION90.22
1.17-1.180.25343780.25876885X-RAY DIFFRACTION90.37
1.18-1.20.2893670.25386877X-RAY DIFFRACTION91.15
1.2-1.210.25393250.24497010X-RAY DIFFRACTION91.2
1.21-1.230.23533080.23237004X-RAY DIFFRACTION92.25
1.23-1.250.24763910.23557071X-RAY DIFFRACTION91.67
1.25-1.260.23493570.23026970X-RAY DIFFRACTION92.56
1.26-1.280.24123630.23247074X-RAY DIFFRACTION92.01
1.28-1.30.27213500.23097104X-RAY DIFFRACTION93.29
1.3-1.330.23843630.21637083X-RAY DIFFRACTION93.06
1.33-1.350.22363920.21287115X-RAY DIFFRACTION94.11
1.35-1.380.22453240.20997212X-RAY DIFFRACTION93.91
1.38-1.410.22663790.21197179X-RAY DIFFRACTION94.46
1.41-1.440.23513450.20857306X-RAY DIFFRACTION94.78
1.44-1.470.22313550.20427201X-RAY DIFFRACTION94.79
1.47-1.510.21693450.19747232X-RAY DIFFRACTION95.22
1.51-1.550.19353600.19227282X-RAY DIFFRACTION95.76
1.55-1.590.21533640.19017419X-RAY DIFFRACTION95.79
1.59-1.640.21913340.18957379X-RAY DIFFRACTION95.99
1.64-1.70.21244180.19547272X-RAY DIFFRACTION96.33
1.7-1.770.21843200.19587392X-RAY DIFFRACTION96.68
1.77-1.850.22613280.20237431X-RAY DIFFRACTION96.89
1.85-1.950.21094090.19597359X-RAY DIFFRACTION97.17
1.95-2.070.21784310.19147380X-RAY DIFFRACTION97.7
2.07-2.230.20213810.18067466X-RAY DIFFRACTION97.82
2.23-2.460.18683710.18017534X-RAY DIFFRACTION98.32
2.46-2.810.2123860.17737480X-RAY DIFFRACTION98.57
2.81-3.540.1813950.15637536X-RAY DIFFRACTION99.09
3.54-37.380.15144520.13147542X-RAY DIFFRACTION99.5
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.3983170096 Å / Origin y: 39.4622726279 Å / Origin z: 44.3890157532 Å
111213212223313233
T0.0651080765559 Å20.0153928791145 Å20.000401509073383 Å2-0.129604978507 Å2-0.00842378850809 Å2--0.0943281615405 Å2
L0.580995704465 °2-0.0633033909461 °20.106958313177 °2-1.19764042788 °20.433299962421 °2--0.793026895199 °2
S-0.0308628078768 Å °-0.0704242081517 Å °0.0585056220524 Å °0.0361850230216 Å °-0.0136051989367 Å °-0.00761494503303 Å °-0.0493041344482 Å °-0.049542192491 Å °0.037260868063 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resseq 42:375)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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