PDB-7a63: Crystal structure of L1 with hydrolyzed faropenem (imine, ring-cl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a63

タイトル

Crystal structure of L1 with hydrolyzed faropenem (imine, ring-closed form)

要素

Metallo-beta-lactamase L1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / metallo-beta-lactamase / antibiotic / faropenem / catalysis

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57000109226 Å

データ登録者

Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Faropenem reacts with serine and metallo-beta-lactamases to give multiple products.
著者: Lucic, A. / Hinchliffe, P. / Malla, T.R. / Tooke, C.L. / Brem, J. / Calvopina, K. / Lohans, C.T. / Rabe, P. / McDonough, M.A. / Armistead, T. / Orville, A.M. / Spencer, J. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2020年8月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7a63.ent.gz	136.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7a63_validation.pdf.gz	821 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7a63_full_validation.pdf.gz	824.5 KB	表示
XML形式データ	7a63_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	7a63_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/7a63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/7a63	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7a5zC 7a60C 7a61C 1smlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7l52-1 5evb-1 6uac-1 2hb9-1 6u0y-d 6uaf-1 5dpx-1 2aio-1 5hh6-1 6u13-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase L1

ヘテロ分子

29.7 kDa, 1 ポリマー
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1

A: Metallo-beta-lactamase L1

ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase L1

ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase L1

ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, assembly as in PDB 2HB9
119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.300, 105.300, 98.099
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22
Space group name Hall	P6₄2(x,y,z+1/6)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+2/3 #3: y,-x+y,z+1/3 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+1/3 #11: -x+y,y,-z #12: x,x-y,-z+2/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-303- ZN
2	1	A-409- HOH

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase L1 / Class B3 metallo-beta-lactamase L1 / Beta-lactamase type II / Penicillinase 分子量: 28894.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SoluBL21 / 参照: UniProt: P52700, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-R3N / (2R,5S)-2-[(1S,2R)-1-carboxy-2-hydroxy-propyl]-5-[(2R)-tetrahydrofuran-2-yl]-2,5-dihydrothiazole-4-carboxylic acid / (2~{R},5~{S})-2-[(2~{S},3~{R})-1,3-bis(oxidanyl)-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-5-[(2~{R})-oxolan-2-yl]-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid 分子量: 303.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₇NO₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Hepes pH 7.75, 2.0 M ammonium sulphate, 1.5% PEG400. 2 ul protein (15 mg/ml) mixed with 2 ul reservoir.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→52.65 Å / Num. obs: 45278 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 72.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.4760197843 Å² / CC_1/2: 0.911 / R_pim(I) all: 0.012 / Net I/σ(I): 32.3
反射シェル	解像度: 1.57→1.6 Å / Num. unique obs: 2194 / CC_1/2: 0.846 / R_pim(I) all: 0.552 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SML

1sml

解像度: 1.57000109226→52.65 Å / SU ML: 0.15001859961 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34352566284 / 位相誤差: 23.2433365783
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.192818172569	2337	5.17104040359 %
R_work	0.169183211044	42857	-
obs	0.170409688506	45194	99.9027366373 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.8090325092 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57000109226→52.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2001	0	38	214	2253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0087650250064	2145
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.07145614598	2942
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0557431350773	325
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00741334868501	388
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.2513303847	766

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57000109226-1.602	0.32591663874	128	0.293599089307	2482	X-RAY DIFFRACTION	99.9234303216
1.602-1.6369	0.324668960828	136	0.269873579405	2456	X-RAY DIFFRACTION	99.57741068
1.6369-1.675	0.293619552518	136	0.249916125215	2477	X-RAY DIFFRACTION	99.7709049255
1.675-1.7169	0.294346198547	133	0.247027440374	2473	X-RAY DIFFRACTION	99.9233128834
1.7169-1.7633	0.252722906063	132	0.231194604506	2465	X-RAY DIFFRACTION	99.807840123
1.7633-1.8152	0.270330983201	124	0.231408355789	2515	X-RAY DIFFRACTION	99.810892587
1.8152-1.8738	0.278377793469	130	0.212048717642	2486	X-RAY DIFFRACTION	99.8092331171
1.8738-1.9407	0.235729992374	143	0.197806696478	2486	X-RAY DIFFRACTION	99.9239832763
1.9407-2.0184	0.208241692904	145	0.190998483826	2477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0184-2.1103	0.21304271736	135	0.179564814395	2520	X-RAY DIFFRACTION	99.9247271359
2.1103-2.2216	0.181708464682	141	0.170035235533	2492	X-RAY DIFFRACTION	99.9240986717
2.2216-2.3608	0.182450260837	139	0.16110892428	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3608-2.543	0.166339132677	147	0.149899498441	2518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.543-2.7989	0.176498802565	131	0.150019824069	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7989-3.2039	0.190821150253	147	0.164442564767	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2039-4.0363	0.175429010846	141	0.147380576359	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.9635169646
4.0363-52.65	0.171065706771	149	0.160468700772	2769	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.904532998132	0.495976421375	-1.59272763378	1.83726925104	-0.877643192012	2.32794016574	0.11215764392	-0.218115049059	0.0830607790074	0.147083823552	0.0941222083544	0.285738566768	0.00508741306208	0.0464438099409	-0.180671343069	0.240444702879	-0.0343122073316	-0.0118170713468	0.25855031479	0.0440110403394	0.220056971708	-25.0394484202	20.0341914664	-7.76085504238
2	2.2783313631	-0.477797663464	-0.645820403828	2.88474585451	0.0122402749576	2.40177348745	-0.121990338551	0.0192137776373	-0.187691553531	-0.148317783218	0.356929642077	0.792990860975	0.15139392451	-0.350845231776	-0.225621021058	0.226314593342	-0.0708407829908	-0.0275315947622	0.317102550674	0.154062238538	0.363956152326	-36.2854583208	21.8888692569	-8.49970013053
3	3.81744086875	0.993940570486	0.171967514483	3.78602972182	1.04411511539	2.05148098036	-0.147721111713	0.216610749892	0.106909443748	-0.136096806984	0.317870009982	0.76521848338	0.0668169941181	-0.430703023673	-0.144947673721	0.182311533093	-0.0678168439633	-0.0259941811034	0.322652951225	0.142547397441	0.284806020804	-34.9176206311	29.2957473971	-9.3194100075
4	1.14426429086	-0.877681732048	0.202899632109	2.8723756751	-0.0939839597089	1.60466434667	-0.174010357473	-0.143020822523	-0.107220662481	0.0820645697654	0.292908379827	0.331926043581	0.00931162654524	-0.0732589221209	-0.103780793755	0.175346221506	-0.0244738062951	0.0145441728489	0.256439206732	0.0672616951894	0.169459464836	-30.1118841117	36.4306593722	-6.94868347614
5	3.22451417981	0.0758179317215	-0.57094190148	2.87034523751	-0.350109887345	1.56041422296	-0.273005259684	-0.331946097344	-0.186597222739	0.517670395808	0.395708345135	0.32258172539	0.112901954559	-0.102400521382	-0.108660358908	0.309070505312	0.104268588801	0.0675209609657	0.325897246957	0.0995316001011	0.197868030898	-28.5429363052	31.8389993449	5.45410116611
6	2.0888345599	3.06398005012	-7.50743242857	3.5221103058	-3.63497771641	6.94687007267	-0.256147457799	-0.580374661393	0.427509903018	0.980521078654	0.494249797607	0.318791242773	-0.406604936544	0.0465023549202	-0.191589666989	0.517861827473	0.213898010135	0.0277769297236	0.478066045716	0.0300601934853	0.21472279026	-24.5457623422	35.8187390888	13.4664108979
7	1.58723563527	-0.331968392648	-1.00100152827	1.3967219683	1.27583014739	3.49549082158	-0.105533208182	-0.183296105274	-0.155243777623	0.589850875577	0.331449654967	0.517888068298	0.343977409386	-0.0673513210201	-0.181137575433	0.387812960961	0.103286105907	0.117154852036	0.442948715136	0.199900220818	0.33572231719	-32.9737730526	18.5410777873	7.42036358568
8	7.65364063201	3.67062086813	0.332647498946	3.58462822362	-0.0690872278663	0.617356105847	-0.0228162627744	-0.588434555713	-0.304894317845	0.65217742866	0.131000267295	-0.16386851907	0.16791853383	0.0274247477306	-0.118769136451	0.472230932827	0.174079322235	0.00511110960339	0.502117981755	0.093990434342	0.246224800972	-17.3527494571	28.2448095098	14.5153378877

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 71 through 92 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 93 through 156 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 157 through 201 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 202 through 215 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 216 through 245 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 246 through 267 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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