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- PDB-7a5x: Two copies of the catalytic domain of NanA sialidase from Strepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a5x
タイトルTwo copies of the catalytic domain of NanA sialidase from Streptococcus pneumoniae juxtaposed in the P212121 space group, in complex with DANA derivatized with a PEG linker on the glycerol group.
要素Sialidase A
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Sialidase / Catalytic domain / CA170
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Laminin G domain / Laminin G domain / Sialidase family / Sialidase / YSIRK type signal peptide ...: / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Laminin G domain / Laminin G domain / Sialidase family / Sialidase / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / Sialidase superfamily / LPXTG cell wall anchor domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R7H / Sialidase A
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Bridot, C. / Bouckaert, J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-17-CE07-0028-03 フランス
引用
ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: Polyvalent Transition-State Analogues of Sialyl Substrates Strongly Inhibit Bacterial Sialidases*.
著者: Assailly, C. / Bridot, C. / Saumonneau, A. / Lottin, P. / Roubinet, B. / Krammer, E.M. / Francois, F. / Vena, F. / Landemarre, L. / Alvarez Dorta, D. / Deniaud, D. / Grandjean, C. / Tellier, ...著者: Assailly, C. / Bridot, C. / Saumonneau, A. / Lottin, P. / Roubinet, B. / Krammer, E.M. / Francois, F. / Vena, F. / Landemarre, L. / Alvarez Dorta, D. / Deniaud, D. / Grandjean, C. / Tellier, C. / Pascual, S. / Montembault, V. / Fontaine, L. / Daligault, F. / Bouckaert, J. / Gouin, S.G.
#1: ジャーナル: Chemistry / 年: 2019
タイトル: Multivalent Thiosialosides and Their Synergistic Interaction with Pathogenic Sialidases.
著者: Brissonnet, J.
履歴
登録2020年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialidase A
B: Sialidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,62212
ポリマ－112,2832
非ポリマー1,33910
水13,439746
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area35480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.203, 96.741, 226.381
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sialidase A / Neuraminidase A


分子量: 56141.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: nanA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62575, exo-alpha-sialidase

-
非ポリマー , 5種, 756分子

#2: 化合物 ChemComp-R7H / (4~{S},5~{R},6~{R})-5-acetamido-6-[(1~{R},2~{S})-3-[[1-(2-ethoxyethyl)-1,2,3-triazol-4-yl]methylsulfanyl]-1,2-bis(oxidanyl)propyl]-4-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid


分子量: 462.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H30N4O8S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 746 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Tris pH=8,5 35% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→56.6 Å / Num. obs: 80186 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.43 % / Biso Wilson estimate: 38.564 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rrim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 10.02
反射 シェル解像度: 1.94→2.06 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1628 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 12318 / CC1/2: 0.477 / Rrim(I) all: 0.1731 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660モデル構築
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YA5

2ya5


解像度: 1.94→56.6 Å / SU ML: 0.2973 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.0805
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 4008 5 %
Rwork0.1888 76146 -
obs0.1912 80154 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.6 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→56.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7523 0 16 746 8285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0157747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.346110470
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07181101
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00911365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.83332909
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.970.3781080.33352073X-RAY DIFFRACTION79.14
1.97-1.990.35491360.31682570X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.020.38761370.29392609X-RAY DIFFRACTION99.93
2.02-2.040.32281380.2812617X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.070.3291370.27382603X-RAY DIFFRACTION99.96
2.07-2.10.28511370.25342605X-RAY DIFFRACTION99.93
2.1-2.130.29151380.26712630X-RAY DIFFRACTION99.96
2.13-2.160.34561370.26452593X-RAY DIFFRACTION99.93
2.16-2.20.29391370.25172598X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.240.31551400.25642656X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.280.2811350.25672568X-RAY DIFFRACTION99.96
2.28-2.320.29051390.25042651X-RAY DIFFRACTION99.96
2.32-2.370.33491380.25982621X-RAY DIFFRACTION99.96
2.37-2.420.33641380.25362619X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.480.27581390.25032637X-RAY DIFFRACTION99.96
2.48-2.540.30931360.23922585X-RAY DIFFRACTION99.93
2.54-2.610.28221400.2172662X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.680.27081380.2082610X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.770.29521390.20222654X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.870.25671400.19182647X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.990.23841380.1872625X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.120.24961410.18272678X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.290.23691410.17312678X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.490.21541390.16152649X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.760.20551410.16162676X-RAY DIFFRACTION100
3.76-4.140.17071410.14282692X-RAY DIFFRACTION100
4.14-4.740.17631430.12652702X-RAY DIFFRACTION100
4.74-5.970.17411440.13992743X-RAY DIFFRACTION99.97
5.97-56.60.20091530.18042895X-RAY DIFFRACTION99.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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