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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a4k | ||||||
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タイトル | tRNA-guanine transglycosylase C158S/C281S/Y330C/H333A mutant in complex with tetramethylene sulfoxide | ||||||
![]() | Queuine tRNA-ribosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / enzyme / disulfide / fragment | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nguyen, D. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Targeting a Cryptic Pocket in a Protein-Protein Contact by Disulfide-Induced Rupture of a Homodimeric Interface. 著者: Nguyen, D. / Xie, X. / Jakobi, S. / Terwesten, F. / Metz, A. / Nguyen, T.X.P. / Palchykov, V.A. / Heine, A. / Reuter, K. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 283.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 193.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 562.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 563.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42910.605 Da / 分子数: 1 / 変異: C158S/C281S/Y330C/H333A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: pPR-IBA2 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-QZT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 % / 解説: hexagonal bipyramidal |
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結晶化 | 温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS, pH 8.5, 4% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→42.81 Å / Num. obs: 63158 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 15.6 % / Biso Wilson estimate: 27.71 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 25.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.68→1.78 Å / 冗長度: 15.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 10078 / CC1/2: 0.615 / Rsym value: 1.749 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1PUD 解像度: 1.68→42.81 Å / SU ML: 0.1704 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.4301 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.68→42.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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