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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a3x | ||||||
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タイトル | tRNA-guanine transglycosylase C158S/C281S/Y330C/H333A mutant in complex with sulfolane | ||||||
要素 | Queuine tRNA-ribosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / enzyme / disulfide / fragment | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Nguyen, D. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021 タイトル: Targeting a Cryptic Pocket in a Protein-Protein Contact by Disulfide-Induced Rupture of a Homodimeric Interface. 著者: Nguyen, D. / Xie, X. / Jakobi, S. / Terwesten, F. / Metz, A. / Nguyen, T.X.P. / Palchykov, V.A. / Heine, A. / Reuter, K. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a3x.cif.gz | 189.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7a3x.ent.gz | 124.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a3x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7a3x_validation.pdf.gz | 1017.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7a3x_full_validation.pdf.gz | 1017.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7a3x_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7a3x_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/7a3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/7a3x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42910.605 Da / 分子数: 1 / 変異: C158S/C281S/Y330C/H333A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4) (バクテリア) 株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: pPR-IBA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.31 % / 解説: hexagonal bipyramidal |
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結晶化 | 温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS, pH 8.5, 4% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→42.8 Å / Num. obs: 47943 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 31.52 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→2.05 Å / 冗長度: 10.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 7607 / CC1/2: 0.611 / Rsym value: 1.604 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1PUD 解像度: 1.85→42.79 Å / SU ML: 0.2059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.2888 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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