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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a3u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Zika virus envelope glycoprotein in complex with the divalent F(ab')2 fragment of the broadly neutralizing human antibody EDE1 C10 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / FLAVIVIRUS / CLASS 2 FUSION PROTEIN / immunocomplex / ZIKA / ANTIBODY / F(ab')2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Zika virus (ジカ熱ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Sharma, A. / Vaney, M.C. / Guardado-Calvo, P. / Duquerroy, S. / Rouvinski, A. / Rey, F.A. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2021 タイトル: The epitope arrangement on flavivirus particles contributes to Mab C10's extraordinary neutralization breadth across Zika and dengue viruses. 著者: Arvind Sharma / Xiaokang Zhang / Wanwisa Dejnirattisai / Xinghong Dai / Danyang Gong / Wiyada Wongwiwat / Stéphane Duquerroy / Alexander Rouvinski / Marie-Christine Vaney / Pablo Guardado- ...著者: Arvind Sharma / Xiaokang Zhang / Wanwisa Dejnirattisai / Xinghong Dai / Danyang Gong / Wiyada Wongwiwat / Stéphane Duquerroy / Alexander Rouvinski / Marie-Christine Vaney / Pablo Guardado-Calvo / Ahmed Haouz / Patrick England / Ren Sun / Z Hong Zhou / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton / Felix A Rey / 要旨: The human monoclonal antibody C10 exhibits extraordinary cross-reactivity, potently neutralizing Zika virus (ZIKV) and the four serotypes of dengue virus (DENV1-DENV4). Here we describe a comparative ...The human monoclonal antibody C10 exhibits extraordinary cross-reactivity, potently neutralizing Zika virus (ZIKV) and the four serotypes of dengue virus (DENV1-DENV4). Here we describe a comparative structure-function analysis of C10 bound to the envelope (E) protein dimers of the five viruses it neutralizes. We demonstrate that the C10 Fab has high affinity for ZIKV and DENV1 but not for DENV2, DENV3, and DENV4. We further show that the C10 interaction with the latter viruses requires an E protein conformational landscape that limits binding to only one of the three independent epitopes per virion. This limited affinity is nevertheless counterbalanced by the particle's icosahedral organization, which allows two different dimers to be reached by both Fab arms of a C10 immunoglobulin. The epitopes' geometric distribution thus confers C10 its exceptional neutralization breadth. Our results highlight the importance not only of paratope/epitope complementarity but also the topological distribution for epitope-focused vaccine design. #1: ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: Structural basis of potent Zika-dengue virus antibody cross-neutralization. 著者: Barba-Spaeth, G. / Dejnirattisai, W. / Rouvinski, A. / Vaney, M.C. / Medits, I. / Sharma, A. / Simon-Loriere, E. / Sakuntabhai, A. / Cao-Lormeau, V.M. / Haouz, A. / England, P. / Stiasny, K. ...著者: Barba-Spaeth, G. / Dejnirattisai, W. / Rouvinski, A. / Vaney, M.C. / Medits, I. / Sharma, A. / Simon-Loriere, E. / Sakuntabhai, A. / Cao-Lormeau, V.M. / Haouz, A. / England, P. / Stiasny, K. / Mongkolsapaya, J. / Heinz, F.X. / Screaton, G.R. / Rey, F.A. #2: ジャーナル: Nature / 年: 2015 タイトル: Recognition determinants of broadly neutralizing human antibodies against dengue viruses. 著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M.C. / Kikuti, C.M. / Navarro Sanchez, M.E. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / ...著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M.C. / Kikuti, C.M. / Navarro Sanchez, M.E. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / Petres, S. / Shepard, W.E. / Despres, P. / Arenzana-Seisdedos, F. / Dussart, P. / Mongkolsapaya, J. / Screaton, G.R. / Rey, F.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a3u.cif.gz | 342.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7a3u.ent.gz | 280.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a3u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7a3u_validation.pdf.gz | 442.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7a3u_full_validation.pdf.gz | 455.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7a3u_validation.xml.gz | 30.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7a3u_validation.cif.gz | 41.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/7a3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/7a3u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45138.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Zika virus envelope protein ectodomain / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, BKC09_64228gpGP1 / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: A0A1U9YHM2, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase |
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#2: 抗体 | 分子量: 28907.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Heavy chain from the Fab' fragment of broadly neutralising antibody EDE1 C10 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
#3: 抗体 | 分子量: 22800.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Light chain from the Fab' fragment of broadly neutralising antibody EDE1 C10 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 % / 解説: rods |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris (8.5), 17% (w/v) PEG 20,000, 100 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→47.64 Å / Num. obs: 21545 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / Num. unique obs: 3427 / CC1/2: 0.25 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: D_1292110180 解像度: 3→19.93 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.83 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 288.94 Å2 / Biso mean: 140.1196 Å2 / Biso min: 59.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→19.93 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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