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- PDB-7a3q: Crystal structure of dengue 4 virus envelope glycoprotein in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a3q
タイトルCrystal structure of dengue 4 virus envelope glycoprotein in complex with the scFv fragment of the broadly neutralizing human antibody EDE1 C10
要素
  • (Single Chain Variable ...) x 2
  • Envelope protein E
キーワードVIRAL PROTEIN / FLAVIVIRUS / CLASS 2 FUSION PROTEIN / DENGUE / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain ...Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3CX / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 4 (デング熱ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sharma, A. / Vaney, M.C. / Guardado-Calvo, P. / Duquerroy, S. / Rouvinski, A. / Rey, F.A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust フランス
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: The epitope arrangement on flavivirus particles contributes to Mab C10's extraordinary neutralization breadth across Zika and dengue viruses.
著者: Arvind Sharma / Xiaokang Zhang / Wanwisa Dejnirattisai / Xinghong Dai / Danyang Gong / Wiyada Wongwiwat / Stéphane Duquerroy / Alexander Rouvinski / Marie-Christine Vaney / Pablo Guardado- ...著者: Arvind Sharma / Xiaokang Zhang / Wanwisa Dejnirattisai / Xinghong Dai / Danyang Gong / Wiyada Wongwiwat / Stéphane Duquerroy / Alexander Rouvinski / Marie-Christine Vaney / Pablo Guardado-Calvo / Ahmed Haouz / Patrick England / Ren Sun / Z Hong Zhou / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton / Felix A Rey /
要旨: The human monoclonal antibody C10 exhibits extraordinary cross-reactivity, potently neutralizing Zika virus (ZIKV) and the four serotypes of dengue virus (DENV1-DENV4). Here we describe a comparative ...The human monoclonal antibody C10 exhibits extraordinary cross-reactivity, potently neutralizing Zika virus (ZIKV) and the four serotypes of dengue virus (DENV1-DENV4). Here we describe a comparative structure-function analysis of C10 bound to the envelope (E) protein dimers of the five viruses it neutralizes. We demonstrate that the C10 Fab has high affinity for ZIKV and DENV1 but not for DENV2, DENV3, and DENV4. We further show that the C10 interaction with the latter viruses requires an E protein conformational landscape that limits binding to only one of the three independent epitopes per virion. This limited affinity is nevertheless counterbalanced by the particle's icosahedral organization, which allows two different dimers to be reached by both Fab arms of a C10 immunoglobulin. The epitopes' geometric distribution thus confers C10 its exceptional neutralization breadth. Our results highlight the importance not only of paratope/epitope complementarity but also the topological distribution for epitope-focused vaccine design.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis of potent Zika-dengue virus antibody cross-neutralization.
著者: Barba-Spaeth, G. / Dejnirattisai, W. / Rouvinski, A. / Vaney, M.C. / Medits, I. / Sharma, A. / Simon-Loriere, E. / Sakuntabhai, A. / Cao-Lormeau, V.M. / Haouz, A. / England, P. / Stiasny, K. ...著者: Barba-Spaeth, G. / Dejnirattisai, W. / Rouvinski, A. / Vaney, M.C. / Medits, I. / Sharma, A. / Simon-Loriere, E. / Sakuntabhai, A. / Cao-Lormeau, V.M. / Haouz, A. / England, P. / Stiasny, K. / Mongkolsapaya, J. / Heinz, F.X. / Screaton, G.R. / Rey, F.A.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Recognition determinants of broadly neutralizing human antibodies against dengue viruses.
著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M.C. / Kikuti, C.M. / Navarro Sanchez, M.E. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / ...著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M.C. / Kikuti, C.M. / Navarro Sanchez, M.E. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / Petres, S. / Shepard, W.E. / Despres, P. / Arenzana-Seisdedos, F. / Dussart, P. / Mongkolsapaya, J. / Screaton, G.R. / Rey, F.A.
履歴
登録2020年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
H: Single Chain Variable Fragment
I: Single Chain Variable Fragment
L: Single Chain Variable Fragment
M: Single Chain Variable Fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,21210
ポリマ－149,2956
非ポリマー9174
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, envelope protein (Chain A and B) are present as dimers on virion surface and in the crystallographic asymmetric unit. Chain H/I (antibody heavy chain fragment) forms a ...根拠: gel filtration, envelope protein (Chain A and B) are present as dimers on virion surface and in the crystallographic asymmetric unit. Chain H/I (antibody heavy chain fragment) forms a heterodimer with chain L/M (antibody light chain fragment) .
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11780 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area55890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.985, 133.180, 93.536
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HILM

#2: 抗体 Single Chain Variable Fragment


分子量: 15679.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: variable domain from the heavy chain of broadly neutralising antibody EDE1 C10
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 抗体 Single Chain Variable Fragment


分子量: 15632.767 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: variable domain from the light chain of broadly neutralising antibody EDE1 C10
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Envelope protein E / Matrix protein / Small envelope protein M


分子量: 43335.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DENGUE VIRUS SEROTYPE 4 ENVELOPE PROTEIN ECTODOMAIN
由来: (組換発現) Dengue virus 4 (デング熱ウイルス)
細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: S5S2D1
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 42分子

#5: 化合物 ChemComp-3CX / (2S)-3-(cyclohexylamino)-2-hydroxypropane-1-sulfonic acid


分子量: 237.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO4S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM CAPSO pH 9.6, 16.7% (w/v) PEG 8,000, 200 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.254 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 43980 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.19 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4614 / CC1/2: 0.688 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UAJ, 3FKU

3uaj

3fku


解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9309 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9158 / SU R Cruickshank DPI: 0.731 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.618 / SU Rfree Blow DPI: 0.287 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.299
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2387 2204 5.03 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.2171 43818 99.01 %-
原子変位パラメータBiso max: 181.89 Å2 / Biso mean: 81.58 Å2 / Biso min: 19.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8694 Å20 Å2-3.6286 Å2
2---2.4601 Å20 Å2
3---1.5907 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.503 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9351 0 58 40 9449
Biso mean--110.79 49.38 -
残基数----1212
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3292SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes205HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1393HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9628HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1259SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9507SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9628HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13048HARMONIC20.93
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.79
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3273 177 5.51 %
Rwork0.2732 3038 -
all0.2761 3215 -
obs--99.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.89172.5235-2.86831.115-2.25332.5528-0.0077-0.0213-0.15410.0401-0.10670.00690.3036-0.01490.11440.1434-0.04550.1466-0.2093-0.04110.06117.1008-47.9785316.1767
21.47712.3208-2.95041.5978-2.82532.3229-0.00190.17930.1511-0.06420.1917-0.06880.0326-0.0295-0.1898-0.0850.05570.11970.24690.15420.0353132.84620.6396273.04
31.67773.0172-2.90151.2215-2.78953.5098-0.04160.0279-0.1551-0.18850.04140.00960.0027-0.03370.00010.00610.07820.1384-0.02330.05640.1299147.7705-21.6238285.2806
40.61852.3105-3.08220-2.82574.96930.06030.04340.07870.1296-0.045-0.10440.0892-0.0725-0.01520.2869-0.02090.1628-0.08090.08510.0105110.3268-19.587312.3729
52.9460.213-2.21574.5264-1.71665.7005-0.0148-0.03740.0852-0.00320.01930.2375-0.0683-0.2121-0.0045-0.1129-0.13790.0678-0.03380.1043-0.084987.7877-45.6614335.8619
62.97181.0399-0.94585.3129-1.55622.2458-0.02110.17450.2131-0.0974-0.0483-0.0990.01530.0840.0695-0.0279-0.05570.0854-0.06850.0309-0.1049163.1193.7784256.2079
70.0320.03030.01850.027-0.01750.04010.0002-0.00210.00060.0014-0.0005-0.001-0.0002-0.00040.00030.01970.0157-0.00980.02880.00040.033154.0695-18.1628300.9649
80.00020.0013-0.00310.0267-0.0010.00860.0004-0.00050.00110.001-0.00030.0006-0.0011-0.0006-0.00010.01060.0038-0.00680.01560.00060.0224122.8142-11.8942320.2989
93.36270.3325-0.49822.20080.71944.9762-0.1319-0.43990.26380.112-0.0462-0.0404-0.2324-0.19460.1781-0.15310.1192-0.0138-0.08710.0006-0.1114161.15582.7921290.9607
102.7391-0.2985-0.21622.5310.87881.8288-0.1212-0.4030.23460.08940.4239-0.4497-0.16290.3105-0.3027-0.0511-0.13070.1512-0.0772-0.157-0.0498114.2642-22.7507340.8767
110.0008-0.0214-0.01110.0064-0.0095-0.0008-0.0009-0.0108-0.00490.00470.0009-0.00380.00290.00430-0.00290.0188-0.00540.0094-0.03460.0089175.97331.3344298.8772
12-0.00110.01060.013300.02190.04680.00010.0010.0078-0.0026-0.0005-0.0014-0.0073-0.00190.00040.01290.0109-0.00360.001-0.0204-0.001110.706-8.3485348.9979
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1tls3_dom1A0
2X-RAY DIFFRACTION2tls3_dom1B0
3X-RAY DIFFRACTION3tls2_dom2tipA0
4X-RAY DIFFRACTION4tls2_dom2tipB0
5X-RAY DIFFRACTION5tls1_dom3A0
6X-RAY DIFFRACTION6tls1_dom3B0
7X-RAY DIFFRACTION7tls1_sugarsA-10
8X-RAY DIFFRACTION8tls1_sugarsB-10
9X-RAY DIFFRACTION9tls1_scFvU0
10X-RAY DIFFRACTION10tls1_scFvV0
11X-RAY DIFFRACTION11tls1_3CX-U0
12X-RAY DIFFRACTION12tls1_3CX-V0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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