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- PDB-7a3n: Crystal structure of Zika virus envelope glycoprotein in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a3n
タイトルCrystal structure of Zika virus envelope glycoprotein in complex with the Fab fragment of the broadly neutralizing human antibody EDE1 C10
要素
  • (EDE1 C10 Fab) x 2
  • Core protein
キーワードVIRAL PROTEIN / FLAVIVIRUS / CLASS 2 FUSION PROTEIN / ANTIBODY / Fab / IMMUNOCOMPLEX / ZIKA / broadly neutralising antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / serine-type endopeptidase activity ...ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulins / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sharma, A. / Vaney, M.C. / Guardado-Calvo, P. / Duquerroy, S. / Rouvinski, A. / Rey, F.A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust フランス
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: The epitope arrangement on flavivirus particles contributes to Mab C10's extraordinary neutralization breadth across Zika and dengue viruses.
著者: Arvind Sharma / Xiaokang Zhang / Wanwisa Dejnirattisai / Xinghong Dai / Danyang Gong / Wiyada Wongwiwat / Stéphane Duquerroy / Alexander Rouvinski / Marie-Christine Vaney / Pablo Guardado- ...著者: Arvind Sharma / Xiaokang Zhang / Wanwisa Dejnirattisai / Xinghong Dai / Danyang Gong / Wiyada Wongwiwat / Stéphane Duquerroy / Alexander Rouvinski / Marie-Christine Vaney / Pablo Guardado-Calvo / Ahmed Haouz / Patrick England / Ren Sun / Z Hong Zhou / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton / Felix A Rey /
要旨: The human monoclonal antibody C10 exhibits extraordinary cross-reactivity, potently neutralizing Zika virus (ZIKV) and the four serotypes of dengue virus (DENV1-DENV4). Here we describe a comparative ...The human monoclonal antibody C10 exhibits extraordinary cross-reactivity, potently neutralizing Zika virus (ZIKV) and the four serotypes of dengue virus (DENV1-DENV4). Here we describe a comparative structure-function analysis of C10 bound to the envelope (E) protein dimers of the five viruses it neutralizes. We demonstrate that the C10 Fab has high affinity for ZIKV and DENV1 but not for DENV2, DENV3, and DENV4. We further show that the C10 interaction with the latter viruses requires an E protein conformational landscape that limits binding to only one of the three independent epitopes per virion. This limited affinity is nevertheless counterbalanced by the particle's icosahedral organization, which allows two different dimers to be reached by both Fab arms of a C10 immunoglobulin. The epitopes' geometric distribution thus confers C10 its exceptional neutralization breadth. Our results highlight the importance not only of paratope/epitope complementarity but also the topological distribution for epitope-focused vaccine design.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis of potent Zika-dengue virus antibody cross-neutralization.
著者: Barba-Spaeth, G. / Dejnirattisai, W. / Rouvinski, A. / Vaney, M.C. / Medits, I. / Sharma, A. / Simon-Loriere, E. / Sakuntabhai, A. / Cao-Lormeau, V.M. / Haouz, A. / England, P. / Stiasny, K. ...著者: Barba-Spaeth, G. / Dejnirattisai, W. / Rouvinski, A. / Vaney, M.C. / Medits, I. / Sharma, A. / Simon-Loriere, E. / Sakuntabhai, A. / Cao-Lormeau, V.M. / Haouz, A. / England, P. / Stiasny, K. / Mongkolsapaya, J. / Heinz, F.X. / Screaton, G.R. / Rey, F.A.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Recognition determinants of broadly neutralizing human antibodies against dengue viruses.
著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M.C. / Kikuti, C.M. / Navarro Sanchez, M.E. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / ...著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M.C. / Kikuti, C.M. / Navarro Sanchez, M.E. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / Petres, S. / Shepard, W.E. / Despres, P. / Arenzana-Seisdedos, F. / Dussart, P. / Mongkolsapaya, J. / Screaton, G.R. / Rey, F.A.
履歴
登録2020年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Core protein
H: EDE1 C10 Fab
L: EDE1 C10 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9674
ポリマ－96,9273
非ポリマー401
水5,621312
1
A: Core protein
H: EDE1 C10 Fab
L: EDE1 C10 Fab
ヘテロ分子

A: Core protein
H: EDE1 C10 Fab
L: EDE1 C10 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,9358
ポリマ－193,8556
非ポリマー802
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
Buried area4550 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area37860 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.964, 168.610, 220.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-762-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Core protein / Envelope protein E / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Flavivirin protease NS3 ...Envelope protein E / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Flavivirin protease NS3 catalytic subunit / Genome polyprotein / Matrix protein / Non-structural protein 1 / Non-structural protein 2A / Non-structural protein 2B / Non-structural protein 3 / Non-structural protein 4A / Non-structural protein 4B / Peptide 2k / Peptide pr / Protein prM / RNA-directed RNA polymerase NS5 / Serine protease NS3 / Serine protease subunit NS2B / Small envelope protein M


分子量: 45138.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ZIKA virus envelope protein ectodomain / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, BKC09_64228gpGP1 / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A1U9YHM2, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase
#2: 抗体 EDE1 C10 Fab


分子量: 28989.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Heavy chain from the Fab fragment of broadly neutralising antibody EDE1 C10
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 抗体 EDE1 C10 Fab


分子量: 22800.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Light chain from the Fab fragment of broadly neutralising antibody EDE1 C10
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 % / 解説: Rods
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Imidazole (pH 8), 10% PEG 8,000, 200 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→46.58 Å / Num. obs: 68764 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.954 / Rmerge(I) obs: 0.664 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / Num. unique obs: 3874 / CC1/2: 0.111

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LBV, 4UT9

5lbv

4ut9


解像度: 2.1→19.91 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 26.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 1722 2.91 %
Rwork0.2034 57424 -
obs0.2045 59146 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 173.83 Å2 / Biso mean: 52.6209 Å2 / Biso min: 17.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6221 0 1 312 6534
Biso mean--40.67 44.69 -
残基数----821
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1-2.160.32751430.329747524895
2.16-2.230.34121400.319946844824
2.23-2.310.361420.309847194861
2.31-2.40.29881420.286947564898
2.4-2.510.32111430.271647324875
2.51-2.640.2931410.259447424883
2.64-2.810.27981440.23647594903
2.81-3.030.25091440.213447974941
3.03-3.330.23551420.192647714913
3.33-3.810.21591450.160648234968
3.81-4.790.1731450.138648494994
4.79-19.910.19911510.174450405191
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1864-0.48543.71320.0673-0.61916.2430.00970.0850.0108-0.0174-0.07110.01190.07530.11490.08040.1462-0.03410.00720.26880.03530.24037.6406-19.734543.8632
24.01310.16114.17360.28030.01395.94960.00310.2702-0.27850.06230.0209-0.12210.00210.48570.00370.19840.06270.01720.2774-0.03420.3154-2.0291-19.819216.0077
32.3278-0.60460.14021.5724-0.40353.72150.0932-0.17150.22980.02320.00780.1312-0.4285-0.7299-0.0780.19370.02350.01480.45310.02380.32859.3781-18.295950.6849
44.1759-0.0425-0.51231.43130.49511.90270.00540.6581-0.1941-0.171-0.08640.1842-0.053-0.34960.06450.20670.0274-0.01050.3485-0.03870.2432-27.3757-19.28935.3101
52.34870.16021.26384.2752-1.28772.60720.2654-0.1219-0.44190.5391-0.0435-0.64290.53140.4191-0.09660.44870.0992-0.18960.256-0.03580.4425-13.7632-46.925231.5622
61.7288-0.7190.36366.5233-2.49412.3450.3103-0.006-0.39870.4743-0.1281-0.63510.39250.25050.05020.37690.0457-0.19370.2579-0.05850.3345-16.8163-45.515627.8807
74.87811.91581.29134.8360.19083.61710.25540.0291-0.86821.177-0.1211-0.7676-0.2633-0.0491-0.15180.83410.0469-0.17780.38350.01510.8336-31.0391-80.610133
82.52731.42550.71062.41811.15491.81120.18610.1048-0.20740.0358-0.1184-0.02820.3867-0.321-0.01560.308-0.0185-0.0610.2076-0.06310.2323-33.0985-43.958719.8372
92.86530.60450.06342.9199-2.62262.62140.0628-0.759-0.22941.13950.08570.23091.0253-0.5877-0.13491.2818-0.06080.05020.5646-0.04010.4239-41.6356-68.449936.1867
105.5340.30990.01452.1472-3.73756.8597-0.2352-0.64720.01991.50540.17510.2870.4479-0.85640.0571.4335-0.10130.0820.4747-0.11120.5718-42.2795-67.728236.1775
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 129 )A1 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 130 through 208 )A130 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 209 through 278 )A209 - 278
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 279 through 403 )A279 - 403
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 1 through 96 )H1 - 96
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 97 through 119 )H97 - 119
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 120 through 213 )H120 - 213
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 3 through 106A)L3 - 106
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 107 through 161 )L107 - 161
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 162 through 206 )L162 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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