PDB-7a1l: FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA IN COMPLEX WITH ZN(II) AND 3-methyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a1l

タイトル

FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA IN COMPLEX WITH ZN(II) AND 3-methyl-2-oxoglutarate

要素

Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase / Dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Nakashima, Y. / Brewitz, L. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: 2-Oxoglutarate derivatives can selectively enhance or inhibit the activity of human oxygenases.
著者: Nakashima, Y. / Brewitz, L. / Tumber, A. / Salah, E. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2020年8月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a1l.cif.gz	251.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a1l.ent.gz	174.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a1l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7a1l_validation.pdf.gz	349.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7a1l_full_validation.pdf.gz	351.5 KB	表示
XML形式データ	7a1l_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	7a1l_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/7a1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/7a1l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a1jC 7a1kC 7a1mC 7a1nC 7a1oC 7a1pC 7a1qC 7a1sC 1h2kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z1v-d 2w0x-d 1yci-d 3d8c-d 2cgo-d 4z2w-d 5opc-d 5op6-d 5jwl-d 4nr1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (10) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

ヘテロ分子

40.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.550, 86.550, 148.091
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase 分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-ROQ / (3~{S})-3-methyl-2-oxidanylidene-pentanedioic acid 分子量: 160.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.23 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 6% PEG 400, 0.1M HEPES PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→74.05 Å / Num. obs: 48385 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.1 % / B_iso Wilson estimate: 63.09 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 2.29→2.33 Å / 冗長度: 25.8 % / R_merge(I) obs: 3.519 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1252 / CC_1/2: 0.533 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1H2K

1h2k

解像度: 2.29→47.17 Å / SU ML: 0.3359 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.3519
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2215	2398	4.96 %
R_work	0.2078	45987	-
obs	0.2085	48385	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→47.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2760	0	0	57	2817

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2865
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4811	3906
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0415	395
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	519
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.8233	1059

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.34	0.3755	133	0.3423	2664	X-RAY DIFFRACTION	98.83
2.34-2.39	0.3422	135	0.3286	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.39-2.44	0.3317	138	0.2999	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.44-2.5	0.295	160	0.2874	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.5-2.57	0.2612	130	0.2865	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.57-2.65	0.3157	141	0.2744	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.65-2.73	0.3054	119	0.2642	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.73-2.83	0.2371	135	0.2613	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.83-2.94	0.2762	140	0.2422	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.94-3.08	0.3061	178	0.256	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.24	0.2533	152	0.2503	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.24-3.44	0.23	135	0.2304	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.44-3.71	0.2179	126	0.2045	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-4.08	0.1556	128	0.18	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.08-4.67	0.1741	157	0.1524	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.67-5.88	0.1908	133	0.1686	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
5.88-47.17	0.2301	158	0.2076	2695	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.77656111404	0.681197335122	0.438692889075	0.347438970823	-0.0790662072792	0.851782714351	-0.322736983544	0.254249668723	-0.0596439064803	-0.683951229252	-0.181838113369	1.00458485355	-0.196613765926	-0.480342738257	0.494904188752	0.95808122933	-0.032096407993	-0.330354951571	0.585492347805	-0.0408070193194	0.928391479093	10.6343525518	29.4085573294	14.337486182
2	2.30950411733	0.641052276665	0.340849472995	3.17633107779	1.30631303173	2.76230189608	0.161419522782	-0.44333180844	-0.288053929099	0.663147049127	-0.197272977972	0.346397065316	0.582207320163	-0.272661121201	0.036924972602	0.985220478231	-0.146763987157	-0.0796961952188	0.570100473953	0.114183644263	0.651845991703	17.1191873536	18.5314824282	31.8923817823
3	2.6958083784	1.06105883654	0.395088132502	3.13603435368	1.48190225867	0.802524997725	0.401917090457	0.282727844459	-0.633248949375	0.282227695932	0.0947261208739	-0.805582908129	0.162681582094	0.164992668433	-0.47068585572	1.00901654875	0.0634146061989	-0.213005654172	0.678652808641	-0.0201397139284	0.899968322096	29.8987731007	16.8356315079	21.0512097215
4	1.07797437397	1.40685932588	1.87147110097	2.97234922568	2.31835096765	4.01732552909	0.0171461314169	-0.174309243512	0.0945531418407	0.0863221974829	-0.0485995435562	0.4609997447	0.115860834935	-0.129111551535	0.051634742012	0.707184979058	-0.00971193328117	-0.122113379718	0.45182016593	0.00736345222615	0.632587374809	21.2184497685	33.3469490101	29.2701844969
5	1.71674934	1.1441271811	0.172381106712	3.86609519099	1.35424121653	2.42673037443	-0.0322414736174	-0.0838433339543	-0.0627191647438	-0.121566979074	0.0151499673806	0.31719340214	0.221270161712	-0.143100505659	0.00977141796315	0.79929267198	-0.0101190716711	-0.168853534086	0.430543918985	0.00941351106538	0.618623901798	19.1842515715	32.0614431064	24.3755938167
6	3.66447140403	1.19631750191	0.241220522353	4.82254853939	1.25454142524	2.20919604318	-0.0678569859908	0.0838718603571	-0.418908661561	-0.0515362248674	0.114559487145	-0.251492256733	0.286650593511	0.282003356576	-0.0469823342888	0.581117323952	0.027603320275	-0.0758558900231	0.619682409885	-0.048637619752	0.582856252088	39.8348152375	41.8654967126	34.2965790762

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 166 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 167 through 190 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 191 through 247 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 248 through 297 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 298 through 349 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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