PDB-7a1a: 2,3-Dihydroxybenzoate Decarboxylase of Aspergillus oryzae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a1a

タイトル

2,3-Dihydroxybenzoate Decarboxylase of Aspergillus oryzae

要素

Amidohydrolase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

o-pyrocatechuate decarboxylase / o-pyrocatechuate decarboxylase activity / benzoate catabolic process via hydroxylation / secondary metabolic process / : / : / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus oryzae (米麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Hofer, G. / Keller, W.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Metal Ion Promiscuity and Structure of 2,3-Dihydroxybenzoic Acid Decarboxylase of Aspergillus oryzae.
著者: Hofer, G. / Sheng, X. / Braeuer, S. / Payer, S.E. / Plasch, K. / Goessler, W. / Faber, K. / Keller, W. / Himo, F. / Glueck, S.M.

履歴

登録	2020年8月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a1a.cif.gz	425.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a1a.ent.gz	339.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a1a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7a1a_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7a1a_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7a1a_validation.xml.gz	31.4 KB	表示
CIF形式データ	7a1a_validation.cif.gz	48.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/7a1a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/7a1a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a19C 2dvtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7a19-1 7bp1-d 6m53-1 7bpc-d 6ifd-d 3vnk-d 2e5w-d 4gyj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Amidohydrolase 2

B: Amidohydrolase 2

ヘテロ分子

82.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amidohydrolase 2

B: Amidohydrolase 2

ヘテロ分子

A: Amidohydrolase 2

B: Amidohydrolase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC + MALLS
164 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.894, 99.894, 129.168
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Amidohydrolase 2 分子量: 41077.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 遺伝子: OAory_01010140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1S9DW14, UniProt: P80402*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 715 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.28 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M calcium acetate, 0.1M sodium acetate 4.5, 10% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→49.95 Å / Num. obs: 98740 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 23.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.44 Å² / CC_1/2: 0.986 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.2276 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.2332 / Net I/σ(I): 8.94
反射シェル	解像度: 1.53→1.584 Å / 冗長度: 24.5 % / R_merge(I) obs: 0.8963 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 9747 / CC_1/2: 0.959 / CC star: 0.989 / % possible all: 99.08

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DIALS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2DVT

2dvt

解像度: 1.53→49.95 Å / SU ML: 0.1772 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.8959
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2247	4845	4.92 %
R_work	0.192	93612	-
obs	0.1936	98457	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→49.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5510	0	3	715	6228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5703
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8471	7746
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	811
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	1005
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.8719	2060

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.53-1.55	0.3827	165	0.3678	2992	X-RAY DIFFRACTION	97.38
1.55-1.57	0.224	168	0.1947	3092	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.57-1.58	0.2341	141	0.1867	3122	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.58-1.6	0.2639	148	0.1841	3087	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.6-1.63	0.2363	153	0.1847	3073	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.63-1.65	0.231	159	0.1829	3105	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.65-1.67	0.239	160	0.1849	3083	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.67-1.7	0.2527	169	0.1956	3085	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.7-1.72	0.3581	184	0.28	3097	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.72-1.75	0.3233	147	0.2529	3083	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.75-1.78	0.2386	154	0.2072	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.2382	176	0.2131	3103	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.81-1.85	0.26	169	0.2168	3075	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.85-1.89	0.3161	180	0.3047	3101	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.89-1.93	0.5429	163	0.4754	3016	X-RAY DIFFRACTION	97.7
1.93-1.97	0.3324	147	0.265	3094	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.97-2.02	0.2321	162	0.1987	3117	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.02-2.08	0.4041	152	0.2962	3107	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.08-2.14	0.242	176	0.1972	3101	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.14-2.21	0.1887	159	0.1724	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.28	0.2774	162	0.259	3008	X-RAY DIFFRACTION	96.62
2.28-2.38	0.1801	143	0.1565	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.48	0.1733	157	0.146	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.62	0.2066	137	0.149	3166	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.62-2.78	0.1998	151	0.1642	3165	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.78-2.99	0.1761	162	0.1495	3172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.3	0.1648	188	0.1538	3151	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.77	0.1827	164	0.1592	3204	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.77-4.75	0.1314	172	0.1288	3259	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.75-49.95	0.1704	177	0.145	3410	X-RAY DIFFRACTION	99.81

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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