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- PDB-7a19: 2,3-Dihydroxybenzoate Decarboxylase of Aspergillus oryzae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a19
タイトル2,3-Dihydroxybenzoate Decarboxylase of Aspergillus oryzae
要素Amidohydrolase 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


o-pyrocatechuate decarboxylase / o-pyrocatechuate decarboxylase activity / benzoate catabolic process via hydroxylation / secondary metabolic process / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Amidohydrolase 2 / 2,3-dihydroxybenzoate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Hofer, G. / Keller, W.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundF04604 オーストリア
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Metal Ion Promiscuity and Structure of 2,3-Dihydroxybenzoic Acid Decarboxylase of Aspergillus oryzae.
著者: Hofer, G. / Sheng, X. / Braeuer, S. / Payer, S.E. / Plasch, K. / Goessler, W. / Faber, K. / Keller, W. / Himo, F. / Glueck, S.M.
履歴
登録2020年8月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amidohydrolase 2
B: Amidohydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,2275
ポリマ－82,1542
非ポリマー733
水21,3841187
1
A: Amidohydrolase 2
B: Amidohydrolase 2
ヘテロ分子

A: Amidohydrolase 2
B: Amidohydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,45510
ポリマ－164,3094
非ポリマー1466
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_667-y+1,-x+1,-z+5/21
Buried area15990 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area41820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.794, 99.794, 129.177
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Amidohydrolase 2


分子量: 41077.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 遺伝子: OAory_01010140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1S9DW14, UniProt: P80402*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.16 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M magnesium chloride 0.1 M Na HEPES 7.5 10 % w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→47.64 Å / Num. obs: 165014 / % possible obs: 83.12 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 11.53 Å2 / CC1/2: 0.986 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1235 / Net I/σ(I): 6.99
反射 シェル解像度: 1.21→1.254 Å / Rmerge(I) obs: 0.764 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 2990

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ削減
PHENIX1.18.2_3874精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DVT

2dvt


解像度: 1.21→47.64 Å / SU ML: 0.0986 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.9298
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1713 8097 4.94 %
Rwork0.1411 155787 -
obs0.1426 163884 83.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→47.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5510 0 3 1187 6700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00745741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99377803
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076816
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00761014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.13972087
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.21-1.220.3287110.3132261X-RAY DIFFRACTION4.21
1.22-1.240.3408450.2802837X-RAY DIFFRACTION13.55
1.24-1.250.2762820.22831754X-RAY DIFFRACTION28.26
1.25-1.270.2381230.20292413X-RAY DIFFRACTION39.08
1.27-1.290.24621610.20193122X-RAY DIFFRACTION50.6
1.29-1.30.39071990.30813733X-RAY DIFFRACTION60.46
1.3-1.320.21862350.18444415X-RAY DIFFRACTION71.28
1.32-1.340.2292700.15824838X-RAY DIFFRACTION78.73
1.34-1.360.20412720.15825226X-RAY DIFFRACTION84.34
1.36-1.390.20092920.15785545X-RAY DIFFRACTION89.18
1.39-1.410.1843030.14795833X-RAY DIFFRACTION94.3
1.41-1.430.19463100.13865959X-RAY DIFFRACTION96.67
1.43-1.460.18243200.1326038X-RAY DIFFRACTION97.31
1.46-1.490.22093120.15166191X-RAY DIFFRACTION99.65
1.49-1.520.16773310.12046209X-RAY DIFFRACTION99.98
1.52-1.560.16553190.1186219X-RAY DIFFRACTION99.92
1.56-1.60.1523230.11986206X-RAY DIFFRACTION99.95
1.6-1.640.15283160.12076220X-RAY DIFFRACTION99.85
1.64-1.690.16813150.13466250X-RAY DIFFRACTION99.88
1.69-1.750.18613240.13926219X-RAY DIFFRACTION99.94
1.75-1.810.17023420.13846214X-RAY DIFFRACTION99.97
1.81-1.880.17163370.13926252X-RAY DIFFRACTION99.95
1.88-1.970.26023000.21475857X-RAY DIFFRACTION93.5
1.97-2.070.14663300.11766275X-RAY DIFFRACTION99.98
2.07-2.20.14373260.11716270X-RAY DIFFRACTION99.97
2.2-2.370.16562740.1485658X-RAY DIFFRACTION89.27
2.37-2.610.13873050.12036332X-RAY DIFFRACTION99.83
2.61-2.980.1533110.12976380X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.760.15823700.13946374X-RAY DIFFRACTION99.63
3.76-47.640.1583390.13966687X-RAY DIFFRACTION99.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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