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Yorodumi- PDB-7a0k: Crystal structure of the entire ectodomain from the Physcomitrell... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7a0k | |||||||||
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Title | Crystal structure of the entire ectodomain from the Physcomitrella patens receptor kinase CR4 | |||||||||
Components | Predicted protein | |||||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / plant membrane receptor kinase / ectodomain / wd40 domain / TNFR domain / cysteine-rich domain / disulfide bonds / ligand binding / membrane signaling | |||||||||
Function / homology | Function and homology information root cap development / plant epidermal cell differentiation / lateral root formation / regulation of asymmetric cell division / endocytic vesicle / protein autophosphorylation / membrane => GO:0016020 / protein serine/threonine kinase activity / cell surface / protein homodimerization activity ...root cap development / plant epidermal cell differentiation / lateral root formation / regulation of asymmetric cell division / endocytic vesicle / protein autophosphorylation / membrane => GO:0016020 / protein serine/threonine kinase activity / cell surface / protein homodimerization activity / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Physcomitrella patens (plant) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | |||||||||
Authors | Hothorn, M. / Okuda, S. | |||||||||
Funding support | Switzerland, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structures of Arabidopsis and Physcomitrella CR4 reveal the molecular architecture of CRINKLY4 receptor kinases. Authors: Okuda, S. / Hothorn, L.A. / Hothorn, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7a0k.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7a0k.ent.gz | 885.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7a0k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7a0k_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7a0k_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | 7a0k_validation.xml.gz | 95.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7a0k_validation.cif.gz | 129.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0k | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7a0jSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 39693.848 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Physcomitrella patens (plant) / Gene: PHYPA_009221, PHYPADRAFT_159650 / Plasmid: pFastBac / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / Variant (production host): Tnao38 / References: UniProt: A9RKG8 |
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-Sugars , 4 types, 23 molecules
#2: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 3 types, 143 molecules
#5: Chemical | ChemComp-MLT / | ||
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#7: Chemical | ChemComp-EDO / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 15 % PEG 4,000, 0.2 M imidazole malate pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.999894 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999894 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→45.87 Å / Num. obs: 85660 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 71.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.151 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 12 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.86 Å / Redundancy: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 13775 / CC1/2: 0.464 / Rrim(I) all: 1.89 / Rsym value: 1.9 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7A0J Resolution: 2.7→45.87 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→45.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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