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- PDB-7a0k: Crystal structure of the entire ectodomain from the Physcomitrell... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7a0k | |||||||||
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Title | Crystal structure of the entire ectodomain from the Physcomitrella patens receptor kinase CR4 | |||||||||
![]() | Predicted protein | |||||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / plant membrane receptor kinase / ectodomain / wd40 domain / TNFR domain / cysteine-rich domain / disulfide bonds / ligand binding / membrane signaling | |||||||||
Function / homology | ![]() sepal giant cell differentiation / positive regulation of DNA endoreduplication / root cap development / lateral root formation / regulation of asymmetric cell division / endocytic vesicle / protein kinase activity / cell surface / protein homodimerization activity / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hothorn, M. / Okuda, S. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structures of Arabidopsis and Physcomitrella CR4 reveal the molecular architecture of CRINKLY4 receptor kinases. Authors: Okuda, S. / Hothorn, L.A. / Hothorn, M. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 885.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7a0jSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 39693.848 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Sugars , 4 types, 23 molecules 
#2: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 3 types, 143 molecules 




#5: Chemical | ChemComp-MLT / | ||
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#7: Chemical | ChemComp-EDO / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 15 % PEG 4,000, 0.2 M imidazole malate pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999894 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→45.87 Å / Num. obs: 85660 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 71.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.151 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 12 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.86 Å / Redundancy: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 13775 / CC1/2: 0.464 / Rrim(I) all: 1.89 / Rsym value: 1.9 / % possible all: 99.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7A0J Resolution: 2.7→45.87 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→45.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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