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Yorodumi- PDB-7a0j: Crystal structure of the CRINKLY WD40 ectodomain from the Arabido... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7a0j | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the CRINKLY WD40 ectodomain from the Arabidopsis thaliana receptor kinase ACR4 | |||||||||
Components | Serine/threonine-protein kinase-like protein ACR4 | |||||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / WD40 domain / plant membrane receptor kinase / disulfide bond / ligand binding | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationsepal giant cell differentiation / positive regulation of DNA endoreduplication / root cap development / lateral root formation / flower morphogenesis / transmembrane receptor protein kinase activity / regulation of asymmetric cell division / root development / embryo development ending in seed dormancy / multivesicular body membrane ...sepal giant cell differentiation / positive regulation of DNA endoreduplication / root cap development / lateral root formation / flower morphogenesis / transmembrane receptor protein kinase activity / regulation of asymmetric cell division / root development / embryo development ending in seed dormancy / multivesicular body membrane / endocytic vesicle / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / cell surface / protein homodimerization activity / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.95 Å | |||||||||
Authors | Hothorn, M. / Okuda, S. | |||||||||
| Funding support | Switzerland, 2items
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Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Crystal structures of Arabidopsis and Physcomitrella CR4 reveal the molecular architecture of CRINKLY4 receptor kinases. Authors: Okuda, S. / Hothorn, L.A. / Hothorn, M. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7a0j.cif.gz | 397.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7a0j.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 7a0j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0j | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 33692.438 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Trichoplusia ni (cabbage looper) / Variant (production host): Tnao38References: UniProt: Q9LX29, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Sugar | ChemComp-NAG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.28 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 / Details: 16 % PEG 6,000, 0.01 M tri-sodium citrate pH 5.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.99187 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 19, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.99187 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.95→48.05 Å / Num. obs: 83857 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 40.2 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.125 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 8.75 |
| Reflection shell | Resolution: 1.95→2.07 Å / Redundancy: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.91 / Num. unique obs: 13541 / CC1/2: 0.39 / Rrim(I) all: 1.94 / Rsym value: 2.08 / % possible all: 98.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.95→48.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 12.245 / SU ML: 0.159 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.153 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 48.462 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→48.05 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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X-RAY DIFFRACTION
Switzerland, 2items
Citation










PDBj



Trichoplusia ni (cabbage looper)


