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- PDB-3wx7: Crystal structure of COD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wx7
タイトルCrystal structure of COD
要素Chitin oligosaccharide deacetylase
キーワードHYDROLASE / oligosaccharide deacetylace / carbohydrate-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) - #90 / : / Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / Carbohydrate-binding module family 5/12 / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Chitin-binding domain type 3 / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Carbohydrate-binding module family 5/12 ...Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) - #90 / : / Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / Carbohydrate-binding module family 5/12 / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Chitin-binding domain type 3 / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Ribbon / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chitin oligosaccharide deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.349 Å
データ登録者Park, S.-Y. / Sugiyama, K. / Hirano, T. / Nishio, T.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2015
タイトル: Structure-based analysis of domain function of chitin oligosaccharide deacetylase from Vibrio parahaemolyticus.
著者: Hirano, T. / Sugiyama, K. / Sakaki, Y. / Hakamata, W. / Park, S.Y. / Nishio, T.
履歴
登録2014年7月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitin oligosaccharide deacetylase
B: Chitin oligosaccharide deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,50712
ポリマ－88,8092
非ポリマー69710
水22,2851237
1
A: Chitin oligosaccharide deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7536
ポリマ－44,4051
非ポリマー3495
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chitin oligosaccharide deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7536
ポリマ－44,4051
非ポリマー3495
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area30780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.819, 104.106, 140.378
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Chitin oligosaccharide deacetylase / Chitin oligosaccharide deacetylase COD1


分子量: 44404.656 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-427 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
株: KN1699 / 遺伝子: cod1, COD / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A6P4T5

-
非ポリマー , 5種, 1247分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.63 % / Mosaicity: 0.311 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Tris-HCl, 10% PEG8K, 0.2M MgCl2, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A10.98
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A21.28275
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2011年7月6日
ADSC QUANTUM 3152CCD2011年7月6日
放射
IDモノクロメータープロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHx-ray1
2Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
21.282751
Reflection冗長度: 7.7 % / 数: 826548 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 2.87 / D res high: 1.65 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 107972 / % possible obs: 98.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.485010.0382.7619.2
3.554.4810.0433.48.8
3.113.5510.0513.8928.9
2.823.1110.0533.6318.9
2.622.8210.0553.3168.9
2.462.6210.0583.2668.8
2.342.4610.0613.1588.7
2.242.3410.0633.1088.6
2.152.2410.0683.0948.5
2.082.1510.0742.9628.4
2.012.0810.082.8678.3
1.962.0110.0872.7638.1
1.91.9610.0982.5448
1.861.910.1132.3997.8
1.821.8610.1242.1477.7
1.781.8210.1372.0726.7
1.741.7810.1421.8585.2
1.711.7410.1531.5924.4
1.681.7110.1581.5183.9
1.651.6810.1731.4183.4
反射解像度: 1.349→50 Å / Num. obs: 195977 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 11.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.841 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.35-1.372.80.21188450.93189.5
1.37-1.43.40.20791930.99793.8
1.4-1.434.20.20596181.02897.8
1.43-1.454.40.18796851.04698.3
1.45-1.494.60.16897171.12198.5
1.49-1.524.80.14897901.17498.8
1.52-1.564.90.13297381.24399
1.56-1.65.10.11998041.32799.1
1.6-1.655.30.11197891.4199.2
1.65-1.75.50.09698541.4999.5
1.7-1.765.60.08698641.55799.6
1.76-1.835.90.07798761.69899.7
1.83-1.926.10.06998691.81499.8
1.92-2.026.30.05999441.94999.7
2.02-2.146.50.05499092.08899.9
2.14-2.316.70.05399752.38699.9
2.31-2.546.70.05799932.94299.9
2.54-2.916.70.052100553.07199.8
2.91-3.666.70.038101162.53699.8
3.66-506.90.031103431.98998.4

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.349→48.806 Å / FOM work R set: 0.9003 / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 17.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1976 9869 5.04 %
Rwork0.1738 --
obs0.175 195924 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 47.95 Å2 / Biso mean: 16.16 Å2 / Biso min: 5.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.349→48.806 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6270 0 36 1237 7543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066482
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0828870
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044958
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4542246
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3492-1.36450.27223050.22895420572587
1.3645-1.38060.2463100.22685665597591
1.3806-1.39740.23823220.21865874619695
1.3974-1.41510.22593300.21076103643398
1.4151-1.43370.24143230.20526118644198
1.4337-1.45340.23413210.19946116643798
1.4534-1.47410.21183210.19646210653199
1.4741-1.49610.21433390.18826129646899
1.4961-1.51950.17283640.17886158652299
1.5195-1.54440.20533120.17366195650799
1.5444-1.5710.19532980.17556251654999
1.571-1.59960.18553300.17246187651799
1.5996-1.63040.19953420.17416177651999
1.6304-1.66370.2033340.16846218655299
1.6637-1.69980.20543090.172862636572100
1.6998-1.73940.20773290.176562266555100
1.7394-1.78290.2083240.174462986622100
1.7829-1.83110.18893200.171662556575100
1.8311-1.8850.20093250.177162566581100
1.885-1.94580.20133610.17662816642100
1.9458-2.01540.18793340.167862656599100
2.0154-2.09610.19172960.167763176613100
2.0961-2.19150.19093080.169563336641100
2.1915-2.3070.19153260.170263216647100
2.307-2.45150.20683520.175563046656100
2.4515-2.64080.19543560.185363456701100
2.6408-2.90650.20253510.178763436694100
2.9065-3.3270.20143380.174363996737100
3.327-4.19130.17663080.153364816789100
4.1913-48.83760.18283810.15976547692898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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