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- PDB-6zzw: Structure of the N terminal domain of Bc2L-C lectin (1-131) in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zzw
タイトルStructure of the N terminal domain of Bc2L-C lectin (1-131) in complex with Globo H (H-type 3) and CAS No 912569-62-1
要素Lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectins / drug resistance / glycomimetics / anti-adhesive therapy / drug design / fragment based screening
機能・相同性Lectin Bc2l-C, N-terminal / : / Bc2l-C, N-terminal domain / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / identical protein binding / [3-(2-methylimidazol-1-yl)phenyl]methanamine / Lectin
機能・相同性情報
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lal, K. / Bermeo, R. / Imberty, A. / Varrot, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission765581 フランス
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: Prediction and Validation of a Druggable Site on Virulence Factor of Drug Resistant Burkholderia cenocepacia*.
著者: Lal, K. / Bermeo, R. / Cramer, J. / Vasile, F. / Ernst, B. / Imberty, A. / Bernardi, A. / Varrot, A. / Belvisi, L.
履歴
登録2020年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin
C: Lectin
B: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,01710
ポリマ－42,0333
非ポリマー2,9847
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10550 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.459, 42.912, 103.345
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.100, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA0 - 1303 - 133
21ALAALABC0 - 1303 - 133
12THRTHRAA0 - 1293 - 132
22THRTHRCB0 - 1293 - 132
13THRTHRBC0 - 1293 - 132
23THRTHRCB0 - 1293 - 132

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ACB

#1: タンパク質 Lectin


分子量: 14010.936 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: BCAM0185 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EH86

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糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 853.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2DGalpb1-3DGalpNAcb1-3DGalpa1-4DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-1-4/a4-b1_b3-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 691.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2DGalpb1-3DGalpNAcb1-3DGalpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2112h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-4/a3-b1_b3-c1_c2-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 196分子

#4: 化合物 ChemComp-QT5 / [3-(2-methylimidazol-1-yl)phenyl]methanamine


分子量: 187.241 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.02 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5.5 mg/ml of protein, 1.2 M sodium citrate, 10 mM ligand at 292 K temperature and cryoprotected with 2.5 M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→37.13 Å / Num. obs: 25522 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 175918 / Scaling rejects: 493
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.947.10.5311163316460.8980.2140.573498.1
9.11-37.136.50.06716672570.9970.0280.07316.497.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6tig

6tig


解像度: 1.9→37.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 4.538 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2382 1224 4.8 %RANDOM
Rwork0.1809 ---
obs0.1836 24288 98.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.73 Å2 / Biso mean: 20.848 Å2 / Biso min: 3.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å2-0 Å20.12 Å2
2---1.31 Å20 Å2
3---2.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→37.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2881 0 206 206 3293
Biso mean--33.87 26.91 -
残基数----395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0133170
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.841.7174359
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4961.6346729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1035394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.07822.376101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.24615421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.999159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02621
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A3775
12B3775
21A3770
22C3770
31B3705
32C3705
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 76 -
Rwork0.234 1821 -
all-1897 -
obs--97.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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