PDB-6zzr: The Crystal Structure of human LDHA from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zzr

タイトル

The Crystal Structure of human LDHA from Biortus.

要素

L-lactate dehydrogenase A chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cadherin binding / L-lactate dehydrogenase activity

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase complex / Pyruvate metabolism / L-lactate dehydrogenase / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / glycolytic process / cadherin binding / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Wang, F. / Lin, D. / Cheng, W. / Bao, X. / Zhu, B. / Shang, H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of human LDHA from Biortus
著者: Wang, F. / Lin, D. / Cheng, W. / Bao, X. / Zhu, B. / Shang, H.

履歴

登録	2020年8月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / database_2 / struct Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年4月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zzr.cif.gz	525.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zzr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zzr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zzr_validation.pdf.gz	516.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zzr_full_validation.pdf.gz	527.7 KB	表示
XML形式データ	6zzr_validation.xml.gz	87.9 KB	表示
CIF形式データ	6zzr_validation.cif.gz	117 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zzr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jnkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5zjf-3 6p6u-2 5es3-1 4i8x-2 5nqb-d 6ldh-1 6p6u-3 5zjf-2 4ojn-1 4qsm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10)

登録構造単位

AAA: L-lactate dehydrogenase A chain

BBB: L-lactate dehydrogenase A chain

CCC: L-lactate dehydrogenase A chain

DDD: L-lactate dehydrogenase A chain

EEE: L-lactate dehydrogenase A chain

FFF: L-lactate dehydrogenase A chain

GGG: L-lactate dehydrogenase A chain

HHH: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

311 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: L-lactate dehydrogenase A chain

BBB: L-lactate dehydrogenase A chain

CCC: L-lactate dehydrogenase A chain

DDD: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

EEE: L-lactate dehydrogenase A chain

FFF: L-lactate dehydrogenase A chain

GGG: L-lactate dehydrogenase A chain

HHH: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
155 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.959, 66.479, 250.843
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.097, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59 分子量: 38616.625 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Na malonate, 0.1M Bis-Tris propane pH6.5, 20% PEG3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→46.771 Å / Num. obs: 81570 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.65→2.7 Å / R_merge(I) obs: 0.529 / Num. unique obs: 4427

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4jnk

4jnk

解像度: 2.65→46.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 15.064 / SU ML: 0.302 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.392 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2771	4012	4.921 %
R_work	0.2125	77510	-
all	0.216	-	-
obs	-	81522	97.468 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.316 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.079 Å²	0 Å²	3.034 Å²
2-	-	2.634 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.507 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→46.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20503	0	110	290	20903

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	20992
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	20504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.19	1.627	28364
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.058	1.578	47646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.211	5	2658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.88	23.607	901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.807	15	3917
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.514	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.039	0.2	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	22925
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3935
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.164	0.2	3922
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	18811
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.142	0.2	9771
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	8988
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	466
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.159	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.15	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.27	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.395	5.136	10590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.395	5.135	10589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.394	7.698	13229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.394	7.698	13230
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.151	5.359	10402
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.151	5.359	10403
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.04	7.96	15124
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.04	7.96	15125
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.018	59.367	22278
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.016	59.378	22265

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.719	0.37	280	0.307	5667	X-RAY DIFFRACTION	98.0221
2.719-2.793	0.326	306	0.292	5631	X-RAY DIFFRACTION	98.8018
2.793-2.874	0.358	285	0.272	5420	X-RAY DIFFRACTION	98.413
2.874-2.963	0.354	307	0.256	5241	X-RAY DIFFRACTION	98.5085
2.963-3.06	0.316	292	0.244	5163	X-RAY DIFFRACTION	98.306
3.06-3.167	0.299	253	0.239	4985	X-RAY DIFFRACTION	98.2371
3.167-3.287	0.323	237	0.237	4744	X-RAY DIFFRACTION	98.3804
3.287-3.421	0.292	221	0.219	4634	X-RAY DIFFRACTION	98.1205
3.421-3.573	0.272	243	0.218	4384	X-RAY DIFFRACTION	97.6366
3.573-3.748	0.283	199	0.206	4240	X-RAY DIFFRACTION	97.3251
3.748-3.95	0.262	209	0.186	3938	X-RAY DIFFRACTION	96.2404
3.95-4.19	0.217	221	0.175	3806	X-RAY DIFFRACTION	97.1766
4.19-4.479	0.213	206	0.166	3465	X-RAY DIFFRACTION	96.4276
4.479-4.838	0.22	132	0.169	3361	X-RAY DIFFRACTION	96.5184
4.838-5.299	0.271	201	0.189	2968	X-RAY DIFFRACTION	96.3515
5.299-5.924	0.307	111	0.227	2802	X-RAY DIFFRACTION	96.5849
5.924-6.84	0.298	109	0.193	2445	X-RAY DIFFRACTION	95.4766
6.84-8.376	0.213	99	0.174	2081	X-RAY DIFFRACTION	95.74
8.376-11.838	0.21	66	0.178	1620	X-RAY DIFFRACTION	95.2004
11.838-46.73	0.273	35	0.267	915	X-RAY DIFFRACTION	91.6988

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関連情報:EMDBヘッダ

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