PDB-6zyt: Monomeric streptavidin with a conjugated biotinylated pyrrolidine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zyt

タイトル

Monomeric streptavidin with a conjugated biotinylated pyrrolidine

要素

Streptavidin/Rhizavidin Hybrid

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Biotin-binding protein / streptavidin / artificial enzyme / beta-barrel

機能・相同性

Chem-UJE

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nodling, A.R. / Lipka-Lloyd, M. / Tsai, Y.H. / Rizkallah, P. / Luk, L.Y.P. / Jin, Y.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2021
タイトル: The role of streptavidin and its variants in catalysis by biotinylated secondary amines.
著者: Nodling, A.R. / Santi, N. / Castillo, R. / Lipka-Lloyd, M. / Jin, Y. / Morrill, L.C. / Swiderek, K. / Moliner, V. / Luk, L.Y.P.

履歴

登録	2020年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zyt.cif.gz	154.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zyt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zyt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zyt_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zyt_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	6zyt_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	6zyt_validation.cif.gz	40.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zyt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nlvC 4jnjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zyt-5 6zyt-4 4j7z-4 5lmj-4 6zyt-3 5fgr-2 2rgf-d 6zwk-3 5uf0-d 2kyl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

BBB: Streptavidin/Rhizavidin Hybrid

AAA: Streptavidin/Rhizavidin Hybrid

CCC: Streptavidin/Rhizavidin Hybrid

FFF: Streptavidin/Rhizavidin Hybrid

DDD: Streptavidin/Rhizavidin Hybrid

EEE: Streptavidin/Rhizavidin Hybrid

ヘテロ分子

97.5 kDa, 6 ポリマー
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1

BBB: Streptavidin/Rhizavidin Hybrid

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

AAA: Streptavidin/Rhizavidin Hybrid

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

CCC: Streptavidin/Rhizavidin Hybrid

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

FFF: Streptavidin/Rhizavidin Hybrid

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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5

DDD: Streptavidin/Rhizavidin Hybrid

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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6

EEE: Streptavidin/Rhizavidin Hybrid

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.790, 52.740, 89.360
Angle α, β, γ (deg.)	75.240, 78.240, 84.880
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Streptavidin/Rhizavidin Hybrid 分子量: 15881.708 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-UJE / 5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)-N-((S)-pyrrolidin-3-yl)pentanamide / 5-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-~{N}-[(3~{S})-pyrrolidin-3-yl]pentanamide 分子量: 312.431 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₄N₄O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.32 % / 解説: large plates
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate, 30% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97622 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→25.48 Å / Num. obs: 64049 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 1.7 % / CC_1/2: 0.967 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3764 / CC_1/2: 0.712

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4jnj

4jnj

解像度: 1.8→25.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 6.206 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.17 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3008	3144	4.909 %
R_work	0.2585	60905	-
all	0.261	-	-
obs	-	64049	95.687 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.536 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.459 Å²	0.254 Å²	-0.194 Å²
2-	-	-2.301 Å²	-0.65 Å²
3-	-	-	2.038 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5196	0	141	250	5587

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	5516
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	4469
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.673	1.699	7507
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.268	1.626	10433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.82	5	670
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.077	22.955	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.892	15	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.724	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	709
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.174	0.2	848
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	4112
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.088	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.991	3.725	2686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.991	3.724	2685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.028	5.574	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.027	5.575	3355
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.117	3.805	2830
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.117	3.805	2831
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.263	5.634	4153
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.263	5.634	4154
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.244	40.565	5886
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.243	40.564	5887

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.341	239	0.308	4436	X-RAY DIFFRACTION	94.9046
1.847-1.897	0.352	209	0.312	4439	X-RAY DIFFRACTION	94.7798
1.897-1.952	0.36	194	0.364	4140	X-RAY DIFFRACTION	93.5867
1.952-2.012	0.339	211	0.298	4144	X-RAY DIFFRACTION	94.7976
2.012-2.078	0.314	198	0.271	3936	X-RAY DIFFRACTION	94.3405
2.078-2.151	0.316	191	0.269	3847	X-RAY DIFFRACTION	94.9001
2.151-2.232	0.377	178	0.266	3731	X-RAY DIFFRACTION	94.4659
2.232-2.323	0.335	192	0.294	3596	X-RAY DIFFRACTION	95.0326
2.323-2.427	0.337	150	0.238	3506	X-RAY DIFFRACTION	96.3373
2.427-2.545	0.326	170	0.266	3328	X-RAY DIFFRACTION	96.3902
2.545-2.682	0.353	182	0.257	3136	X-RAY DIFFRACTION	96.5658
2.682-2.845	0.29	151	0.26	3007	X-RAY DIFFRACTION	96.6636
2.845-3.041	0.334	143	0.257	2874	X-RAY DIFFRACTION	97.354
3.041-3.285	0.287	148	0.26	2634	X-RAY DIFFRACTION	97.5456
3.285-3.597	0.299	157	0.251	2396	X-RAY DIFFRACTION	97.2201
3.597-4.021	0.232	123	0.226	2213	X-RAY DIFFRACTION	97.9866
4.021-4.642	0.245	124	0.218	1922	X-RAY DIFFRACTION	97.1049
4.642-5.68	0.277	99	0.241	1626	X-RAY DIFFRACTION	97.5679
5.68-8.015	0.356	53	0.287	1300	X-RAY DIFFRACTION	98.4

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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