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万見
- PDB-6zyc: Solution structure of the C-terminal domain of the vaccinia virus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zyc
タイトルSolution structure of the C-terminal domain of the vaccinia virus DNA polymerase processivity factor component A20.
要素DNA polymerase processivity factor component A20
キーワードREPLICATION / Poxviridae / DNA polymerase holoenzyme / processivity factor binding
機能・相同性Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / viral DNA genome replication / DNA replication / DNA polymerase processivity factor component OPG148
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Bersch, B. / Iseni, F. / Burmeister, W. / Tarbouriech, N.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Solution Structure of the C-terminal Domain of A20, the Missing Brick for the Characterization of the Interface between Vaccinia Virus DNA Polymerase and its Processivity Factor.
著者: Bersch, B. / Tarbouriech, N. / Burmeister, W.P. / Iseni, F.
#1: ジャーナル: Nature Communications / 年: 2017
タイトル: The vaccinia virus DNA polymerase structure provides insights into the mode of processivity factor binding.
著者: Tarbouriech, N. / Ducournau, C. / Hutin, S. / Mas, P.J. / Man, P. / Forest, E. / Hart, D.J. / Peyrefitte, C.N. / Burmeister, W. / Iseni, F.
履歴
登録2020年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase processivity factor component A20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6691
ポリマ－16,6691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8580 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase processivity factor component A20


分子量: 16668.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 2-124 of the construct correspond to A20:304-426, residues 125-134 to a flexible linker and residues 136-148 to a Biotin Affinity Peptide (BAP),Residues 2-124 of the construct ...詳細: Residues 2-124 of the construct correspond to A20:304-426, residues 125-134 to a flexible linker and residues 136-148 to a Biotin Affinity Peptide (BAP),Residues 2-124 of the construct correspond to A20:304-426, residues 125-134 to a flexible linker and residues 136-148 to a Biotin Affinity Peptide (BAP)
由来: (組換発現) Vaccinia virus (strain Copenhagen) (ウイルス)
株: Copenhagen / 遺伝子: A20R / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Star / 参照: UniProt: P20995

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 15N-TROSY
123isotropic12D 13C-HSQC
134isotropic33D HNCO
144isotropic13D HN(CA)CB
153isotropic23D (H)CCH-TOCSY
181isotropic115N-NOESY
173isotropic113C-NOESY
162isotropic12D-NOESY
193isotropic113C-13C-methyl-NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-15N] A20-BAP, 50 mM sodium citrate, 300 mM sodium chloride, 2 mg/L TCEP, 90% H2O/10% D2O15N-A20-BAP90% H2O/10% D2O
solution41 mM [U-15N] A20-BAP, 50 mM sodium citrate, 300 mM sodium chloride, 2 mg/L TCEP, 90% H2O/10% D2O15N13C-A20-BAP-initial90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-15N] A20-BAP, 50 mM potassium phosphate, 300 mM sodium chloride, 1.2 mM TCEP, 100% D2O15N-A20-BAP-D2O100% D2O
solution31 mM [U-15N] A20-BAP, 50 mM potassium phosphate, 300 mM sodium chloride, 1.2 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O13C15N-A20-BAP90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMA20-BAP[U-15N]1
50 mMsodium citratenatural abundance1
300 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mg/LTCEPnatural abundance1
1 mMA20-BAP[U-15N]4
50 mMsodium citratenatural abundance4
300 mMsodium chloridenatural abundance4
2 mg/LTCEPnatural abundance4
1 mMA20-BAP[U-15N]2
50 mMpotassium phosphatenatural abundance2
300 mMsodium chloridenatural abundance2
1.2 mMTCEPnatural abundance2
1 mMA20-BAP[U-15N]3
50 mMpotassium phosphatenatural abundance3
300 mMsodium chloridenatural abundance3
1.2 mMTCEPnatural abundance3
試料状態イオン強度: 0.3 M / Label: general / pH: 6 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9501
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8502
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
UNIOTorsten Herrmannpeak picking
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5 / 詳細: water refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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