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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zyb | ||||||||||||
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タイトル | Sarcin-Ricin Loop RNA from Ecoli with a C2667-2'-OCF3 modification | ||||||||||||
要素 | Sarcin-Ricin Loop RNA from Ecoli with a C2667-2'-OCF3 modification | ||||||||||||
キーワード | RNA / Ribosome / modification | ||||||||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ennifar, E. | ||||||||||||
資金援助 | オーストリア, 3件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020 タイトル: 2'- O -Trifluoromethylated RNA - a powerful modification for RNA chemistry and NMR spectroscopy. 著者: Himmelstoss, M. / Erharter, K. / Renard, E. / Ennifar, E. / Kreutz, C. / Micura, R. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zyb.cif.gz | 68.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zyb.ent.gz | 43.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zyb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zyb_validation.pdf.gz | 399.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zyb_full_validation.pdf.gz | 399.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6zyb_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zyb_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zyb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 8796.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.27 % / 解説: platelet |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 3.2 M ammonium sulfate, 50 mM potassium MOPS, pH 7.0, 10 mM magnesium chloride, 10 mM manganese chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.9→35 Å / Num. obs: 96381 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.1 % / Biso Wilson estimate: 11.06 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 45 |
反射 シェル | 解像度: 0.9→0.92 Å / Num. unique obs: 3626 / CC1/2: 0.555 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3DVZ 解像度: 0.9→29.5 Å / SU ML: 0.1305 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 18.221 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.9→29.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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