ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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XDS | | データ削減 | XSCALE | | データスケーリング | BUSTER | 2.10.3精密化 | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6ZXV 解像度: 2.19→39.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU R Cruickshank DPI: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.139
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.217 | 1850 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.198 | - | - | - |
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obs | 0.199 | 36995 | 99.7 % | - |
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原子変位パラメータ | Biso max: 172.57 Å2 / Biso mean: 72.26 Å2 / Biso min: 41.46 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.6664 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -4.2406 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 3.5742 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.19→39.55 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3037 | 0 | 86 | 64 | 3187 |
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Biso mean | - | - | 78.14 | 64.68 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 378 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | 数 | Restraint function | Weight | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | t_dihedral_angle_d1154 | SINUSOIDAL2 | | X-RAY DIFFRACTION | t_trig_c_planes | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_gen_planes537 | HARMONIC5 | | X-RAY DIFFRACTION | t_it3162 | HARMONIC20 | | X-RAY DIFFRACTION | t_nbd0 | SEMIHARMONIC5 | | X-RAY DIFFRACTION | t_improper_torsion | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_pseud_angle | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_chiral_improper_torsion396 | SEMIHARMONIC5 | | X-RAY DIFFRACTION | t_sum_occupancies | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_distance | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_angle | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_torsion | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_ideal_dist_contact3451 | SEMIHARMONIC4 | | X-RAY DIFFRACTION | t_bond_d3162 | HARMONIC2 | 0.01 | X-RAY DIFFRACTION | t_angle_deg4240 | HARMONIC2 | 1.15 | X-RAY DIFFRACTION | t_omega_torsion | | | 3.48 | X-RAY DIFFRACTION | t_other_torsion | | | 20.95 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.19→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2643 | 37 | 5 % |
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Rwork | 0.2665 | 703 | - |
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all | 0.2664 | 740 | - |
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obs | - | - | 95.88 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.6762 | 0.4141 | -0.7343 | 1.5736 | -0.7726 | 1.8291 | 0.0617 | -0.0651 | 0.0905 | 0.0308 | -0.1793 | 0.0134 | -0.0765 | 0.072 | 0.1176 | -0.1762 | 0.0091 | -0.0428 | -0.1267 | -0.0068 | -0.1556 | 2.0351 | -16.4088 | -6.8143 | 2 | 4.6268 | 0.6703 | -0.2725 | 11.2154 | 0.5551 | 3.9176 | 0.1489 | -0.012 | -1.0885 | 0.4135 | -0.1845 | -0.8014 | 1.0885 | 0.3856 | 0.0356 | -0.0324 | 0.1485 | -0.004 | -0.3609 | 0.2753 | -0.0362 | 2.7487 | -48.1248 | 5.2711 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | { G|* }G1 - 321 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | { H|* }H1 - 57 | | | | |
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