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- PDB-6zxw: Structure of Archaeoglobus fulgidus Trm11-Trm112 m2G10 tRNA methy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zxw
タイトルStructure of Archaeoglobus fulgidus Trm11-Trm112 m2G10 tRNA methyltransferase complex bound to sinefungin
要素
  • Uncharacterized protein
  • tRNA (Guanine(10)-N2)-dimethyltransferase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / tRNA modifications / Epitranscriptomics / Methyltransferase / Heterodimeric enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine10-N2)-dimethyltransferase / tRNA (guanine(10)-N2)-dimethyltransferase activity / tRNA (guanine(10)-N2)-methyltransferase activity / tRNA methylation / tRNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA guanine(10)-N2-dimethyltransferase / Uncharacterized protein family UPF0020 signature. / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase K/L-like, FLD domain / RMKL-like, methyltransferase domain / THUMP domain / THUMP domain / THUMP domain profile. / Trm112-like / Trm112p-like protein / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / SINEFUNGIN / Uncharacterized protein / tRNA (Guanine(10)-N2)-dimethyltransferase / tRNA (guanine(10)-N2)-dimethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Graille, M. / Wang, C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Functional and structural characterization of the Trm11-Trm112 m2G10 tRNA methyltransferase complex
著者: Wang, C. / Tran, N.V. / Jactel, V. / Guerineau, V. / Graille, M.
履歴
登録2020年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: tRNA (Guanine(10)-N2)-dimethyltransferase
H: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,76518
ポリマ－44,3852
非ポリマー1,38016
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area17550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.360, 92.940, 101.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 GH

#1: タンパク質 tRNA (Guanine(10)-N2)-dimethyltransferase


分子量: 37551.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: XD40_1676, XD48_1558
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A117KU88, UniProt: O29011*PLUS
#2: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 6833.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: XD40_0284, XD48_0149
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A117KMN5

-
非ポリマー , 6種, 80分子

#3: 化合物 ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.25 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Sodium citrate pH 6; 9% PEG 4000, 0.1 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→39.55 Å / Num. obs: 36999 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 66.97 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.19→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 1.231 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5852 / CC1/2: 0.522 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZXV

6zxv


解像度: 2.19→39.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU R Cruickshank DPI: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.139
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1850 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.199 36995 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 172.57 Å2 / Biso mean: 72.26 Å2 / Biso min: 41.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6664 Å20 Å20 Å2
2---4.2406 Å20 Å2
3---3.5742 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→39.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3037 0 86 64 3187
Biso mean--78.14 64.68 -
残基数----378
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1154SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes537HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3162HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion396SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3451SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3162HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4240HARMONIC21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.95
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2643 37 5 %
Rwork0.2665 703 -
all0.2664 740 -
obs--95.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67620.4141-0.73431.5736-0.77261.82910.0617-0.06510.09050.0308-0.17930.0134-0.07650.0720.1176-0.17620.0091-0.0428-0.1267-0.0068-0.15562.0351-16.4088-6.8143
24.62680.6703-0.272511.21540.55513.91760.1489-0.012-1.08850.4135-0.1845-0.80141.08850.38560.0356-0.03240.1485-0.004-0.36090.2753-0.03622.7487-48.12485.2711
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ G|* }G1 - 321
2X-RAY DIFFRACTION2{ H|* }H1 - 57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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