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万見
- PDB-6zxo: Crystal structure of His-tagged human thymidylate synthase (HT-hT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zxo
タイトルCrystal structure of His-tagged human thymidylate synthase (HT-hTS) in complex with FdUMP and Raltitrexed (Tomudex)
要素(Thymidylate synthase) x 2
キーワードTRANSFERASE / human Thymidylate Synthase / hTS / active conformation / FdUMP / Ratitrexed / Tomudex / Methyltransferase / folate pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / thymidylate synthase activity / tetrahydrofolate interconversion / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription ...Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / thymidylate synthase activity / tetrahydrofolate interconversion / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / methylation / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase
類似検索 - ドメイン・相同性
TOMUDEX / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Pozzi, C. / Mangani, S.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer ResearchIG10474 イタリア
引用ジャーナル: Cancers (Basel) / 年: 2021
タイトル: Structural Bases for the Synergistic Inhibition of Human Thymidylate Synthase and Ovarian Cancer Cell Growth by Drug Combinations.
著者: Pozzi, C. / Santucci, M. / Marverti, G. / D'Arca, D. / Tagliazucchi, L. / Ferrari, S. / Gozzi, G. / Losi, L. / Tassone, G. / Mangani, S. / Ponterini, G. / Costi, M.P.
履歴
登録2020年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
C: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
E: Thymidylate synthase
F: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,98121
ポリマ－223,0876
非ポリマー4,89415
水6,774376
1
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0308
ポリマ－74,3372
非ポリマー1,6936
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21480 Å2
手法PISA
2
C: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9687
ポリマ－74,3372
非ポリマー1,6315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7610 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area21120 Å2
手法PISA
3
E: Thymidylate synthase
F: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9826
ポリマ－74,4132
非ポリマー1,5694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area21000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.720, 95.870, 103.840
Angle α, β, γ (deg.)112.390, 91.470, 109.170
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Thymidylate synthase / TSase


分子量: 37168.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS, OK/SW-cl.29 / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: タンパク質 Thymidylate synthase / TSase


分子量: 37244.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS, OK/SW-cl.29 / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase

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非ポリマー , 4種, 391分子

#3: 化合物
ChemComp-D16 / TOMUDEX / ZD1694 / Raltitrexed / ラルチトレキセド


分子量: 458.488 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N4O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 化学療法薬, 阻害剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-UFP / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / FdUMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 326.172 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12FN2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.98 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 25% (w/v) PEG4000, 30 mM ammonium sulfate and 20 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 M TRIS pH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→58.15 Å / Num. obs: 60436 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 48.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 8757 / Rrim(I) all: 0.518 / Rsym value: 0.367 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HVY

1hvy


解像度: 2.6→47.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 12.341 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2317 3084 5.1 %RANDOM
Rwork0.1716 ---
obs0.1746 57340 95.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.9 Å2 / Biso mean: 51.581 Å2 / Biso min: 22.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20.01 Å2-0.01 Å2
2---0 Å20.03 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.306 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→47.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13609 0 330 376 14315
Biso mean--52.86 49.49 -
残基数----1727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01214312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6111.67119427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.51551720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82221.44736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.558152262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0741599
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21797
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211094
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 222 -
Rwork0.322 4227 -
all-4449 -
obs--95.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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