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- PDB-6zxc: Diguanylate cyclase DgcR (I-site mutant) in activated state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zxc
タイトルDiguanylate cyclase DgcR (I-site mutant) in activated state
要素Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / GGDEF domain / receiver domain / Rec / c-di-GMP / Leptospira / Beryllium Fluoride
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / phosphorelay signal transduction system / nucleotide binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-DEOXY-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira biflexa serovar Patoc (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Teixeira, R.D. / Schirmer, T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A-166652 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Activation mechanism of a small prototypic Rec-GGDEF diguanylate cyclase.
著者: Teixeira, R.D. / Holzschuh, F. / Schirmer, T.
履歴
登録2020年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein
B: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein
C: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein
D: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,42420
ポリマ－144,1044
非ポリマー2,32016
水59433
1
A: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein
B: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,21210
ポリマ－72,0522
非ポリマー1,1608
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area28320 Å2
手法PISA
2
C: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein
D: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,21210
ポリマ－72,0522
非ポリマー1,1608
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area28510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.812, 247.368, 41.539
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 298 / Label seq-ID: 26 - 318

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein


分子量: 36025.973 Da / 分子数: 4 / 変異: R206A, D209A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira biflexa serovar Patoc (strain Patoc 1 / ATCC 23582 / Paris) (バクテリア)
株: Patoc 1 / ATCC 23582 / Paris / 遺伝子: LEPBI_p0053 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0SUI1
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GH3 / 3'-DEOXY-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 3′-dGTP


タイプ: RNA linking / 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.06 M Divalents, 0.1M Buffer System 1 pH 6.5, 50%v/v Precipitant Mix 2 (Morpheus I A2). Divalents: 0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dehydrate. Buffer System 1: 1.0M ...詳細: 0.06 M Divalents, 0.1M Buffer System 1 pH 6.5, 50%v/v Precipitant Mix 2 (Morpheus I A2). Divalents: 0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dehydrate. Buffer System 1: 1.0M Imidazole; MES monohydrate (acid), pH 6.5. Precipitant Mix 2: EDO_P8K, 40% v/v Ethylene glycol, 20 % w/v PEG 8000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.26 Å / Num. obs: 36666 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.901 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 19016 / CC1/2: 0.513 / Rpim(I) all: 0.649 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZXB

6zxb


解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 19.693 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28813 1599 4.9 %RANDOM
Rwork0.23658 ---
obs0.2282 35759 93.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 175.76 Å2 / Biso mean: 66.792 Å2 / Biso min: 25.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.55 Å2-0 Å2-0.43 Å2
2---3.1 Å2-0 Å2
3---1.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9360 0 136 33 9529
Biso mean--65.63 72.58 -
残基数----1172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0139632
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8611.6613012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2711.59221464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.92751168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.44222.266512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.721151816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9741572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.21316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022136
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A89170.12
12B89170.12
21A87930.12
22C87930.12
31A87390.14
32D87390.14
41B87900.13
42C87900.13
51B86540.14
52D86540.14
61C86260.15
62D86260.15
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 111 -
Rwork0.297 2294 -
all-2405 -
obs--97.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6981-1.38950.597531.21453.78430.06440.18830.0741-0.2028-0.0869-0.0485-0.0590.09690.02260.1761-0.0171-0.01110.35120.01170.046842.124302.3145.743
21.578-0.5503-0.66514.3958-0.25722.99780.0593-0.1424-0.01090.2242-0.1041-0.13020.11780.15170.04480.2029-0.052-0.02610.3502-0.00650.008549.65282.98860.859
33.1404-1.3665-0.27824.6186-2.66384.9941-0.2896-0.09090.350.3205-0.1209-0.3072-0.7096-0.17550.41050.39590.0417-0.25880.3478-0.0640.286934.48220.87251.275
45.17930.9124-1.21234.97882.31155.7641-0.01840.13380.3203-0.36660.17080.2156-0.1595-0.3015-0.15240.3343-0.0109-0.1210.51240.07440.299810.088223.343.438
52.16341.59920.70372.81920.26253.17910.03220.2557-0.0174-0.16810.10490.1161-0.0409-0.1507-0.13710.14230.03140.09090.42830.01450.141677.808323.73748.531
64.08740.9025-1.46992.2539-0.36573.2392-0.011-0.5211-0.17610.0736-0.00590.15060.02460.00840.01690.19010.0009-0.01730.4135-0.00620.108487.151296.28566.006
71.45150.6693-0.09634.2283-2.19034.39160.2271-0.1592-0.12970.0253-0.0313-0.00440.55530.0556-0.19580.41630.0147-0.0520.3331-0.00890.088150.509253.96448.2
80.9876-0.23480.31073.09261.90833.30960.25530.08060.0195-0.9112-0.0074-0.07990.38880.1421-0.24791.08280.1001-0.13220.39730.04070.052920.37264.3133.399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 125
2X-RAY DIFFRACTION1A401
3X-RAY DIFFRACTION2B6 - 125
4X-RAY DIFFRACTION2B401
5X-RAY DIFFRACTION3C6 - 125
6X-RAY DIFFRACTION3C406
7X-RAY DIFFRACTION4D6 - 125
8X-RAY DIFFRACTION5A139 - 298
9X-RAY DIFFRACTION5A300 - 301
10X-RAY DIFFRACTION5A403 - 413
11X-RAY DIFFRACTION6B139 - 298
12X-RAY DIFFRACTION6B402 - 404
13X-RAY DIFFRACTION7C139 - 298
14X-RAY DIFFRACTION8D139 - 298

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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