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- PDB-6zxb: Diguanylate cyclase DgcR (I-site mutant) in native state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zxb
タイトルDiguanylate cyclase DgcR (I-site mutant) in native state
要素Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / GGDEF domain / receiver domain / Rec / c-di-GMP / Leptospira
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / phosphorelay signal transduction system / nucleotide binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-DEOXY-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira biflexa serovar Patoc strain 'Patoc 1 '
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Teixeira, R.D. / Schirmer, T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A-166652 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Activation mechanism of a small prototypic Rec-GGDEF diguanylate cyclase.
著者: Teixeira, R.D. / Holzschuh, F. / Schirmer, T.
履歴
登録2020年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein
B: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,25917
ポリマ－66,4942
非ポリマー1,76515
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area27000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.676, 39.344, 146.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.770, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 298 / Label seq-ID: 1 - 293

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein


分子量: 33246.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira biflexa serovar Patoc strain 'Patoc 1 (Paris)' (バクテリア)
遺伝子: LEPBI_p0053 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0SUI1

-
非ポリマー , 5種, 64分子

#2: 化合物 ChemComp-GH3 / 3'-DEOXY-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M Magnesium sulfate, 20%PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.979389 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979389 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→45.04 Å / Num. obs: 38136 / % possible obs: 98.41 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 38.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09907 / Rpim(I) all: 0.04849 / Rrim(I) all: 0.1107 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.328 / Num. unique obs: 3199 / CC1/2: 0.944 / Rpim(I) all: 0.917

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V0N

2v0n


解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 19.693 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2591 1797 4.8 %RANDOM
Rwork0.2266 ---
obs0.2282 35759 98.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 175.76 Å2 / Biso mean: 62.313 Å2 / Biso min: 25.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.55 Å2-0 Å2-0.43 Å2
2---3.1 Å2-0 Å2
3---1.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4672 0 101 49 4822
Biso mean--65.47 45.56 -
残基数----586
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0134858
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0174660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6611.6356526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2711.58310740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9235584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.45122.326258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.01415910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9921536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021058
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8909 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 138 -
Rwork0.324 2557 -
all-2695 -
obs--97.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6538-0.62670.17941.73761.23787.5245-0.11510.1174-0.7055-0.3709-0.20230.20630.07770.54760.31740.30410.0417-0.05850.7903-0.00610.173115.779-5.1199.937
22.8449-0.6975-0.55761.49110.92471.55810.16650.1435-0.10310.0221-0.1699-0.06280.07720.06210.00340.02010.03340.01130.64960.01390.254329.94-3.66651.582
38.91640.00451.70831.03940.1596.53570.5854-0.34861.0798-0.0705-0.52850.1467-0.0854-0.4145-0.05680.20850.04740.02611.0477-0.14450.1943-5.376.42617.469
42.7064-1.69740.68761.7349-0.84042.35140.19990.1763-0.0901-0.1032-0.12860.26430.1263-0.0034-0.07130.01980.00520.00950.591-0.02370.3055-2.3941.55753.073
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 129
2X-RAY DIFFRACTION1A401
3X-RAY DIFFRACTION2A130 - 301
4X-RAY DIFFRACTION2A402 - 403
5X-RAY DIFFRACTION3B6 - 129
6X-RAY DIFFRACTION3B401
7X-RAY DIFFRACTION4B130 - 301
8X-RAY DIFFRACTION4B402 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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