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万見
- PDB-6zwt: Crystal structure of DNA-binding domain of OmpR of two-component ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zwt
タイトルCrystal structure of DNA-binding domain of OmpR of two-component system of Acinetobacter baumannii
要素Two-component response regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / OmpR of A. baumannii / two-component system
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA-binding dual transcriptional regulator OmpR
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Narwal, M. / Lucchini, V. / Trebosc, V. / Gartenmann, S. / Pieren, M. / Kemmer, C. / Kammerer, R.A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Innosuisse18838.1 PFLS-LS スイス
引用ジャーナル: Virulence / 年: 2022
タイトル: Targeting virulence regulation to disarm Acinetobacter baumannii pathogenesis.
著者: Trebosc, V. / Lucchini, V. / Narwal, M. / Wicki, B. / Gartenmann, S. / Schellhorn, B. / Schill, J. / Bourotte, M. / Frey, D. / Grunberg, J. / Trauner, A. / Ferrari, L. / Felici, A. / ...著者: Trebosc, V. / Lucchini, V. / Narwal, M. / Wicki, B. / Gartenmann, S. / Schellhorn, B. / Schill, J. / Bourotte, M. / Frey, D. / Grunberg, J. / Trauner, A. / Ferrari, L. / Felici, A. / Champion, O.L. / Gitzinger, M. / Lociuro, S. / Kammerer, R.A. / Kemmer, C. / Pieren, M.
履歴
登録2020年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two-component response regulator
B: Two-component response regulator
C: Two-component response regulator
D: Two-component response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,03010
ポリマ－52,4524
非ポリマー5786
水66737
1
A: Two-component response regulator
C: Two-component response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5205
ポリマ－26,2262
非ポリマー2943
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
2
B: Two-component response regulator
D: Two-component response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5105
ポリマ－26,2262
非ポリマー2843
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area11620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.470, 49.703, 52.727
Angle α, β, γ (deg.)90.07, 99.01, 103.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 152 - 257 / Label seq-ID: 6 - 111

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Two-component response regulator


分子量: 13112.907 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain SDF) (バクテリア)
株: SDF / 遺伝子: ompR, ABSDF0250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0VPC9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Bistris propane, Na2SO4, PEG 3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.2 Å / Num. obs: 23437 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 1999 / CC1/2: 0.74 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OPC

1opc


解像度: 2.2→48.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 11.185 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27297 1164 5 %RANDOM
Rwork0.24196 ---
obs0.24344 22272 98.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.525 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.26 Å21.08 Å2-0.08 Å2
2---2.86 Å20.49 Å2
3----1.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→48.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3245 0 34 37 3316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.6494555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2441.5777288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7555402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.09419.272206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.16115556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0381544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6913.2571620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6733.2561619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0994.8672015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.14.8682016
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5073.7031736
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5063.7031737
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4565.3772540
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.41437.3263550
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.41237.3323550
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A31030.05
12B31030.05
21A31840.05
22C31840.05
31A31060.07
32D31060.07
41B30530.06
42C30530.06
51B30850.06
52D30850.06
61C30640.07
62D30640.07
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 83 -
Rwork0.397 1607 -
obs--97.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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