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万見
- PDB-6zwa: CLIP peptide bound to chicken MHC class II molecule (BL-2) from B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zwa
タイトルCLIP peptide bound to chicken MHC class II molecule (BL-2) from B19 haplotype
要素
  • Invariant chain isoform p41,MHC class II beta chain 2
  • MHC class II alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / CLIP / MHC classII / BLA / BLB2
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC protein complex / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Generation of second messenger molecules / Cell surface interactions at the vascular wall / MHC class II antigen presentation / Co-inhibition by PD-1 / macrophage migration inhibitory factor binding / protein trimerization / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway ...MHC protein complex / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Generation of second messenger molecules / Cell surface interactions at the vascular wall / MHC class II antigen presentation / Co-inhibition by PD-1 / macrophage migration inhibitory factor binding / protein trimerization / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / T cell activation involved in immune response / positive regulation of type 2 immune response / MHC class II protein binding / cytokine receptor activity / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / antigen processing and presentation / MHC class I protein binding / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / intracellular protein transport / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / immune response / lysosomal membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain / CLIP, MHC2 interacting / : / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily ...MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain / CLIP, MHC2 interacting / : / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / MHC class II beta chain 2 / MHC class II alpha chain / Invariant chain isoform p41
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Halabi, S. / Brear, P. / Kaufman, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust110106/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CLIP peptide bound to chicken MHC class II BL-2 from B19 haplotype
著者: Halabi, S. / Kaufman, J.
履歴
登録2020年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class II alpha chain
B: Invariant chain isoform p41,MHC class II beta chain 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7613
ポリマ－45,6552
非ポリマー1061
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.863, 60.536, 53.855
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MHC class II alpha chain / MHC class II antigen alpha / MHC class II antigen alpha chain


分子量: 21119.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: B-LA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q4U5Z6
#2: タンパク質 Invariant chain isoform p41,MHC class II beta chain 2


分子量: 24535.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: Ii, CD74, BLB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6J613, UniProt: A5HUL4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS pH 8.5, 20.0% w/v PEG 4000, 200mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→55.9 Å / Num. obs: 50834 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.68-1.776.71.9725168677370.5410.8172.1381.199.7
5.3-55.845.70.062987917310.9950.0280.06822.398.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6T3Y

6t3y


解像度: 1.68→55.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.79 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 2441 4.8 %RANDOM
Rwork0.2164 ---
obs0.2182 48269 94.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.17 Å2 / Biso mean: 35.048 Å2 / Biso min: 13.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å20.02 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→55.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3064 0 7 129 3200
Biso mean--65.47 35.57 -
残基数----376
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133171
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.551.6454301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3371.5696409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0195373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.01621.683202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.04415494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.151527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023605
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02756
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.719 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 195 -
Rwork0.431 3642 -
obs--97.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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