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- PDB-6zw9: [4Fe-4S]-dependent thiouracil desulfidase TudS (DUF523Vcz) soaked... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zw9
タイトル[4Fe-4S]-dependent thiouracil desulfidase TudS (DUF523Vcz) soaked with 4-thiouracil (S-SAD data)
要素DUF523 domain-containing protein
キーワードTRANSFERASE / thiouracil / iron-sulfur cluster / desulfuration / sulfurtransferase
機能・相同性2-thiouracil desulfurase / 2-thiouracil desulfurase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / HYDROSULFURIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / IRON/SULFUR CLUSTER / DUF523 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.759 Å
データ登録者Pecqueur, L. / Zhou, J. / Fontecave, M. / Golinelli-Pimpaneau, B.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyLABEX DYNAMO, ANR-11-LABX-0011-01 フランス
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structural Evidence for a [4Fe-5S] Intermediate in the Non-Redox Desulfuration of Thiouracil.
著者: Zhou, J. / Pecqueur, L. / Aucynaite, A. / Fuchs, J. / Rutkiene, R. / Vaitekunas, J. / Meskys, R. / Boll, M. / Fontecave, M. / Urbonavicius, J. / Golinelli-Pimpaneau, B.
履歴
登録2020年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF523 domain-containing protein
B: DUF523 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1649
ポリマ－35,1622
非ポリマー1,0027
水7,422412
1
A: DUF523 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1355
ポリマ－17,5811
非ポリマー5544
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DUF523 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0294
ポリマ－17,5811
非ポリマー4483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.165, 85.519, 39.576
Angle α, β, γ (deg.)90, 94.01, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-492-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DUF523 domain-containing protein


分子量: 17580.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H4Z949

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非ポリマー , 5種, 419分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 5.5
詳細: Anaeroby, 10 mM MgCl2, 0.1 M MES, pH 5.5, 7-9% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.90745 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.90745 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.759→42.76 Å / Num. obs: 39587 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 9.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.76→1.84 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Num. unique obs: 1978 / CC1/2: 0.955 / Rrim(I) all: 0.283 / % possible all: 40.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSMar 15,2019 (BUILT 20190806)データ削減
STARANISO2.2.19データスケーリング
BUSTER2.10.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Z92

6z92


解像度: 1.759→24.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.104 / SU Rfree Blow DPI: 0.096 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.091
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1885 1967 -RANDOM
Rwork0.1679 ---
obs0.1689 39569 88.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2058 Å20 Å2-0.0888 Å2
2--0.3112 Å20 Å2
3----0.1054 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.759→24.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2226 0 33 412 2671
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082382HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.913245HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d824SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes415HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2382HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion298SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance6HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2728SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.05
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.8 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2925 36 -
Rwork0.3599 --
obs0.3566 792 23.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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