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- PDB-6zvy: X-RAY STRUCTURE OF THE HALOALKANE DEHALOGENASE HALOTAG7-Q165H-P17... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zvy
タイトルX-RAY STRUCTURE OF THE HALOALKANE DEHALOGENASE HALOTAG7-Q165H-P174R LABELED WITH A CHLOROALKANE-TETRAMETHYLRHODAMINE FLUOROPHORE SUBSTRATE
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE / HALOALKANE DEHALOGENASE / HALO / TAG / HALOTAG7 / SELF-LABELING PROTEIN / FLUOROPHORE / TETRAMETHYLRHODAMINE
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / membrane
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / : / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OEH / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Tarnawski, M. / Frei, M. / Hiblot, J. / Johnsson, K.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2022
タイトル: Engineered HaloTag variants for fluorescence lifetime multiplexing.
著者: Frei, M.S. / Tarnawski, M. / Roberti, M.J. / Koch, B. / Hiblot, J. / Johnsson, K.
履歴
登録2020年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase
B: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,30610
ポリマ－66,5922
非ポリマー1,7148
水11,674648
1
A: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1535
ポリマ－33,2961
非ポリマー8574
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1535
ポリマ－33,2961
非ポリマー8574
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.150, 47.340, 78.470
Angle α, β, γ (deg.)97.667, 90.193, 113.538
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase


分子量: 33296.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 遺伝子: dhaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3G3, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-OEH / [9-[2-carboxy-5-[2-[2-(6-chloranylhexoxy)ethoxy]ethylcarbamoyl]phenyl]-6-(dimethylamino)xanthen-3-ylidene]-dimethyl-azanium


分子量: 637.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H43ClN3O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 1.0 M lithium chloride, 20% (m/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999878 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999878 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 99388 / % possible obs: 87.5 % / 冗長度: 1.91 % / Biso Wilson estimate: 13.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 17.82
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 1.81 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Mean I/σ(I) obs: 5.57 / Num. unique obs: 14156 / CC1/2: 0.971 / % possible all: 66.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y7A

6y7a


解像度: 1.4→40.4 Å / SU ML: 0.1237 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 19.8836
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.18 4970 5 %
Rwork0.1621 94409 -
obs0.163 99379 87.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→40.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4710 0 114 648 5472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00565006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88166842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0813714
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076956
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.81943018
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.420.2354920.18171738X-RAY DIFFRACTION48.64
1.42-1.430.2051030.18781958X-RAY DIFFRACTION53.76
1.43-1.450.25241150.18162182X-RAY DIFFRACTION61.34
1.45-1.470.21011360.18462589X-RAY DIFFRACTION71.3
1.47-1.490.22321600.17613034X-RAY DIFFRACTION85.01
1.49-1.510.21680.17043204X-RAY DIFFRACTION89.3
1.51-1.530.22651760.16333331X-RAY DIFFRACTION91.33
1.53-1.550.19141700.16773242X-RAY DIFFRACTION92.24
1.55-1.580.1961790.16513392X-RAY DIFFRACTION92.83
1.58-1.60.20421720.16553276X-RAY DIFFRACTION92.51
1.6-1.630.19171770.1653352X-RAY DIFFRACTION91.83
1.63-1.660.20691710.16143259X-RAY DIFFRACTION92.43
1.66-1.690.19791770.16123370X-RAY DIFFRACTION92.35
1.69-1.730.17911740.15813306X-RAY DIFFRACTION92.43
1.73-1.760.18291750.15943321X-RAY DIFFRACTION92.32
1.76-1.80.1751740.16663295X-RAY DIFFRACTION92.16
1.8-1.850.19311720.17473279X-RAY DIFFRACTION91.15
1.85-1.90.21791750.17383326X-RAY DIFFRACTION91.89
1.9-1.960.18691720.16683266X-RAY DIFFRACTION91.24
1.96-2.020.17171730.1613275X-RAY DIFFRACTION91.14
2.02-2.090.18971740.16283318X-RAY DIFFRACTION91.56
2.09-2.170.19271720.16493273X-RAY DIFFRACTION91.28
2.17-2.270.17111740.16123292X-RAY DIFFRACTION92.13
2.27-2.390.20411750.16763320X-RAY DIFFRACTION92.17
2.39-2.540.16041723287X-RAY DIFFRACTION91.68
2.54-2.740.18181760.16993340X-RAY DIFFRACTION92.84
2.74-3.020.18711770.17213357X-RAY DIFFRACTION93.22
3.02-3.450.16171780.15053378X-RAY DIFFRACTION94.2
3.45-4.350.15521800.14443432X-RAY DIFFRACTION94.93
4.35-40.40.16031810.15713417X-RAY DIFFRACTION95.31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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