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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zvv | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF THE HALOALKANE DEHALOGENASE HALOTAG7-P174W LABELED WITH A CHLOROALKANE-TETRAMETHYLRHODAMINE FLUOROPHORE SUBSTRATE | ||||||
![]() | Haloalkane dehalogenase | ||||||
![]() | HYDROLASE / HALOALKANE DEHALOGENASE / HALO / TAG / HALOTAG7 / SELF-LABELING PROTEIN / FLUOROPHORE / TETRAMETHYLRHODAMINE | ||||||
機能・相同性 | ![]() haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tarnawski, M. / Frei, M. / Hiblot, J. / Johnsson, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-RAY STRUCTURE OF THE HALOALKANE DEHALOGENASE HALOTAG7-P174W LABELED WITH A CHLOROALKANE-TETRAMETHYLRHODAMINE FLUOROPHORE SUBSTRATE 著者: Tarnawski, M. / Frei, M. / Hiblot, J. / Johnsson, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 342.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 221.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 530.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 534.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 55.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6y7aS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 33315.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 1384分子 








#2: 化合物 | ChemComp-OEH / [ #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M calcium acetate, 20% (m/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 230075 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.16 % / Biso Wilson estimate: 14.16 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 2.46 % / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 3.18 / Num. unique obs: 40203 / CC1/2: 0.82 / % possible all: 91.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6Y7A 解像度: 1.4→42.29 Å / SU ML: 0.1543 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.1738 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→42.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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