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- PDB-6zvq: Complex between SMAD2 MH2 domain and peptide from Ski corepressor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zvq
タイトルComplex between SMAD2 MH2 domain and peptide from Ski corepressor
要素
  • Mothers against decapentaplegic homolog 2
  • Ski oncogene
キーワードTRANSCRIPTION / Phosphoserine / Signal transduction / Transcription modulation
機能・相同性
機能・相同性情報


nose morphogenesis / regulation of binding / zygotic specification of dorsal/ventral axis / histone deacetylase inhibitor activity / paraxial mesoderm morphogenesis / homomeric SMAD protein complex / activin responsive factor complex / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / nodal signaling pathway ...nose morphogenesis / regulation of binding / zygotic specification of dorsal/ventral axis / histone deacetylase inhibitor activity / paraxial mesoderm morphogenesis / homomeric SMAD protein complex / activin responsive factor complex / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / nodal signaling pathway / SMAD protein complex / endoderm formation / myotube differentiation / heteromeric SMAD protein complex / co-SMAD binding / odontoblast differentiation / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / lens morphogenesis in camera-type eye / negative regulation of Schwann cell proliferation / pericardium development / secondary palate development / trophoblast cell migration / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / embryonic foregut morphogenesis / transforming growth factor beta receptor binding / camera-type eye morphogenesis / Germ layer formation at gastrulation / primary miRNA processing / pulmonary valve morphogenesis / olfactory bulb development / Formation of definitive endoderm / type I transforming growth factor beta receptor binding / SMAD protein signal transduction / Signaling by BMP / myelination in peripheral nervous system / Signaling by Activin / negative regulation of activin receptor signaling pathway / activin receptor signaling pathway / Formation of axial mesoderm / positive regulation of BMP signaling pathway / Signaling by NODAL / camera-type eye development / response to cholesterol / embryonic cranial skeleton morphogenesis / I-SMAD binding / pancreas development / bone morphogenesis / aortic valve morphogenesis / signal transduction involved in regulation of gene expression / embryonic limb morphogenesis / anterior/posterior axis specification / negative regulation of ossification / face morphogenesis / insulin secretion / anterior/posterior pattern specification / ureteric bud development / endocardial cushion morphogenesis / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of DNA binding / organ growth / adrenal gland development / negative regulation of SMAD protein signal transduction / SMAD binding / R-SMAD binding / roof of mouth development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / mesoderm formation / somatic stem cell population maintenance / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of Wnt signaling pathway / anatomical structure morphogenesis / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / phosphatase binding / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of fibroblast proliferation / skeletal muscle fiber development / gastrulation / transcription repressor complex / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / post-embryonic development / neural tube closure / cell motility / lung development / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / cellular response to glucose stimulus / PML body / tau protein binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / disordered domain specific binding
類似検索 - 分子機能
: / c-SKI SMAD4-binding domain / Transcription regulator SKI/SnoN / c-SKI Smad4 binding domain / c-SKI Smad4 binding domain / SKI/SNO/DAC domain / Ski-like, DNA-binding domain superfamily / SKI/SNO/DAC Dachshund homology domain / MAD homology, MH1 / Dwarfin ...: / c-SKI SMAD4-binding domain / Transcription regulator SKI/SnoN / c-SKI Smad4 binding domain / c-SKI Smad4 binding domain / SKI/SNO/DAC domain / Ski-like, DNA-binding domain superfamily / SKI/SNO/DAC Dachshund homology domain / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / SAND-like domain superfamily / Putative DNA-binding domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D(-)-TARTARIC ACID / Ski oncogene / Mothers against decapentaplegic homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Purkiss, A.G. / Kjaer, S. / George, R. / Hill, C.S.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Mutations in SKI in Shprintzen-Goldberg syndrome lead to attenuated TGF-beta responses through SKI stabilization.
著者: Gori, I. / George, R. / Purkiss, A.G. / Strohbuecker, S. / Randall, R.A. / Ogrodowicz, R. / Carmignac, V. / Faivre, L. / Joshi, D. / Kjaer, S. / Hill, C.S.
履歴
登録2020年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mothers against decapentaplegic homolog 2
B: Ski oncogene
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,76615
ポリマ－29,3872
非ポリマー1,37913
水1,36976
1
A: Mothers against decapentaplegic homolog 2
B: Ski oncogene
ヘテロ分子

A: Mothers against decapentaplegic homolog 2
B: Ski oncogene
ヘテロ分子

A: Mothers against decapentaplegic homolog 2
B: Ski oncogene
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,29845
ポリマ－88,1616
非ポリマー4,13739
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566z+1/2,-x+3/2,-y+11
crystal symmetry operation12_664-y+3/2,-z+1,x-1/21
Buried area23060 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area25740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.820, 113.820, 113.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Space group name HallI2b2c3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z+1/2,x
#5: z,-x,-y+1/2
#6: -y+1/2,z,-x
#7: -z,-x+1/2,y
#8: -z+1/2,x,-y
#9: y,-z,-x+1/2
#10: x,-y,-z+1/2
#11: -x+1/2,y,-z
#12: -x,-y+1/2,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1
#18: -y+1,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1,y+1/2
#20: -z+1,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#23: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-664-

HOH

21A-672-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mothers against decapentaplegic homolog 2 / Mothers against DPP homolog 2 / JV18-1 / Mad-related protein 2 / hMAD-2 / SMAD family member 2 / hSMAD2


分子量: 25540.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMAD2, MADH2, MADR2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15796
#2: タンパク質・ペプチド Ski oncogene / Proto-oncogene c-Ski


分子量: 3846.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12755

-
非ポリマー , 4種, 89分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.449 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.809 % / 解説: Cubic crystals in phase separation droplets
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.5M Ammonium Sulphate, 0.15M Sodium Potassium Tartrate, 0.08M Tri-Sodium Citrate pH 5.6, 25% v/v Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月25日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→56.91 Å / Num. obs: 15983 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 37.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.04167 / Rrim(I) all: 0.1319 / Net I/σ(I): 12.24
反射 シェル解像度: 2.031→2.104 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 1.469 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique obs: 1565 / CC1/2: 0.635 / CC star: 0.881 / Rpim(I) all: 0.4846 / Rrim(I) all: 1.547 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1khx

1khx


解像度: 2.03→56.91 Å / SU ML: 0.1886 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.7317
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2101 1440 4.69 %
Rwork0.1641 29283 -
obs0.1665 15983 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→56.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1763 0 88 76 1927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00731902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91822582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0545280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065327
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9009284
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.10.28171220.26982938X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.190.3261980.25233008X-RAY DIFFRACTION99.97
2.19-2.290.27351820.20582838X-RAY DIFFRACTION99.9
2.29-2.410.23541620.18632941X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.560.26121020.16362934X-RAY DIFFRACTION99.97
2.56-2.760.24341420.22642956X-RAY DIFFRACTION100
2.76-3.030.24611830.18552886X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.470.2081430.15552948X-RAY DIFFRACTION99.94
3.48-4.370.1881460.11492916X-RAY DIFFRACTION100
4.38-56.910.16871600.14922918X-RAY DIFFRACTION99.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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