PDB-6zvm: Botulinum neurotoxin B2 binding domain in complex with GD1a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zvm

タイトル

Botulinum neurotoxin B2 binding domain in complex with GD1a

要素

Neurotoxin

キーワード

TOXIN / botulinum neurotoxin / ganglioside / gd1a / bont / b2

機能・相同性

機能・相同性情報

protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Davies, J.R. / Masuyer, G. / Stenmark, P.

引用

ジャーナル: Toxins / 年: 2020
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Botulinum Neurotoxin Subtype B2 Binding to Its Receptors.
著者: Davies, J.R. / Masuyer, G. / Stenmark, P.

履歴

登録	2020年7月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zvm.cif.gz	119.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zvm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zvm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/6zvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/6zvm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zvnC 4kbbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wkw-d 6thy-d 2zfu-d 6ooi-2 6rzs-d 5e1b-d 6zvn-d 3rsj-1 6jmg-1 1nkk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Neurotoxin

ヘテロ分子

53.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.639, 56.162, 76.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 121.996, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Neurotoxin / Neurotoxin B

分子量: 52464.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: bontb / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GR96

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1290.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2NCC/3=O]/1-2-3-4-2-3/a4-b1_b3-c2_b4-d1_d3-e1_e3-f2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₈O₃

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.16 M calcium acetate hydrate, 0.08 M MES pH 6.5, 14.4% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→63.816 Å / Num. obs: 46758 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 16.98 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.109 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2663 / CC_1/2: 0.682 / R_pim(I) all: 0.356 / R_rim(I) all: 0.777 / Χ²: 1 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4kbb

4kbb

解像度: 1.8→63.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2032	2081	4.453 %
R_work	0.164	44653	-
all	0.166	-	-
obs	-	46734	99.515 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.469 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.72 Å²	0 Å²	-0.442 Å²
2-	-	1.671 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.223 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→63.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3602	0	100	296	3998

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	3873
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.018	3430
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.351	1.663	5243
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.262	1.597	8008
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.408	5.034	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_1_deg	123.144	20	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.614	23.636	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.279	15.022	693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.019	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	853
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	583
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	3261
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.124	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.257	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.251	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.241	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.894	1.994	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.894	1.994	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.823	2.973	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.823	2.973	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.282	2.57	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.281	2.57	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.703	3.635	3055
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.702	3.635	3056
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.955	24.08	4374
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.935	23.856	4320

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.279	154	0.248	3146	X-RAY DIFFRACTION	96.1538
1.847-1.897	0.23	145	0.216	3167	X-RAY DIFFRACTION	98.7772
1.897-1.952	0.244	149	0.197	3106	X-RAY DIFFRACTION	99.5109
1.952-2.012	0.231	121	0.191	3068	X-RAY DIFFRACTION	99.5629
2.012-2.078	0.23	138	0.177	2962	X-RAY DIFFRACTION	99.7105
2.078-2.151	0.223	125	0.171	2839	X-RAY DIFFRACTION	99.9326
2.151-2.232	0.234	104	0.162	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.7899
2.232-2.323	0.203	153	0.151	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.8923
2.323-2.426	0.193	166	0.15	2496	X-RAY DIFFRACTION	99.9624
2.426-2.545	0.194	114	0.153	2415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.545-2.682	0.217	112	0.16	2330	X-RAY DIFFRACTION	99.9591
2.682-2.844	0.175	93	0.161	2201	X-RAY DIFFRACTION	99.9564
2.844-3.04	0.204	97	0.154	2053	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.283	0.186	80	0.16	1939	X-RAY DIFFRACTION	99.9505
3.283-3.596	0.194	64	0.162	1784	X-RAY DIFFRACTION	100
3.596-4.019	0.2	61	0.145	1635	X-RAY DIFFRACTION	100
4.019-4.638	0.141	57	0.121	1426	X-RAY DIFFRACTION	100
4.638-5.673	0.18	75	0.151	1208	X-RAY DIFFRACTION	100
5.673-7.992	0.244	46	0.206	952	X-RAY DIFFRACTION	100
7.992-63.73	0.237	27	0.2	551	X-RAY DIFFRACTION	99.8273

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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