PDB-6zvg: Psychrophilic aromatic amino acids aminotransferase from Psychrob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zvg

タイトル

Psychrophilic aromatic amino acids aminotransferase from Psychrobacter sp. B6 cocrystalized with substrate analog - L-indole-3-lactic acid

要素

Aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / psychrophilic / aminotranasferase / cold-adapted / enzyme / complex / indole-3-lactic acid / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H₂N-アミノ基を移すもの / L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Psychrobacter sp. B6 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Rum, J. / Rutkiewicz, M. / Pruska, A. / Bujacz, A. / Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Bujacz, G.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Materials (Basel) / 年: 2021
タイトル: Structural Evidence of Active Site Adaptability towards Different Sized Substrates of Aromatic Amino Acid Aminotransferase from Psychrobacter Sp. B6.
著者: Bujacz, A. / Rum, J. / Rutkiewicz, M. / Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Bujacz, G.

履歴

登録	2020年7月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/6zvg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/6zvg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6t3vC 6zupC 6zurC 4rkcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3paa-1 3ele-1 4rkd-1 5t4j-1 1aam-1 2aat-1 3asa-1 6l1o-d 4rkd-2 1bqd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminotransferase

B: Aminotransferase

C: Aminotransferase

D: Aminotransferase

ヘテロ分子

178 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aminotransferase

B: Aminotransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
89.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Aminotransferase

D: Aminotransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
89.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.267, 82.286, 98.208
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.420, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ILE	ILE	ILE	ILE	A	A	5 - 35	5 - 35
2	1	1	ILE	ILE	ILE	ILE	C	C	5 - 35	5 - 35
1	2	1	TYR	TYR	ALA	ALA	A	A	37 - 213	37 - 213
2	2	1	TYR	TYR	ALA	ALA	C	C	37 - 213	37 - 213
1	3	1	GLN	GLN	ASP	ASP	A	A	215 - 398	215 - 398
2	3	1	GLN	GLN	ASP	ASP	C	C	215 - 398	215 - 398
1	1	2	ASP	ASP	ILE	ILE	B	B	11 - 35	11 - 35
2	1	2	ASP	ASP	ILE	ILE	D	D	11 - 35	11 - 35
1	2	2	TYR	TYR	ILE	ILE	B	B	37 - 207	37 - 207
2	2	2	TYR	TYR	ILE	ILE	D	D	37 - 207	37 - 207
1	3	2	GLN	GLN	VAL	VAL	B	B	215 - 279	215 - 279
2	3	2	GLN	GLN	VAL	VAL	D	D	215 - 279	215 - 279
1	4	2	SER	SER	ASP	ASP	B	B	284 - 398	284 - 398
2	4	2	SER	SER	ASP	ASP	D	D	284 - 398	284 - 398

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.889001, 0.005724, -0.45787), (-0.004572, -0.999983, -0.003623), (-0.457883, -0.001127, 0.889012)	162.36702, 100.24147, 39.52943

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Aminotransferase 分子量: 44199.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Psychrobacter sp. B6 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: C7E5X4, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H₂N-アミノ基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 174分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-3IL / 3-(INDOL-3-YL) LACTATE / (2S)-2-HYDROXY-3-(1H-INDOL-3-YL)PROPANOIC ACID / 3-(1H-インド-ル-3-イル)乳酸分子量: 205.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₁NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M MgNO3, 20% PEG 3350, HEPES pH 7.5,

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月29日 / 詳細: Mirrors

放射

モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.59→47.1 Å / Num. obs: 41474 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.764 % / B_iso Wilson estimate: 66.409 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.131 / R_rim(I) all: 0.142 / Χ²: 0.925 / Net I/σ(I): 10.37 / Num. measured all: 280530

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.59-2.75	6.674	1.429	1.16	42499	6730	6368	0.582	1.546	94.6
2.75-2.94	6.909	0.85	2.11	43885	6368	6352	0.789	0.918	99.7
2.94-3.18	6.594	0.586	3.1	38833	5962	5889	0.863	0.636	98.8
3.18-3.48	7.009	0.3	6.24	37980	5450	5419	0.965	0.324	99.4
3.48-3.89	6.588	0.164	10.54	32303	4970	4903	0.988	0.178	98.7
3.89-4.48	7.004	0.085	18.49	30396	4371	4340	0.997	0.092	99.3
4.48-5.48	6.704	0.07	22.48	24645	3728	3676	0.996	0.076	98.6
5.48-7.69	6.662	0.056	27.08	19088	2905	2865	0.997	0.061	98.6
7.69-47.1	6.559	0.042	39.08	10901	1703	1662	0.998	0.045	97.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.9-1692	精密化
REFMAC	5.8.0103	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RKC

4rkc

解像度: 2.59→47.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 35.864 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2474	2074	5 %	RANDOM
R_work	0.1908	-	-	-
obs	0.1936	39400	98.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 175.33 Å² / B_iso mean: 79.24 Å² / B_iso min: 34.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.47 Å²	-0 Å²	-1.1 Å²
2-	-	0.2 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.59→47.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12228	0	101	163	12492
B_iso mean	-	-	72.07	56.1	-
残基数	-	-	-	-	1572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	12610
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.34	1.924	17074
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.944	5	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.227	24.441	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.481	15	2084
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.902	15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	9612

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	A	3038	2.91
2	B	2900	2.71

LS精密化シェル

解像度: 2.595→2.662 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	137	-
R_work	0.349	2604	-
all	-	2741	-
obs	-	-	88.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.32	-0.948	0.8552	2.0536	-0.7507	1.9013	0.1715	-0.3155	-1.1969	-0.0265	0.0316	0.5938	0.6344	-0.6284	-0.2031	0.3457	-0.141	0.0244	0.324	0.0534	0.4896	47.7872	32.6081	77.2634
2	3.1059	-0.7231	0.0279	3.095	0.8081	2.3218	0.2018	0.672	-0.5978	-0.5577	-0.1833	-0.1411	0.1746	0.1396	-0.0185	0.2467	0.0532	0.0691	0.1579	-0.1307	0.1689	60.9712	29.3409	57.5794
3	1.0578	-0.412	0.1777	4.9023	-0.655	2.0434	0.0491	-0.1228	-0.8932	0.1668	-0.0726	0.2296	0.6926	-0.4194	0.0235	0.3235	-0.1044	0.0186	0.163	0.0791	0.7705	56.654	16.9924	78.6163
4	1.9188	1.231	-0.3432	5.7802	-2.0866	1.7498	-0.0388	0.2556	0.2796	-0.4438	0.0311	-0.1555	-0.0724	0.2809	0.0077	0.138	-0.0115	0.0298	0.1767	-0.0049	0.1169	52.9013	58.7559	70.697
5	3.3692	-0.4069	0.6389	3.5513	-0.6452	2.2418	0.056	0.4104	-0.0956	-0.6395	0.0292	0.724	0.0925	-0.437	-0.0853	0.1669	-0.0013	-0.1098	0.1761	-0.0072	0.1574	32.1532	49.3569	60.4558
6	2.4387	0.1422	-0.2836	3.5509	-0.8712	2.9294	0.1557	0.4346	0.6839	-0.2206	0.1067	0.1842	-0.8129	-0.2515	-0.2623	0.2936	0.0777	0.0827	0.1628	0.0765	0.2541	43.5555	71.1365	64.2414
7	1.9759	-0.3252	0.1412	3.2242	0.6918	1.7243	-0.0946	-0.2996	0.6182	0.2619	-0.0135	-0.7501	-0.5433	0.5532	0.108	0.375	-0.1049	-0.1404	0.3667	0.0154	0.3568	84.8051	66.97	86.1955
8	2.1909	-0.4258	0.4311	3.1792	-1.1909	2.7503	-0.0247	0.5716	0.4348	-0.476	-0.2009	-0.3159	-0.2099	0.3522	0.2256	0.1918	-0.0424	0.0489	0.1851	0.1096	0.1252	82.1894	70.3017	62.7303
9	1.512	-0.5627	-0.02	2.8481	0.666	2.7482	-0.21	-0.2137	0.8146	-0.0427	-0.0786	-0.0489	-0.9532	0.353	0.2886	0.406	-0.0519	-0.1957	0.1636	-0.0773	0.4895	76.4691	82.59	83.4541
10	1.3258	-0.1342	-0.1331	5.8959	2.645	1.922	-0.021	0.3115	-0.2901	-0.335	0.0293	-0.0612	0.1447	-0.0448	-0.0083	0.1887	0.0173	-0.0037	0.2133	0.017	0.1626	83.2918	40.6911	77.9479
11	3.3838	-0.7334	-0.2051	2.4819	0.2654	1.4173	0.0128	0.2061	0.1117	-0.1138	-0.0938	-0.8026	0.0314	0.6021	0.081	0.1022	0.0408	0.0342	0.2997	0.0882	0.2905	106.3636	50.3773	78.5291
12	1.4777	0.4999	0.4278	3.2854	0.2552	3.395	-0.1214	0.2215	-0.5443	-0.0943	0.2742	-0.3934	1.1214	0.5892	-0.1528	0.4271	0.1463	0.0361	0.2532	-0.0426	0.2603	94.7601	28.4474	76.5863

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	67 - 287
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	288 - 398
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 66
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	67 - 287
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	288 - 398
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 66
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	67 - 287
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	288 - 398
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 66
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	67 - 287
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	288 - 398

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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