PDB-6zv5: CML1 crystal structure in complex with Lewis a tetrasaccharide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zv5

タイトル

CML1 crystal structure in complex with Lewis a tetrasaccharide

要素

Mucin-binding lectin 1

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / hexamer / fucose binding / lewis a

機能・相同性

carbohydrate binding / Lewis A antigen, beta anomer / Mucin-binding lectin 1

機能・相同性情報

生物種

Coprinopsis cinerea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Varrot, A. / Bleuler-Martinez, S.

資金援助

フランス,

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2022
タイトル: Structure-function relationship of a novel fucoside-binding fruiting body lectin from Coprinopsis cinerea exhibiting nematotoxic activity.
著者: Bleuler-Martinez, S. / Varrot, A. / Olieric, V. / Schubert, M. / Vogt, E. / Fetz, C. / Wohlschlager, T. / Plaza, D.F. / Walti, M. / Duport, Y. / Capitani, G. / Aebi, M. / Kunzler, M.

履歴

登録	2020年7月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2022年4月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2022年6月22日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zv5.cif.gz	184.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zv5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zv5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/6zv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/6zv5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zrwC 6zu2SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zu2-d 3mfw-1 4ixv-d 4ie1-1 6q92-2 1t4s-d 4gwd-1 6nbk-1 4hxq-2 5hja-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Mucin-binding lectin 1

BBB: Mucin-binding lectin 1

CCC: Mucin-binding lectin 1

DDD: Mucin-binding lectin 1

EEE: Mucin-binding lectin 1

FFF: Mucin-binding lectin 1

ヘテロ分子

86.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, mals AND saxs HAVE ALSO CONFIRMED THE HEXAMER FORMATION

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.925, 73.925, 119.592
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains AAA BBB
2	2	Chains AAA CCC
3	3	Chains AAA DDD
4	4	Chains AAA EEE
5	5	Chains AAA FFF
6	6	Chains BBB CCC
7	7	Chains BBB DDD
8	8	Chains BBB EEE
9	9	Chains BBB FFF
10	10	Chains CCC DDD
11	11	Chains CCC EEE
12	12	Chains CCC FFF
13	13	Chains DDD EEE
14	14	Chains DDD FFF
15	15	Chains EEE FFF

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質

Mucin-binding lectin 1

分子量: 13614.188 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Coprinopsis cinerea (菌類) / 遺伝子: cml1 / プラスミド: pET22b-CML1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B3VS76

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Lewis A antigen, beta anomer

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-3[LFucpa1-4]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a3-b1_a4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}[(4+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 691.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Lewis A antigen, beta anomer

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-3[LFucpa1-4]DGlcpNAcb1-3DGalpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2112h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-4/a3-b1_b3-c1_b4-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}[(4+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 673 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.6 M AMSO4, 100 mM trisodium pH 5.6. Crystal flashed freezed in liquid nitrogen after transfer in 2.5 M Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→43.7 Å / Num. obs: 52412 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 3768 / CC_1/2: 0.851 / R_pim(I) all: 0.274 / R_rim(I) all: 0.575 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZU2

6zu2

解像度: 1.95→43.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 3.295 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2392	2590	4.942 %
R_work	0.1869	49818	-
all	0.189	-	-
obs	-	52408	98.328 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-19.854 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-19.854 Å²	-0 Å²
3-	-	-	39.707 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→43.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5772	0	293	673	6738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	6218
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5489
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.734	1.657	8536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.46	1.572	12736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.427	5	750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.644	20.803	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.002	15	873
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.317	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	916
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	6748
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	5383
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	3104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	2793
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.154	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.121	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.546	3.16	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.54	3.159	3017
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.051	4.726	3762
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.055	4.726	3763
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.328	3.494	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.169	3.456	3157
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.424	5.154	4774
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.235	5.099	4709
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.69	38.426	6970
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.625	38.164	6888
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.055	0.05	3836
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.07	0.05	3821
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.064	0.05	3797
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.061	0.05	3837
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.062	0.05	3840
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.068	0.05	3821
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.066	0.05	3817
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.068	0.05	3841
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.063	0.05	3856
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.059	0.05	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.059	0.05	3849
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.061	0.05	3848
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.056	0.05	3849
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.059	0.05	3824
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.062	0.05	3864

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.001	0.59	223	0.475	3699	X-RAY DIFFRACTION	99.2158
2.001-2.055	0.366	175	0.365	3648	X-RAY DIFFRACTION	99.4537
2.055-2.115	0.329	160	0.329	3548	X-RAY DIFFRACTION	99.3569
2.115-2.18	0.381	157	0.29	3401	X-RAY DIFFRACTION	98.7236
2.18-2.251	0.35	223	0.245	3262	X-RAY DIFFRACTION	99.1183
2.251-2.33	0.27	179	0.234	3184	X-RAY DIFFRACTION	98.97
2.33-2.417	0.237	147	0.191	3116	X-RAY DIFFRACTION	98.9988
2.417-2.516	0.255	140	0.182	2946	X-RAY DIFFRACTION	98.6888
2.516-2.627	0.243	110	0.18	2883	X-RAY DIFFRACTION	98.6812
2.627-2.755	0.253	174	0.178	2702	X-RAY DIFFRACTION	98.3921
2.755-2.903	0.235	138	0.179	2528	X-RAY DIFFRACTION	98.2676
2.903-3.079	0.237	121	0.182	2437	X-RAY DIFFRACTION	97.4476
3.079-3.29	0.219	142	0.177	2245	X-RAY DIFFRACTION	97.9885
3.29-3.552	0.213	111	0.161	2113	X-RAY DIFFRACTION	97.0755
3.552-3.888	0.191	120	0.143	1943	X-RAY DIFFRACTION	97.5875
3.888-4.343	0.173	94	0.121	1737	X-RAY DIFFRACTION	96.9809
4.343-5.007	0.134	56	0.117	1562	X-RAY DIFFRACTION	96.7125
5.007-6.112	0.177	36	0.145	1312	X-RAY DIFFRACTION	95.4674
6.112-8.56	0.188	58	0.162	981	X-RAY DIFFRACTION	95.0595
8.56-43.7	0.176	26	0.174	571	X-RAY DIFFRACTION	95.0637

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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