PDB-5hja: Crystal structure of Leishmania mexicana arginase in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hja

タイトル

Crystal structure of Leishmania mexicana arginase in complex with inhibitor ABHDP

要素

Arginase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

arginine metabolic process / arginase / arginase activity / urea cycle / manganese ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Hai, Y. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of Leishmania mexicana arginase complexed with alpha , alpha-disubstituted boronic amino-acid inhibitors.
著者: Hai, Y. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2016年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hja.cif.gz	136.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hja.ent.gz	104.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hja.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hja_validation.pdf.gz	728.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hja_full_validation.pdf.gz	730.1 KB	表示
XML形式データ	5hja_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	5hja_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/5hja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/5hja	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hj9C 4ityS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hj9-1 4iu4-1 1hq5-1 1d3v-2 4gwc-2 4ity-1 1vkd-6 3cev-2 1wva-1 1t4r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arginase

ヘテロ分子

36.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Arginase

ヘテロ分子

A: Arginase

ヘテロ分子

A: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.934, 88.934, 113.867
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Arginase 分子量: 36034.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア) 遺伝子: ARG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TUJ5, arginase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-XA2 / (R)-2-amino-6-borono-2-(1-(3,4-dichlorobenzyl)piperidin-4-yl)hexanoic acid 分子量: 434.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₈BCl₂N₂O₅
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.2, 22% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月23日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 40479 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 22.4
反射シェル	最高解像度: 1.65 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC_1/2: 0.817 / R_pim(I) all: 0.316 / R_sym value: 0.73 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.3_1479	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
CBASS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4ITY

4ity

解像度: 1.65→45.783 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.97 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2125	2019	5.01 %
R_work	0.1873	-	-
obs	0.189	40270	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.783 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2312	0	36	146	2494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2404
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.806	3262
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.693	906
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	373
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	419

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.651-1.6923	0.3081	137	0.309	2620	X-RAY DIFFRACTION	90
1.6923-1.738	0.2917	127	0.2904	2762	X-RAY DIFFRACTION	95
1.738-1.7891	0.3431	140	0.2695	2749	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7891-1.8469	0.2876	135	0.2536	2712	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8469-1.9128	0.2468	136	0.2374	2747	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9128-1.9894	0.2655	138	0.238	2771	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9894-2.0798	0.2466	139	0.2315	2718	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0798-2.1894	0.2477	165	0.2168	2728	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1894-2.3264	0.2149	135	0.2084	2741	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3264-2.5058	0.2385	136	0.2033	2724	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5058-2.7576	0.2082	162	0.1945	2738	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7576-3.1557	0.2271	151	0.1884	2736	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1557-3.9721	0.186	155	0.1524	2723	X-RAY DIFFRACTION	95
3.9721-22.2355	0.1716	160	0.1449	2726	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.088	0.049	0.0249	0.0953	0.1487	0.1047	-0.0799	0.1547	-0.5329	-0.187	0.0992	-0.028	-0.0518	0.044	-0	0.2657	-0.0168	-0.0198	0.1666	-0.0766	0.1739	-17.5007	-23.305	29.4439
2	-0.0121	-0.0342	0.0171	-0.0178	0.0111	-0.0046	-0.3412	0.1931	0.0865	-0.2863	-0.0842	0.0451	0.1147	-0.151	-0	-0.1224	-0.1009	-0.836	0.3836	-0.1047	-0.4037	-34.4559	-10.2603	21.3672
3	-0.0071	0.0029	0.0107	0.0008	-0.0166	-0.0183	-0.2646	-0.0385	-0.2481	-0.0959	-0.0566	0.2001	0.1283	-0.0495	-0	0.1503	-0.0491	-0.041	0.1521	-0.0252	0.2939	-32.4336	-21.4217	34.3578
4	0.2555	-0.0763	0.1475	0.4306	0.0316	0.0545	-0.0539	-0.0864	0.0484	-0.0859	-0.0009	0.1747	0.0042	-0.0062	0	0.1133	-0.0055	-0.0218	0.129	-0.0177	0.1199	-24.3801	-8.2175	42.5403
5	-0.0059	-0.0005	0.0051	-0.0074	-0.0059	0.0001	-0.0262	0.1898	0.1026	-0.0832	-0.0307	0.0017	-0.1033	-0.1327	-0	0.2175	-0.0304	0.0479	0.237	-0.0081	0.1399	-10.5667	-2.8265	30.4288
6	-0.0046	0.062	0.0051	0.0721	0.0431	0.0092	-0.0991	0.0008	-0.1838	-0.1371	0.0481	-0.2924	0.0256	-0.0539	0	0.1635	-0.0192	-0.0015	0.1411	-0.0157	0.1201	-11.0405	-13.8587	38.4547
7	-0.0096	-0.0081	0.0308	-0.0063	0.0139	-0.0052	-0.0872	-0.1373	-0.1614	-0.1014	-0.0845	-0.1758	-0.0366	-0.0571	0	0.1547	-0.0165	0.0392	0.1317	-0.0394	0.2458	-5.1206	-18.995	36.9815

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 61 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 62 through 82 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 83 through 102 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 103 through 246 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 247 through 264 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 265 through 301 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 302 through 322 )

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