PDB-6zuj: Human serine racemase holoenzyme from 20% DMSO soak (XChem crysta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zuj

タイトル

Human serine racemase holoenzyme from 20% DMSO soak (XChem crystallographic fragment screen).

要素

Serine racemase

キーワード

ISOMERASE / PLP-dependent / D-serine / forebrain

機能・相同性

機能・相同性情報

serine family amino acid metabolic process / D-serine biosynthetic process / serine racemase / threonine racemase activity / serine racemase activity / D-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase / D-serine ammonia-lyase activity / L-serine ammonia-lyase activity / D-serine metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Koulouris, C.R. / Bax, B.D. / Roe, S.M. / Atack, J.R.

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Tyrosine 121 moves revealing a ligandable pocket that couples catalysis to ATP-binding in serine racemase.
著者: Koulouris, C.R. / Gardiner, S.E. / Harris, T.K. / Elvers, K.T. / Mark Roe, S. / Gillespie, J.A. / Ward, S.E. / Grubisha, O. / Nicholls, R.A. / Atack, J.R. / Bax, B.D.

履歴

登録	2020年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2022年5月4日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_id_ISSN

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	6zspC 7nbcC 7nbdC 7nbfC 7nbgC 7nbhC 6slhS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7nbg-1 7nbf-1 7nbc-1 7nbd-1 6cw5-1 1xqk-d 1sft-d 3h5k-d 3hmk-d 7nbd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Serine racemase

BBB: Serine racemase

CCC: Serine racemase

DDD: Serine racemase

ヘテロ分子

153 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Serine racemase

CCC: Serine racemase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
76.9 kDa, 2 ポリマー
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2

BBB: Serine racemase

DDD: Serine racemase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
76.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.062, 154.998, 85.652
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.260, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Serine racemase / D-serine ammonia-lyase / D-serine dehydratase / L-serine ammonia-lyase / L-serine dehydratase 分子量: 37683.977 Da / 分子数: 4 / 変異: C2D C6D / 由来タイプ: 組換発現詳細: Cofactor pyridoxal 5'-phosphate (PLP, LLP) is covalently bound to Lys56 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRR / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus (DE3)-RIL 参照: UniProt: Q9GZT4, serine racemase, D-serine ammonia-lyase, L-serine ammonia-lyase

#1: タンパク質

Serine racemase / D-serine ammonia-lyase / D-serine dehydratase / L-serine ammonia-lyase / L-serine dehydratase

分子量: 37683.977 Da / 分子数: 4 / 変異: C2D C6D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cofactor pyridoxal 5'-phosphate (PLP, LLP) is covalently bound to Lys56
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRR / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus (DE3)-RIL
参照: UniProt: Q9GZT4, serine racemase, D-serine ammonia-lyase, L-serine ammonia-lyase

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非ポリマー , 8種, 828分子

#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 100 mM MES pH 6.2 100 mM calcium chloride 5% ethylene glycol 20% PEG Smear Broad

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→84.764 Å / Num. obs: 111815 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.41 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 9.46
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.54 % / R_merge(I) obs: 0.704 / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / Num. unique obs: 5444 / CC_1/2: 0.651 / R_pim(I) all: 0.436 / R_rim(I) all: 0.829 / % possible all: 95.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6SLH

6slh

解像度: 1.8→84.764 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.213 / WR_factor R_work: 0.173 / SU B: 5.551 / SU ML: 0.1 / Average fsc free: 0.9068 / Average fsc work: 0.9203 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2198	5508	4.932 %
R_work	0.1789	106173	-
all	0.181	-	-
obs	-	111681	97.639 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.405 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.012 Å²	0 Å²	0.528 Å²
2-	-	-0.247 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.079 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→84.764 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9412	0	136	792	10340

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	10320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.319	1.628	14146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.449	5	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.181	24.425	391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.485	15	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.498	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7790
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	5676
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	7167
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	840
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.173	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.284	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.04	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.39	2.707	5424
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.325	4.04	6882
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.635	2.861	4896
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.579	4.222	7264
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.435	51.762	52324

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.298	385	0.286	7698	0.287	8481	0.833	0.834	95.3072	0.276
1.847-1.897	0.305	409	0.259	7481	0.261	8181	0.819	0.846	96.443	0.245
1.897-1.952	0.267	389	0.232	7377	0.234	7999	0.877	0.886	97.0871	0.217
1.952-2.012	0.261	365	0.212	7142	0.215	7798	0.886	0.906	96.2683	0.196
2.012-2.078	0.255	353	0.211	6962	0.213	7540	0.889	0.905	97.0159	0.195
2.078-2.151	0.232	371	0.193	6739	0.195	7239	0.914	0.927	98.218	0.178
2.151-2.232	0.243	359	0.184	6489	0.187	7027	0.917	0.933	97.4527	0.171
2.232-2.323	0.229	325	0.185	6256	0.187	6781	0.919	0.936	97.0506	0.173
2.323-2.427	0.256	286	0.186	6116	0.189	6546	0.907	0.927	97.8002	0.175
2.427-2.545	0.222	317	0.184	5760	0.186	6199	0.924	0.935	98.0319	0.174
2.545-2.683	0.225	289	0.177	5540	0.179	5922	0.932	0.945	98.4296	0.168
2.683-2.845	0.215	266	0.178	5247	0.18	5591	0.94	0.946	98.6049	0.169
2.845-3.041	0.211	246	0.168	4920	0.17	5228	0.937	0.952	98.8141	0.162
3.041-3.285	0.219	223	0.166	4618	0.169	4892	0.933	0.951	98.9575	0.163
3.285-3.598	0.185	217	0.159	4223	0.161	4501	0.956	0.958	98.6447	0.159
3.598-4.021	0.186	201	0.147	3837	0.149	4095	0.954	0.966	98.6081	0.15
4.021-4.642	0.173	186	0.139	3377	0.141	3588	0.961	0.969	99.3032	0.146
4.642-5.681	0.21	153	0.169	2872	0.171	3055	0.951	0.96	99.018	0.176
5.681-8.016	0.246	109	0.2	2264	0.202	2393	0.945	0.955	99.1642	0.207
8.016-84.764	0.205	59	0.174	1255	0.175	1325	0.948	0.967	99.1698	0.197

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.129	0.2717	-0.0216	0.696	0.0687	1.2198	0.0666	0.126	0.0507	-0.1247	0.024	0.0009	-0.0227	0.0047	-0.0906	0.0384	0.0185	0.0161	0.0927	0.0148	0.0536	-9.2835	-16.3519	28.273
2	0.5016	0.0353	0.0454	0.3449	0.0223	0.3156	0.0354	-0.0186	-0.0326	0.0122	0.0052	-0.0481	0.0111	0.0026	-0.0406	0.0073	0.0076	0.0112	0.0497	0.0104	0.0811	10.1611	-26.086	42.1325
3	2.4507	0.8428	-0.7348	1.0479	0.1243	0.4086	0.2502	0.0627	-0.3258	0.5119	-0.2555	-0.2751	0.1278	-0.1485	0.0053	0.3052	-0.1779	-0.0948	0.1251	0.0249	0.1006	-17.1357	-69.7156	87.4667
4	0.4432	-0.0026	-0.0018	1.0844	0.2416	0.6156	0.0058	-0.0241	0.0374	0.0184	0.0308	-0.1938	0.1149	-0.0788	-0.0366	0.0815	-0.0003	-0.0011	0.0249	-0.0035	0.0423	5.5076	-60.7139	79.3886
5	2.0098	-1.2818	-0.3736	1.619	0.2476	0.0752	0.1444	0.2113	0.0858	-0.2386	-0.1176	-0.0685	-0.0036	-0.0286	-0.0268	0.1475	0.0583	-0.0398	0.042	-0.0111	0.0308	18.4197	-67.1381	33.6368
6	0.4027	0.2102	-0.1116	1.1459	-0.356	0.248	0.0075	0.0406	0.0788	0.0588	0.0427	0.2078	0.0333	0.0103	-0.0502	0.0652	-0.0063	0.0013	0.0206	0.0127	0.0986	-5.5048	-57.938	41.8294
7	1.3267	1.0426	0.4774	1.3067	0.1406	0.9534	0.5328	0.0738	0.2352	0.524	-0.2269	0.2922	0.1311	0.1274	-0.3059	0.2409	-0.0253	0.1256	0.1628	-0.0319	0.229	9.661	-19.438	89.75
8	0.6044	-0.0391	-0.1308	0.3432	-0.1209	0.6349	0.0238	-0.025	-0.0134	-0.0072	-0.0073	0.0468	0.0147	-0.015	-0.0164	0.0139	-0.0037	0.018	0.0853	-0.0141	0.0384	-10.4384	-29.0765	75.8933

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	77 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	7 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	157 - 295
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	307 - 315
5	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	BBB	77 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	7 - 55
7	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	157 - 295
8	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	307 - 315
9	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	CCC	77 - 150
10	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	CCC	7 - 55
11	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	CCC	157 - 295
12	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	CCC	307 - 315
13	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	DDD	77 - 150
14	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	DDD	7 - 55
15	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	DDD	157 - 295
16	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	DDD	307 - 315

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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