PDB-6ztv: Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ztv

タイトル

Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized)

要素

Catalase HPII

キーワード

OXIDOREDUCTASE / catalase / hydrogen-peroxide / heme / iron / oxidative stress / artifact crystallization / impurities / contaminations

機能・相同性

機能・相同性情報

catalase / hyperosmotic response / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / iron ion binding / DNA damage response / heme binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Grzechowiak, M. / Sekula, B. / Ruszkowski, M.

資金援助

ポーランド,

米国, 3件

組織	認可番号	国
Polish National Science Centre	SONATA 2018/31/D/NZ1/03630	ポーランド
Polish National Science Centre	SYMFONIA 2016/20/W/ST5/00478	ポーランド
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	Intramural Research Program	米国

引用

ジャーナル: Acta Biochim.Pol. / 年: 2021
タイトル: Serendipitous crystallization of E. coli HPII catalase, a sequel to "the tale usually not told".
著者: Grzechowiak, M. / Sekula, B. / Jaskolski, M. / Ruszkowski, M.

履歴

登録	2020年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.4	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.5	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ztv.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ztv.ent.gz	973.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ztv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ztv_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ztv_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6ztv_validation.xml.gz	116.7 KB	表示
CIF形式データ	6ztv_validation.cif.gz	173.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/6ztv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/6ztv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ztwC 6ztxC 1ggeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4enq-d 4bfl-d 4enu-d 3ttt-d 3ttv-d 4env-d 4enw-d 4enp-d 4ent-d 3p9r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (20) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Catalase HPII

B: Catalase HPII

C: Catalase HPII

D: Catalase HPII

ヘテロ分子

340 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.784, 172.257, 123.176
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.517, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Catalase HPII / Hydroxyperoxidase II 分子量: 84346.477 Da / 分子数: 4 / 変異: S99N / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P21179, catalase
#2: 化合物	ChemComp-HDD / CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / HEME 分子量: 632.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2077 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 7.5, 20% w/v PEG 4000, 10% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→80 Å / Num. obs: 282120 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.56 % / B_iso Wilson estimate: 20.81 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 11.54
反射シェル	解像度: 1.78→1.89 Å / 冗長度: 4.62 % / R_merge(I) obs: 0.802 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Num. unique obs: 45601 / CC_1/2: 0.828 / R_rim(I) all: 0.905 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1gge

1gge

解像度: 1.78→69.43 Å / SU ML: 0.2598 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.1948
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2285	1410	-
R_work	0.1889	280398	-
obs	0.1891	281808	99.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→69.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22972	0	186	2077	25235

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0064	23855
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0912	32523
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0525	3425
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	4346
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.8614	8903

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.202413906243	-0.237065615432	-0.227318669616	1.82483540979	0.864528638185	0.48891183333	-0.0879607269038	-0.103016952032	-0.104635693392	0.373091735686	-0.103546130483	0.447457859818	0.0987963045464	-0.192620646803	0.163003768659	0.170796591903	-0.0219727721431	0.0639947805289	0.2959096584	-0.0167962193935	0.305365969378	-37.0685376337	-15.2186808951	41.7436823631
2	0.260654075346	0.00723830490762	-0.0395298642527	0.44703627448	0.296199859341	0.857427895787	0.00258479120588	-0.0410519186543	0.0821216722917	0.00317196041892	-0.0217047518847	0.0551285267773	-0.344820622677	-0.0404738350064	0.0301086373394	0.357900352402	-0.0365489548798	0.0390061356741	0.142301106512	-0.0113850931155	0.198399718798	-20.2595975447	7.88573764973	40.4994847171
3	0.21104584617	-0.107118440839	-0.216075668067	0.268701405427	0.216836364911	0.349040604052	0.054582127377	0.000982291479667	0.117132274559	-0.0514656081595	0.0121795132755	0.0143320986127	-0.465699137695	0.00676277222423	0.00380599893662	0.57583768582	-0.095894239819	0.0411974541268	0.0886281399863	-0.0093847836952	0.228285479775	-13.9017674316	13.1769731038	34.8168071258
4	0.271394761541	-0.020195396371	-0.0566509936692	1.32739848103	-0.519157942896	0.231658254599	-0.0201327329921	-0.193610802179	0.314506855864	0.072452066478	0.0301978962575	0.0681321499106	-0.453255688308	-0.0262861226425	-0.00518680374479	0.773502291976	-0.109588152314	0.108074023806	0.164263258231	-0.145817205754	0.29168421365	-16.4085740512	28.4474218122	54.9149311272
5	1.97870403175	-0.293643408325	-0.279648476946	1.65337343571	0.408303081396	2.31392595545	-0.052258346844	-0.281668302978	-0.178167181378	0.313317796998	-0.0575352416845	0.417853481059	0.0197768055856	-0.411050167078	0.170082231028	0.41736977452	-0.0199801149468	0.175480175643	0.313050622768	-0.0481448178016	0.353407975286	-41.4480562322	-1.20866233198	70.4437654283
6	1.6437498586	-0.418389891705	-0.240494447274	1.36981473051	0.583508417773	2.05702229563	0.0264171051429	-0.37289322677	0.0854945437288	0.356626797591	-0.11772471158	0.231348513664	-0.278613472764	-0.217918984954	0.0389382552333	0.597288860391	-0.0338132914861	0.142677017536	0.323450999261	-0.0688492783851	0.277633066885	-32.7308091494	11.2496951393	74.5677809414
7	1.15849870612	0.380414549802	-0.973229784392	0.196185149395	-0.162256408343	1.6568323408	-0.0641065317082	0.0841913744774	-0.11286652473	-0.0493769430372	0.109954342793	-0.1843062348	0.212538907696	0.770190864515	0.0157551334118	0.156240072944	0.0203643996129	0.00320831756284	0.609970074403	-0.0407797076522	0.283856535063	20.3843566848	-25.3854014978	23.8119048988
8	0.232306903889	-0.0310099909925	-0.149636579023	0.582679422946	0.0295099678596	1.04796512926	0.0279275136105	0.042234356655	0.0380178539024	-0.143243722595	0.0250802458812	-0.112575010393	-0.28666287907	0.361763665047	0.00180871682456	0.346434944334	-0.141317135161	0.0678226935551	0.23331108395	-0.00333049638103	0.200953616327	6.76719075323	-4.38731868096	9.79859933253
9	0.336137791057	-0.106941963179	-0.40471223552	0.449625766376	0.145959030799	0.361524303683	0.0163752087271	0.0591434161696	0.0495692691534	-0.221189607519	0.0633037244314	-0.0913852027556	-0.418209714904	0.318832687212	0.0609117709191	0.514612309067	-0.184725808097	0.0673355097524	0.163401882787	0.0361428425879	0.200346896038	1.33060115152	3.90785885187	10.8493844215
10	0.401680644593	0.124950282161	-0.238909996566	1.75499489659	-0.355136846153	0.208306139388	-0.0422403446215	0.360580587595	0.171496105193	-0.455764561498	0.0474111632721	-0.0983458417223	-0.197305323852	0.225399867843	0.0173715821877	0.751946015739	-0.21609105649	0.0968792957747	0.420047283537	0.0165781983786	0.194309370155	4.79152428342	3.28929159325	-14.3492017911
11	2.3659499891	2.20527443584	-1.1228453215	3.80377619541	-2.15246439968	1.24648294213	-0.0272659998873	-0.0502332951575	-0.21281636985	-0.104847006768	0.0539122860422	-0.514983492888	-0.0302103033663	0.677230152768	-0.0322244387958	0.301558843536	0.00284841503917	0.0928597109513	0.678287511543	-0.0420223378086	0.287479669392	25.5053273697	-32.2482120117	-7.34661015771
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20	0.273737464255	-0.0450102676628	-0.0873598839062	0.380123432168	0.262257024605	1.03953257572	-0.0366507968805	-0.136491284696	-0.0349417333713	0.205655793878	0.0388437366196	-0.0164362436119	0.092278613693	0.203028495641	0.00800318934089	0.314706425196	-0.00943433332019	0.0271125532494	0.18023889135	0.0236204249127	0.181763074995	-4.16701303398	-19.1826831532	54.3516452691
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 90 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 91 through 422 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 423 through 562 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 563 through 601 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 602 through 658 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 659 through 753 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 28 through 91 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 92 through 422 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 423 through 562 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 563 through 601 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 602 through 658 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 659 through 753 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 28 through 90 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 91 through 257 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 258 through 474 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 475 through 550 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 551 through 601 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 602 through 753 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 28 through 88 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 89 through 422 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 423 through 601 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 602 through 753 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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