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- PDB-6zt5: Complex between a homodimer of Mycobacterium smegmatis MfpA and a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zt5
タイトルComplex between a homodimer of Mycobacterium smegmatis MfpA and a single copy of the N-terminal 47 kDa fragment of the Mycobacterium smegmatis DNA Gyrase B subunit
要素
  • DNA gyrase subunit B
  • Pentapeptide repeat protein MfpA
キーワードISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ATPASE DOMAIN / GHKL SUPERFAMILY / PENTAPEPTIDE REPEAT PROTEIN / FLUOROQUINOLONE RESISTANCE / DNA GYRASE / DNA MIMICRY / RIGHT-HANDED QUADRILATERAL BETA-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Pentapeptide repeats (8 copies) / Pentapeptide repeat region / Pentapeptide repeat / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B ...: / Pentapeptide repeats (8 copies) / Pentapeptide repeat region / Pentapeptide repeat / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA gyrase subunit B / Pentapeptide repeat protein MfpA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Feng, L. / Mundy, J.E.A. / Stevenson, C.E.M. / Mitchenall, L.A. / Lawson, D.M. / Mi, K. / Maxwell, A.
資金援助 英国, 中国, 7件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)CEPAMS 英国
Wellcome Trust110072/Z/15/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P012523/1 英国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFC1603900 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0505901 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970136 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670137 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: The pentapeptide-repeat protein, MfpA, interacts with mycobacterial DNA gyrase as a DNA T-segment mimic.
著者: Feng, L. / Mundy, J.E.A. / Stevenson, C.E.M. / Mitchenall, L.A. / Lawson, D.M. / Mi, K. / Maxwell, A.
履歴
登録2020年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pentapeptide repeat protein MfpA
B: Pentapeptide repeat protein MfpA
C: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0046
ポリマ－89,7153
非ポリマー2883
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area32450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.545, 59.380, 141.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.710, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 9 - 188 / Label seq-ID: 10 - 189

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Pentapeptide repeat protein MfpA / Mycobacterial fluoroquinone resistance pentapeptide / Orf3


分子量: 21348.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Full wild-type sequence with a serine residue appended to the N-terminus left after cleavage of the affinity tag
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: mfpA, MSMEG_1641, MSMEI_1602 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QSY0
#2: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 47017.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1-427 of the wild-type sequence with a serine residue appended to the N-terminus left after cleavage of the affinity tag
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: gyrB, MSMEG_0005, MSMEI_0007 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0QNE0, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: NULL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→75.32 Å / Num. obs: 55380 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 68.8 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.266.51.8572930644810.6080.7872.0220.8100
9.33-75.26.70.03153047950.9910.0140.03566.999.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZT3, 6ZT4

6zt3

6zt4


解像度: 2.2→75.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 17.19 / SU ML: 0.189 / SU R Cruickshank DPI: 0.2021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2515 2825 5.1 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.2102 52549 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 164.08 Å2 / Biso mean: 70 Å2 / Biso min: 42.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.06 Å20 Å2-1.17 Å2
2--5.46 Å20 Å2
3----3.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→75.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5489 0 15 86 5590
Biso mean--92.11 67.32 -
残基数----709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0135660
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4411.6437674
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2451.58311838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5775716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.29920.381341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.06815918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6421562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021339
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5361 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 181 -
Rwork0.371 3854 -
all-4035 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.20390.2029-1.29415.0361-1.83498.0102-0.0746-0.37580.25760.92150.21480.2986-0.0116-0.4264-0.14020.30090.0871-0.03660.14890.01430.1965-18.318824.270473.5552
23.7881-1.3057-2.88255.24062.30857.0461-0.43770.1672-0.21990.29890.25110.0150.5823-0.55760.18660.1322-0.0611-0.09390.09760.03060.2244-13.472317.924660.5456
33.8315-2.1352-1.92547.98720.27035.7917-0.27710.3384-0.0334-0.07540.0237-0.13130.4269-0.48220.25340.0902-0.0676-0.06860.06680.01420.1762-10.66916.111851.2767
43.93580.1862-2.9532.35641.2498.2784-0.11840.5335-0.0957-0.44390.023-0.08310.3731-0.24170.09540.2446-0.071-0.04750.1644-0.04460.2505-7.833412.812841.7746
54.518-5.50775.97998.955-5.050310.18630.42780.63070.2541-0.6759-0.694-0.44570.52290.94150.26620.5930.11480.04290.6193-0.00730.335411.3065-14.6762-2.5321
66.51762.42811.16244.07271.01114.33940.10670.157-0.4419-0.429-0.196-0.38030.0410.57320.08930.3980.0875-0.08550.4695-0.03990.136714.6866-9.80612.2246
71.6147-0.0988-0.52223.26080.58934.28270.0994-0.04780.07340.0061-0.10330.1250.08750.27580.00390.2634-0.014-0.12660.31790.00390.1128.0032-2.806614.5032
83.7176-1.293-2.95183.38120.99846.89580.1204-0.17030.1627-0.075-0.12660.14020.03350.07520.00620.3-0.0906-0.09310.2272-0.03090.1807-1.35125.232529.4884
92.85130.8123-0.47236.73110.6123.0906-0.07850.69990.0521-0.4295-0.049-0.8949-0.03150.41850.12750.1938-0.0727-0.09860.7876-0.0040.3948-37.526930.991121.1856
103.34050.26091.45142.37470.82185.9666-0.02730.652-0.1313-0.30160.0072-0.46710.37540.55650.02020.1905-0.0429-0.0540.5905-0.01710.2915-41.151827.496821.8725
115.13594.20650.85447.66210.05632.455-0.0275-0.0009-0.10220.0103-0.10520.03740.2769-0.05960.13270.1671-0.00550.00330.29290.00370.2277-46.361627.926338.8604
126.4290.26231.22483.00660.27495.7659-0.15730.99510.2214-0.39840.1174-0.1934-0.32440.05880.03990.1184-0.0432-0.11120.1640.06870.3646-20.235642.413645.5525
138.762-8.81033.061413.1448-3.37475.1183-0.1901-0.53180.74020.39370.295-0.5468-0.35420.104-0.1050.101-0.0282-0.12240.0656-0.05980.3853-12.948841.233460.9564
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2A69 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3A129 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4A146 - 191
5X-RAY DIFFRACTION5B9 - 21
6X-RAY DIFFRACTION6B22 - 51
7X-RAY DIFFRACTION7B52 - 140
8X-RAY DIFFRACTION8B141 - 189
9X-RAY DIFFRACTION9C34 - 104
10X-RAY DIFFRACTION10C124 - 214
11X-RAY DIFFRACTION11C244 - 255
12X-RAY DIFFRACTION12C256 - 394
13X-RAY DIFFRACTION13C395 - 426

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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