PDB-6zt0: Crystal structure of the Eiger TNF domain/Grindelwald extracellul...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zt0

タイトル

Crystal structure of the Eiger TNF domain/Grindelwald extracellular domain complex

要素

Protein eiger
Protein grindelwald

キーワード

SIGNALING PROTEIN / TNF receptor / JNK cascade / TNF / signaling / extracellular / tumor necrosis factor

機能・相同性

機能・相同性情報

HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / : / positive regulation of sensory perception of pain / response to tumor cell / negative regulation of neuromuscular synaptic transmission / melanization defense response / asymmetric protein localization involved in cell fate determination / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor activity / engulfment of apoptotic cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Palmerini, V. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / Mapelli, M.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Drosophila TNFRs Grindelwald and Wengen bind Eiger with different affinities and promote distinct cellular functions.
著者: Palmerini, V. / Monzani, S. / Laurichesse, Q. / Loudhaief, R. / Mari, S. / Cecatiello, V. / Olieric, V. / Pasqualato, S. / Colombani, J. / Andersen, D.S. / Mapelli, M.

履歴

登録	2020年7月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月31日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zt0.cif.gz	115.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zt0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zt0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/6zt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/6zt0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zsyC 6zszC 1rj8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2w3x-2 1qrd-3 5vpj-1 4i4j-1 4ikx-d 4i4j-2 2o6t-1 4xni-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein eiger

AAAA: Protein grindelwald

ヘテロ分子

22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein eiger

AAAA: Protein grindelwald

ヘテロ分子

A: Protein eiger

AAAA: Protein grindelwald

ヘテロ分子

A: Protein eiger

AAAA: Protein grindelwald

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
68 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.707, 78.707, 57.657
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321
Space group name Hall	P32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-664- HOH
2	1	A-671- HOH
3	1	A-681- HOH
4	1	A-684- HOH

#1: タンパク質	Protein eiger 分子量: 16546.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: egr, Darth, CG12919 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8MUJ1
#2: タンパク質	Protein grindelwald 分子量: 5919.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: grnd, CG10176 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VJ83
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 14 % PEG 4000 0.2 M MgCl2 concentration 28 mg/ml

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→57.66 Å / Num. obs: 13860 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.73 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.207 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2.02→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.888 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 663 / CC_1/2: 0.569

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
autoPROC		データ収集
PHENIX	1.17_3644	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RJ8

1rj8

解像度: 2.02→44.02 Å / SU ML: 0.2682 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 25.5697
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2162	619	4.47 %
R_work	0.1913	13236	-
obs	0.1925	13855	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→44.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1546	0	12	118	1676

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	1604
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5819	2167
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0463	222
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	292
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.7828	221

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.02-2.22	0.3017	168	0.2763	3220	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.22-2.54	0.2396	171	0.2281	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-3.21	0.2305	126	0.1962	3333	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-44.02	0.1824	154	0.1593	3427	X-RAY DIFFRACTION	99.92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.02188116307	-0.160300763574	-0.957576832955	3.75910837922	1.05202084638	5.7425200209	0.133339275173	-0.269795364017	0.142818928556	0.404655186321	0.137422671725	-0.370468350381	0.196367756355	0.209689385174	0.0877894641379	0.236708254362	-0.0330483889662	-0.13295497015	0.243555299219	-0.0451971344585	0.294281849551	-23.9301556281	28.1599746485	16.9939618157
2	2.82311602429	-0.670260816483	0.935467975628	3.26322408233	1.7680880728	5.10115254308	-0.469702873458	-0.315838277017	-1.01293648348	0.399203606706	-0.255460270422	-0.691186711681	1.13604535152	1.00894770426	0.233984799158	0.426962227622	0.10026359131	0.138277104551	0.464626174773	-0.0229503741909	0.763668357455	-16.4501035885	13.7371294622	5.03084741666
3	1.97983638222	-0.881874886236	-1.96420667074	8.97476727404	6.44783609814	5.02662745487	0.110212855568	-0.0676466661864	0.223256267448	0.187067436971	0.0495240296374	-0.248715340171	-0.15326967113	0.464077900553	-0.132301058493	0.264904808937	0.00518074292042	-0.0926943480784	0.278635224942	-0.0255772242681	0.39015477913	-23.4962832027	31.0678644484	15.9587344386
4	2.192353908	-0.277658692919	0.0460055661742	2.50662656087	-1.07080022014	3.5174715618	0.014882779441	-0.529404948631	0.01501194351	0.481312574053	-0.0962839449585	-0.414960787694	-0.101634829336	0.410099911412	0.0507053165017	0.255916114122	-0.0123941439698	-0.0625000447468	0.272679624642	0.00240260173467	0.279359957851	-25.1267640469	22.4248495203	20.041688923
5	2.75437215564	0.145128484198	0.73970035775	2.14494754306	-1.17420297639	2.82346574683	0.0538552200492	-0.0269853886243	-0.0213661512179	0.0884825408036	0.114588531753	-0.117983223241	-0.0362434872662	0.210448617612	-0.147993942142	0.210308588316	-0.00103428369634	0.0220846116125	0.175355234147	-0.0441840206012	0.32296980518	-26.9846007941	18.5936605717	2.05409148415
6	1.53404477681	0.341895369202	2.92598708656	0.0656749990474	0.161359079195	9.85432648089	-0.208752871611	-0.100496244955	-0.0577272355745	0.0248254403368	-0.0259067242585	-0.364066632997	-0.0710245440147	-0.148765164691	0.281817864677	0.21384251257	0.00387632011777	0.00439787008623	0.148490934927	0.020284058825	0.254152428559	-31.3182328917	14.6609137282	6.05886265928
7	0.727186484039	-1.20262775902	-1.19734905672	2.2838880341	2.61106576412	3.06898160379	0.295992923341	0.646082257268	0.698396534611	-0.920871756305	0.304104372613	-1.08442895477	-1.09583766767	-0.260483781427	-0.678798853641	0.420518047618	0.0494797510508	0.119362403436	0.374801581623	0.0492627150524	0.183676646916	-33.4364210956	27.5250906341	-11.0630565391
8	2.13297182501	0.746515973938	-0.390296420388	2.56239205807	-0.252266243288	1.89523735825	0.116659817185	-0.255041123847	-0.110376168746	0.281938608173	0.0469246314374	0.00985921242235	0.194673292836	0.256703252928	0.0463608777547	0.199902979607	0.0238337038618	-0.0594451494094	0.192894377926	-0.00214847889639	0.2018632764	-33.3796943858	19.0317614881	12.4848348658
9	2.41229618997	0.472449499884	0.301620710724	2.86706339751	-0.674797110389	2.18783326891	0.0582030779622	-0.239730732103	-0.263552450555	0.535555900981	0.12570815882	-0.424092305698	-0.264902348252	0.418619036357	-0.119230817444	0.2392461572	0.0385827561032	-0.0844736189055	0.230678080688	0.0391136975661	0.386896545293	-21.7429946369	16.4120863057	12.5957637627
10	4.602792262	-1.08760124271	-0.697965974123	7.11510346387	0.209189428435	3.52419683179	0.0645461845791	-0.00589304130874	0.66506315109	-0.232080293222	0.189707096013	-0.657827995044	-0.405192706718	0.269879467781	-0.14184850245	0.161624195331	-0.0504805489727	0.00416123792462	0.181149622088	0.0123399243053	0.260738282265	-26.1197563928	32.2854920131	4.36215360042
11	4.68839461161	0.490445874845	-1.97844997354	2.29228373051	1.62797143598	2.37948856764	-0.234250101459	-0.345072086372	-0.377614589591	0.492138076174	-0.369804325277	-0.210042559992	-0.0924300153665	0.0542856378229	0.566151792377	0.22333453011	-0.0243007527665	-0.020024062257	0.272582125753	-0.0206964225031	0.182891541917	-31.5440056505	23.7899736879	19.7486362911
12	4.54986336546	-2.64606095672	1.16606199087	2.0008217656	-0.852052919795	0.471485239035	-0.0317931826329	0.144991529052	-0.0391101268916	-0.487934086513	-0.201334387132	-0.964673423283	0.361540207534	0.669567318611	0.016364947914	0.320323727261	0.0144933922893	0.116046134201	0.300156595329	-0.0446622635857	0.479635012212	-24.2058298869	-0.0434166939275	-9.87994688415
13	3.62818083738	-0.411947715363	-1.40501193305	3.16126420261	1.63190248339	5.92748023109	-0.0399290905797	0.257396612444	-0.165366621073	-0.197622217506	-0.0811579256518	0.0256720652306	0.0480605703577	-0.0287103138725	0.0368287352075	0.203652466191	-0.00837947323711	0.0125235795036	0.236728067911	0.0176748290805	0.3539601497	-26.4884343766	9.55144361444	-9.78371530543
14	2.42628428245	-3.22643181421	-0.682593194686	8.42662934996	5.48164576261	5.236222838	0.559374349721	-0.0317914584592	0.489920820432	-1.34557436067	-0.422980106272	-0.709683475052	-0.828162964643	0.245584963464	-0.218399266455	0.425133271012	-0.0258237990459	0.123523683268	0.279954784652	-0.00430866728731	0.380785195685	-22.8566696005	20.4911281321	-15.8416379979
15	9.66346384195	-1.41646575453	-2.61853328082	6.89476726934	-0.933188371748	7.07739788937	-0.19584397045	-0.349993949855	-0.584124446495	-0.384319536602	0.106223474068	-1.1578812667	0.223848718365	0.312714776252	0.0453792920712	0.265300269085	-0.0492915371558	0.139932614877	0.44562653133	-0.00845025815122	0.557464696657	-16.7051292611	11.2040798615	-11.4867717342

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 275 through 288 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 289 through 299 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 300 through 309 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 310 through 338 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 339 through 353 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 354 through 362 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 363 through 371 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 372 through 382 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 383 through 396 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 397 through 408 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 409 through 415 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'G' and (resid 31 through 44 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'G' and (resid 45 through 61 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'G' and (resid 62 through 69 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'G' and (resid 70 through 81 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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