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万見
- PDB-6zsh: The mechanism of activation of the actin binding protein EHBP1 by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zsh
タイトルThe mechanism of activation of the actin binding protein EHBP1 by Rab8 family members
要素(EH domain-binding protein 1) x 2
キーワードENDOCYTOSIS / Rab GTPase / EHBP1 / bMERB domain / CH domain
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis / protein transport / endosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
NT-type C2 domain / N-terminal C2 in EEIG1 and EHBP1 proteins / C2 NT-type domain profile. / bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / DUF3585 / : / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain ...NT-type C2 domain / N-terminal C2 in EEIG1 and EHBP1 proteins / C2 NT-type domain profile. / bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / DUF3585 / : / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
EH domain-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rai, A. / Bleimling, N. / Vetter, I.R. / Goody, R.S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)grant GO 284/10-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The mechanism of activation of the actin binding protein EHBP1 by Rab8 family members.
著者: Rai, A. / Bleimling, N. / Vetter, I.R. / Goody, R.S.
履歴
登録2020年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EH domain-binding protein 1
B: EH domain-binding protein 1
C: EH domain-binding protein 1
D: EH domain-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3634
ポリマ－51,3634
非ポリマー00
水2,342130
1
A: EH domain-binding protein 1
B: EH domain-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6822
ポリマ－25,6822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12700 Å2
手法PISA
2
C: EH domain-binding protein 1
D: EH domain-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6822
ポリマ－25,6822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.060, 48.190, 100.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.480, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 EH domain-binding protein 1


分子量: 12631.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EHBP1, KIAA0903, NACSIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NDI1
#2: タンパク質 EH domain-binding protein 1


分子量: 13050.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EHBP1, KIAA0903, NACSIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NDI1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M di-Ammonium hydrogen citrate 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月20日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→44.82 Å / Num. obs: 26307 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 50.832 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.876 / Net I/σ(I): 11.15 / Num. measured all: 173618 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.266.741.4622.0413069194019390.7121.58799.9
2.26-2.326.5981.2162.4212365187418740.7431.322100
2.32-2.396.3021.0252.8511394181218080.7621.1299.8
2.39-2.466.8960.8493.6312386179717960.8660.91999.9
2.46-2.5470.6674.5912047171817210.9220.721100
2.54-2.636.9030.5555.311500166716660.9270.60199.9
2.63-2.736.790.4456.0610987162216180.9570.48399.8
2.73-2.846.480.3517.2410147156615660.9620.382100
2.84-2.976.4580.2688.849526147914750.9720.29299.7
2.97-3.116.9720.21110.899887141714180.9870.228100
3.11-3.286.8960.16812.719516137913800.990.182100
3.28-3.486.7030.1216.158707130212990.9930.13199.8
3.48-3.726.1990.08818.977420120111970.9950.09699.7
3.72-4.026.30.07323.057176114311390.9960.0899.7
4.02-4.46.6080.06425.846846104110360.9970.06999.5
4.4-4.926.3110.05827.0559589489440.9970.06499.6
4.92-5.685.8670.05925.2948528328270.9970.06599.4
5.68-6.966.4110.0625.6846807327300.9970.06699.7
6.96-9.846.1330.04131.2834165615570.9970.04599.3
9.84-44.825.4860.03431.3917393273170.9990.03796.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D89

2d89


解像度: 2.2→44.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.386 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2298 1316 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.1796 24989 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 146.66 Å2 / Biso mean: 53.022 Å2 / Biso min: 26.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.79 Å20 Å2-1.78 Å2
2---1.14 Å2-0 Å2
3---3.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→44.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3190 0 0 130 3320
Biso mean---49.82 -
残基数----388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193244
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5951.9634366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96137286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1595384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.19624.024164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.82115626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4161528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02766
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7234.7941548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6964.7931547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0447.1641928
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 98 -
Rwork0.275 1834 -
all-1932 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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