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- PDB-6zs7: Crystal structure of delta466-491 cystathionine beta-synthase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zs7
タイトルCrystal structure of delta466-491 cystathionine beta-synthase from Toxoplasma gondii with L-cysteine
要素Cystathionine beta-synthase
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Transulfuration / hydrogen sulfide / L-cysteine / CBS
機能・相同性
機能・相同性情報


cystathionine beta-synthase / cysteine biosynthetic process via cystathionine / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P1T / Cystathionine beta-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Fernandez-Rodriguez, C. / Oyenarte, I. / Conter, C. / Gonzalez-Recio, I. / Quintana, I. / Martinez-Chantar, M. / Astegno, A. / Martinez-Cruz, L.A.
資金援助 スペイン, 4件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BFU2013-47531-R スペイン
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BES-2014-068464 スペイン
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BFU2016-77408-R スペイン
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BES-2017-080435 スペイン
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Structural insight into the unique conformation of cystathionine beta-synthase from Toxoplasma gondii .
著者: Fernandez-Rodriguez, C. / Oyenarte, I. / Conter, C. / Gonzalez-Recio, I. / Nunez-Franco, R. / Gil-Pitarch, C. / Quintana, I. / Jimenez-Oses, G. / Dominici, P. / Martinez-Chantar, M.L. / ...著者: Fernandez-Rodriguez, C. / Oyenarte, I. / Conter, C. / Gonzalez-Recio, I. / Nunez-Franco, R. / Gil-Pitarch, C. / Quintana, I. / Jimenez-Oses, G. / Dominici, P. / Martinez-Chantar, M.L. / Astegno, A. / Martinez-Cruz, L.A.
履歴
登録2020年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Cystathionine beta-synthase
A: Cystathionine beta-synthase
B: Cystathionine beta-synthase
C: Cystathionine beta-synthase
E: Cystathionine beta-synthase
F: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)337,65912
ポリマ－335,7506
非ポリマー1,9096
水00
1
D: Cystathionine beta-synthase
A: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5534
ポリマ－111,9172
非ポリマー6362
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8830 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area35430 Å2
手法PISA
2
B: Cystathionine beta-synthase
F: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5534
ポリマ－111,9172
非ポリマー6362
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8710 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area35250 Å2
手法PISA
3
C: Cystathionine beta-synthase
E: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5534
ポリマ－111,9172
非ポリマー6362
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8730 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area34880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.302, 82.302, 415.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 347 or (resid 348...
21(chain B and (resid 6 through 302 or (resid 303...
31(chain C and (resid 6 through 302 or (resid 303...
41(chain D and (resid 6 through 347 or (resid 348...
51(chain E and (resid 6 through 302 or (resid 303...
61(chain F and (resid 6 through 302 or (resid 303...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALALYSLYS(chain A and (resid 6 through 347 or (resid 348...AB6 - 3476 - 347
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 6 through 347 or (resid 348...AB348348
13ALAALAP1TP1T(chain A and (resid 6 through 347 or (resid 348...AB - H6 - 6016
21ALAALALEULEU(chain B and (resid 6 through 302 or (resid 303...BC6 - 3026 - 302
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 6 through 302 or (resid 303...BC303303
23ALAALAP1TP1T(chain B and (resid 6 through 302 or (resid 303...BC - I6 - 6016
24ALAALAP1TP1T(chain B and (resid 6 through 302 or (resid 303...BC - I6 - 6016
25ALAALAP1TP1T(chain B and (resid 6 through 302 or (resid 303...BC - I6 - 6016
26ALAALAP1TP1T(chain B and (resid 6 through 302 or (resid 303...BC - I6 - 6016
31ALAALALEULEU(chain C and (resid 6 through 302 or (resid 303...CD6 - 3026 - 302
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 6 through 302 or (resid 303...CD303303
33ALAALALYSLYS(chain C and (resid 6 through 302 or (resid 303...CD6 - 5126 - 512
34ALAALALYSLYS(chain C and (resid 6 through 302 or (resid 303...CD6 - 5126 - 512
35ALAALALYSLYS(chain C and (resid 6 through 302 or (resid 303...CD6 - 5126 - 512
36ALAALALYSLYS(chain C and (resid 6 through 302 or (resid 303...CD6 - 5126 - 512
41ALAALALYSLYS(chain D and (resid 6 through 347 or (resid 348...DA6 - 3476 - 347
42GLNGLNGLNGLN(chain D and (resid 6 through 347 or (resid 348...DA348348
43ALAALAP1TP1T(chain D and (resid 6 through 347 or (resid 348...DA - G6 - 6016
44ALAALAP1TP1T(chain D and (resid 6 through 347 or (resid 348...DA - G6 - 6016
45ALAALAP1TP1T(chain D and (resid 6 through 347 or (resid 348...DA - G6 - 6016
46ALAALAP1TP1T(chain D and (resid 6 through 347 or (resid 348...DA - G6 - 6016
51ALAALALEULEU(chain E and (resid 6 through 302 or (resid 303...EE6 - 3026 - 302
52LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 6 through 302 or (resid 303...EE303303
53ALAALALYSLYS(chain E and (resid 6 through 302 or (resid 303...EE6 - 5126 - 512
54ALAALALYSLYS(chain E and (resid 6 through 302 or (resid 303...EE6 - 5126 - 512
55ALAALALYSLYS(chain E and (resid 6 through 302 or (resid 303...EE6 - 5126 - 512
56ALAALALYSLYS(chain E and (resid 6 through 302 or (resid 303...EE6 - 5126 - 512
61ALAALALEULEU(chain F and (resid 6 through 302 or (resid 303...FF6 - 3026 - 302
62LYSLYSLYSLYS(chain F and (resid 6 through 302 or (resid 303...FF303303
63ALAALAP1TP1T(chain F and (resid 6 through 302 or (resid 303...FF - L6 - 6016
64ALAALAP1TP1T(chain F and (resid 6 through 302 or (resid 303...FF - L6 - 6016
65ALAALAP1TP1T(chain F and (resid 6 through 302 or (resid 303...FF - L6 - 6016
66ALAALAP1TP1T(chain F and (resid 6 through 302 or (resid 303...FF - L6 - 6016

-
要素

#1: タンパク質
Cystathionine beta-synthase


分子量: 55958.273 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (strain ATCC 50611 / Me49) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50611 / Me49 / 遺伝子: TGME49_259180
発現宿主: Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
参照: UniProt: A0A125YSJ9, cystathionine beta-synthase
#2: 化合物
ChemComp-P1T / 2-[({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)AMINO]ACRYLIC ACID


分子量: 318.220 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: 9% PEG 3350, 0.1M MES pH 6.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.178→138.66 Å / Num. obs: 46649 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.367 / Rpim(I) all: 0.125 / Rrim(I) all: 0.389 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 472238
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.178-3.36910.92.1272545323310.4110.6752.2321.434.7
8.982-138.669.70.0612256223320.9960.020.06427.899.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX1.18位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JBQ

1jbq


解像度: 3.5→67.43 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2814 1981 5 %
Rwork0.2713 37632 -
obs0.2718 39613 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.47 Å2 / Biso mean: 61.3415 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→67.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20980 0 126 0 21106
Biso mean--42.16 --
残基数----2802
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8172X-RAY DIFFRACTION4.37TORSIONAL
12B8172X-RAY DIFFRACTION4.37TORSIONAL
13C8172X-RAY DIFFRACTION4.37TORSIONAL
14D8172X-RAY DIFFRACTION4.37TORSIONAL
15E8172X-RAY DIFFRACTION4.37TORSIONAL
16F8172X-RAY DIFFRACTION4.37TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5-3.590.34621460.354327342880100
3.59-3.680.39361350.323226512786100
3.68-3.790.36191520.315526872839100
3.79-3.920.32421480.327827192867100
3.92-4.060.36641400.300326652805100
4.06-4.220.29441350.293626602795100
4.22-4.410.28111390.2882665280499
4.41-4.640.24581380.267827492887100
4.64-4.930.24591450.261626942839100
4.93-5.310.30421380.268426592797100
5.31-5.850.30051430.26627192862100
5.85-6.690.25071320.274926762808100
6.69-8.430.24911400.208227162856100
8.43-67.430.18631500.19212638278898
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 66.3709 Å / Origin y: -20.1469 Å / Origin z: 44.8255 Å
111213212223313233
T0.3673 Å2-0.0463 Å2-0.0259 Å2-0.3572 Å2-0.0005 Å2--0.4838 Å2
L0.0764 °2-0.0768 °2-0.043 °2-0.0839 °20.1627 °2--0.5269 °2
S-0.0596 Å °-0.08 Å °0.0626 Å °-0.0863 Å °-0.0429 Å °0.0585 Å °-0.1562 Å °-0.0297 Å °0.0956 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allD6 - 601
2X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 601
3X-RAY DIFFRACTION1allB6 - 601
4X-RAY DIFFRACTION1allC6 - 512
5X-RAY DIFFRACTION1allC601
6X-RAY DIFFRACTION1allE6 - 512
7X-RAY DIFFRACTION1allE601
8X-RAY DIFFRACTION1allF6 - 601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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