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- PDB-6zs1: Chaetomium thermophilum CuZn-superoxide dismutase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zs1
タイトルChaetomium thermophilum CuZn-superoxide dismutase
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / thermophilic fungus / superoxide / antioxidant / thermostability / metalloenzyme / metal-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / PHOSPHATE ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Papageorgiou, A.C. / Mohsin, I.
引用
ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2021
タイトル: Crystal Structure of a Cu,Zn Superoxide Dismutase From the Thermophilic Fungus Chaetomium thermophilum.
著者: Mohsin, I. / Zhang, L.Q. / Li, D.C. / Papageorgiou, A.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2010
タイトル: Expression, purification and crystallization of Chaetomium thermophilum Cu,Zn superoxide dismutase.
著者: Wakadkar, S. / Zhang, L.-Q. / Li, D.-C. / Haikarainen, T. / Dhavala, P. / Papageorgiou, A.C.
履歴
登録2020年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,10846
ポリマ－130,9528
非ポリマー2,15538
水44,2272455
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14070 Å2
ΔGint-295 kcal/mol
Surface area49490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.110, 89.110, 310.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量: 16369.033 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: There is clear density for Ile at residue 48 (coordinate file numbering) despite the original sequence contains a Thr at the same position YVE sequence at the N-terminal belongs to the ...詳細: There is clear density for Ile at residue 48 (coordinate file numbering) despite the original sequence contains a Thr at the same position YVE sequence at the N-terminal belongs to the expression vector secretion signal
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0013440 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: G0S1F8, superoxide dismutase

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非ポリマー , 6種, 2493分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 % / 解説: Bipyramids
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: NaK phosphate 1.2-1.4 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8047 Å
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8047 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→38.59 Å / Num. obs: 194568 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 19.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.008 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.56→1.64 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 29651 / CC1/2: 0.416 / Rrim(I) all: 0.146 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1f1g

1f1g


解像度: 1.56→38.59 Å / SU ML: 0.2459 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.0058
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2044 9737 5.01 %
Rwork0.1727 184679 -
obs0.1743 194416 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→38.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9012 0 86 2455 11553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00899358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.046812746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06331447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00691716
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.25193380
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.610.42248960.390617244X-RAY DIFFRACTION91.32
1.61-1.680.36739420.342717680X-RAY DIFFRACTION94
1.68-1.750.30329590.271318131X-RAY DIFFRACTION96.28
1.75-1.840.2689870.23818550X-RAY DIFFRACTION98.5
1.84-1.960.24099910.191318807X-RAY DIFFRACTION99.97
1.96-2.110.20679930.163318867X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.320.20279900.165918829X-RAY DIFFRACTION99.98
2.32-2.660.19919920.160618856X-RAY DIFFRACTION99.98
2.66-3.350.18149950.150518876X-RAY DIFFRACTION99.99
3.35-38.590.15479920.133618839X-RAY DIFFRACTION99.45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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