+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zs1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Chaetomium thermophilum CuZn-superoxide dismutase | ||||||
要素 | Superoxide dismutase [Cu-Zn] | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / thermophilic fungus / superoxide / antioxidant / thermostability / metalloenzyme / metal-binding protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular zinc ion homeostasis / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / cell redox homeostasis / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å | ||||||
データ登録者 | Papageorgiou, A.C. / Mohsin, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2021 タイトル: Crystal Structure of a Cu,Zn Superoxide Dismutase From the Thermophilic Fungus Chaetomium thermophilum. 著者: Mohsin, I. / Zhang, L.Q. / Li, D.C. / Papageorgiou, A.C. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun. 年: 2010 タイトル: Expression, purification and crystallization of Chaetomium thermophilum Cu,Zn superoxide dismutase. 著者: Wakadkar, S. / Zhang, L.-Q. / Li, D.-C. / Haikarainen, T. / Dhavala, P. / Papageorgiou, A.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zs1.cif.gz | 369.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6zs1.ent.gz | 239.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zs1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/6zs1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/6zs1 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1f1gS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 16369.033 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: There is clear density for Ile at residue 48 (coordinate file numbering) despite the original sequence contains a Thr at the same position YVE sequence at the N-terminal belongs to the ...詳細: There is clear density for Ile at residue 48 (coordinate file numbering) despite the original sequence contains a Thr at the same position YVE sequence at the N-terminal belongs to the expression vector secretion signal 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 遺伝子: CTHT_0013440 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: G0S1F8, superoxide dismutase |
---|
-非ポリマー , 6種, 2493分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-CU / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 % / 解説: Bipyramids |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: NaK phosphate 1.2-1.4 M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8047 Å |
検出器 | タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年4月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8047 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.56→38.59 Å / Num. obs: 194568 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 19.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.008 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.56→1.64 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 29651 / CC1/2: 0.416 / Rrim(I) all: 0.146 / % possible all: 92.2 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1f1g 解像度: 1.56→38.59 Å / SU ML: 0.2459 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.0058 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.56→38.59 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|