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- PDB-6zrx: Crystal structure of 6-dimethylallyltryptophan synthase from Micr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zrx
タイトルCrystal structure of 6-dimethylallyltryptophan synthase from Micromonospora olivasterospora in complex with DMASPP and Trp
要素DMATS type aromatic prenyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Complex / ABBA-barrel fold / Prenyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / alkaloid metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6C7 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRYPTOPHAN / DMATS type aromatic prenyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora olivasterospora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ostertag, E. / Stehle, T. / Zocher, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB -TR 261 ドイツ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Reprogramming Substrate and Catalytic Promiscuity of Tryptophan Prenyltransferases.
著者: Ostertag, E. / Zheng, L. / Broger, K. / Stehle, T. / Li, S.M. / Zocher, G.
履歴
登録2020年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: DMATS type aromatic prenyltransferase
BBB: DMATS type aromatic prenyltransferase
CCC: DMATS type aromatic prenyltransferase
DDD: DMATS type aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,57821
ポリマ－156,8414
非ポリマー2,73717
水17,493971
1
AAA: DMATS type aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8895
ポリマ－39,2101
非ポリマー6794
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: DMATS type aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8895
ポリマ－39,2101
非ポリマー6794
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
CCC: DMATS type aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9956
ポリマ－39,2101
非ポリマー7855
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
DDD: DMATS type aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8065
ポリマ－39,2101
非ポリマー5954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.021, 98.471, 89.185
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.487, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質
DMATS type aromatic prenyltransferase


分子量: 39210.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora olivasterospora (バクテリア)
遺伝子: MolI14.36, JD77_02062 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2MFY2

-
非ポリマー , 5種, 988分子

#2: 化合物
ChemComp-6C7 / S-(3-methylbut-2-en-1-yl) trihydrogen thiodiphosphate / DMASPP / DMAPP / DMADP / Dimethylallyl pyrophosphate / dimethylallyl diphosphate / isoprenyl pyrophosphate / りん酸3-メチル-2-ブテニルチオホスホニル


分子量: 262.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O6P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 971 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM Calcium acetate, 26% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→39.673 Å / Num. obs: 143483 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 30.3 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.69→1.79 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 92053 / CC1/2: 0.82 / Rrim(I) all: 0.68 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PHASER7.1.001位相決定
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5INJ

5inj


解像度: 1.7→39.673 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.239 / WRfactor Rwork: 0.204 / SU B: 2.863 / SU ML: 0.093 / Average fsc free: 0.9051 / Average fsc work: 0.9139 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2302 1671 1.2 %
Rwork0.2021 137632 -
all0.202 --
obs-139303 98.729 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 23.708 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.944 Å2-0 Å2-0.324 Å2
2--0.041 Å20 Å2
3----0.652 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.673 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10771 0 170 971 11912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01311550
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01710746
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2461.65215804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2131.57424749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.97151502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.0219.232625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.828151633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.90515130
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022622
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.22146
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1710.210049
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1510.25542
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0740.25017
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2901
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0850.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1720.254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1310.252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1742.455909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1742.455908
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0113.677420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0113.677421
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2032.5965641
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2022.5965642
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9823.8348376
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9823.8358377
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.17329.54612784
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.15629.48812731
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.7440.3331230.30510243X-RAY DIFFRACTION99.5869
1.744-1.7920.2711210.2739913X-RAY DIFFRACTION99.2876
1.792-1.8440.2551160.2519662X-RAY DIFFRACTION99.3295
1.844-1.90.2791130.2399302X-RAY DIFFRACTION98.2264
1.9-1.9620.2911030.2268485X-RAY DIFFRACTION92.8232
1.962-2.0310.2241070.2148798X-RAY DIFFRACTION99.5751
2.031-2.1080.2681050.2118570X-RAY DIFFRACTION99.9424
2.108-2.1930.212990.2038220X-RAY DIFFRACTION99.9159
2.193-2.2910.234970.1987955X-RAY DIFFRACTION99.9007
2.291-2.4020.243910.2017475X-RAY DIFFRACTION99.7232
2.402-2.5310.223880.1957171X-RAY DIFFRACTION99.4929
2.531-2.6840.226820.1946777X-RAY DIFFRACTION99.1758
2.684-2.8690.243770.26313X-RAY DIFFRACTION98.7635
2.869-3.0970.226720.1925917X-RAY DIFFRACTION98.8937
3.097-3.3910.183650.1895403X-RAY DIFFRACTION98.2217
3.391-3.7880.198580.1844732X-RAY DIFFRACTION94.8515
3.788-4.3670.22530.1724382X-RAY DIFFRACTION99.4841
4.367-5.3320.235460.1713722X-RAY DIFFRACTION99.3933
5.332-7.4740.199350.2272920X-RAY DIFFRACTION99.4615
7.474-39.6730.27200.2211673X-RAY DIFFRACTION98.6022

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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