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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zrh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of OXA-10loop24 in complex with ertapenem | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Beta-lactamase / OXA-10loop24 / carbapenem / ertapenem / acylenzyme / laboratory variant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å | ||||||
データ登録者 | Tassone, G. / Di Pisa, F. / Benvenuti, M. / De Luca, F. / Pozzi, C. / Mangani, S. / Docquier, J.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Mechanistic insights into carbapenem hydrolysis by OXA-48 and the OXA10-derived hybrids OXA-10 loop24 and loop48 著者: Tassone, G. / Di Pisa, F. / Benvenuti, M. / De Luca, F. / Pozzi, C. / Mangani, S. / Docquier, J.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zrh.cif.gz | 233.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zrh.ent.gz | 186 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zrh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/6zrh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/6zrh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27377.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: blaoxa-10, blaOXA-10, oxa-10, BK373_28375, CQP61_30695, E4K55_27185, FORC82_p097, GII67_09965 プラスミド: pLBII / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7BNC2, beta-lactamase #2: 化合物 | ChemComp-2RG / ( #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2.6 - 3 M ammonium sulfate and 100 mM TRIS, pH 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月3日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→35.73 Å / Num. obs: 82741 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.98 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 12261 / CC1/2: 0.781 / Rpim(I) all: 0.282 / Rrim(I) all: 0.538 / % possible all: 92.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3QNB 解像度: 1.88→35.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.258 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.98 Å2 / Biso mean: 20.342 Å2 / Biso min: 7.39 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.1903 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.88→35.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.88→1.929 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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