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- PDB-6zr5: Crystal structure of JNK1 in complex with ATF2(19-58) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zr5
タイトルCrystal structure of JNK1 in complex with ATF2(19-58)
要素
  • Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2
  • Mitogen-activated protein kinase 8
キーワードTRANSCRIPTION / MAPK SIGNALING PATHWAYS
機能・相同性
機能・相同性情報


abducens nucleus development / hypoglossal nucleus development / detection of cell density / H4 histone acetyltransferase complex / growth plate cartilage chondrocyte proliferation / facial nucleus development / growth plate cartilage chondrocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / cellular response to anisomycin ...abducens nucleus development / hypoglossal nucleus development / detection of cell density / H4 histone acetyltransferase complex / growth plate cartilage chondrocyte proliferation / facial nucleus development / growth plate cartilage chondrocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / cellular response to anisomycin / cAMP response element binding / leucine zipper domain binding / JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / basal dendrite / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / cAMP response element binding protein binding / histone H2B acetyltransferase activity / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / JUN kinase activity / Activation of BIM and translocation to mitochondria / brainstem development / cellular response to leucine starvation / NK T cell differentiation / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / vacuole organization / histone H4 acetyltransferase activity / neurofilament cytoskeleton organization / apoptotic process involved in development / NGF-stimulated transcription / positive regulation of cyclase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / motor neuron apoptotic process / response to osmotic stress / histone deacetylase regulator activity / NRAGE signals death through JNK / hepatocyte apoptotic process / Activation of the AP-1 family of transcription factors / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / p38MAPK cascade / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of protein metabolic process / outflow tract morphogenesis / energy homeostasis / white fat cell differentiation / peptidyl-threonine phosphorylation / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / mitogen-activated protein kinase / regulation of macroautophagy / adipose tissue development / response to mechanical stimulus / BMP signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / histone acetyltransferase activity / negative regulation of protein binding / response to UV / stress-activated MAPK cascade / NRIF signals cell death from the nucleus / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / cellular response to amino acid starvation / protein serine/threonine kinase binding / negative regulation of angiogenesis / Regulation of PTEN gene transcription / cellular response to reactive oxygen species / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FCERI mediated MAPK activation / mRNA transcription by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / liver development / Heme signaling / cellular response to mechanical stimulus / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / regulation of circadian rhythm / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to virus / lipid metabolic process / RNA polymerase II transcription regulator complex / histone deacetylase binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / : / protein import into nucleus / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular senescence / rhythmic process / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / site of double-strand break / MAPK cascade / regulation of protein localization / HATs acetylate histones / cellular response to lipopolysaccharide / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress
類似検索 - 分子機能
Transcription factor cyclic AMP-dependent, CRE-BP1-type / : / bZIP transcription factor / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site ...Transcription factor cyclic AMP-dependent, CRE-BP1-type / : / bZIP transcription factor / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2 / Mitogen-activated protein kinase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.699 Å
データ登録者Kirsch, K. / Zeke, A. / Remenyi, A.
資金援助 ハンガリー, 2件
組織認可番号国
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)NN 114309 ハンガリー
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)KKP 126963 ハンガリー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Co-regulation of the transcription controlling ATF2 phosphoswitch by JNK and p38.
著者: Kirsch, K. / Zeke, A. / Toke, O. / Sok, P. / Sethi, A. / Sebo, A. / Kumar, G.S. / Egri, P. / Poti, A.L. / Gooley, P. / Peti, W. / Bento, I. / Alexa, A. / Remenyi, A.
履歴
登録2020年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 8
C: Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2
B: Mitogen-activated protein kinase 8
D: Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,47612
ポリマ－93,2364
非ポリマー1,2408
水2,252125
1
A: Mitogen-activated protein kinase 8
C: Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2386
ポリマ－46,6182
非ポリマー6204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18050 Å2
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase 8
D: Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2386
ポリマ－46,6182
非ポリマー6204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.225, 110.400, 77.634
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 402 or (resid 4 through 5...
21(chain B and (resid 402 through 16 or (resid 17...
12(chain C and (resid 22 through 39 or (resid 40...
22(chain D and (resid 22 through 25 or (resid 26...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 402 or (resid 4 through 5...A402
121(chain A and (resid 402 or (resid 4 through 5...A4 - 5
131(chain A and (resid 402 or (resid 4 through 5...A3 - 362
141(chain A and (resid 402 or (resid 4 through 5...A3 - 362
151(chain A and (resid 402 or (resid 4 through 5...A3 - 362
161(chain A and (resid 402 or (resid 4 through 5...A3 - 362
211(chain B and (resid 402 through 16 or (resid 17...B402 - 16
221(chain B and (resid 402 through 16 or (resid 17...B17
231(chain B and (resid 402 through 16 or (resid 17...B4 - 362
241(chain B and (resid 402 through 16 or (resid 17...B4 - 362
251(chain B and (resid 402 through 16 or (resid 17...B4 - 362
261(chain B and (resid 402 through 16 or (resid 17...B4 - 362
112(chain C and (resid 22 through 39 or (resid 40...C22 - 39
122(chain C and (resid 22 through 39 or (resid 40...C40
132(chain C and (resid 22 through 39 or (resid 40...C22 - 60
142(chain C and (resid 22 through 39 or (resid 40...C22 - 60
152(chain C and (resid 22 through 39 or (resid 40...C22 - 60
162(chain C and (resid 22 through 39 or (resid 40...C22 - 60
212(chain D and (resid 22 through 25 or (resid 26...D22 - 25
222(chain D and (resid 22 through 25 or (resid 26...D26
232(chain D and (resid 22 through 25 or (resid 26...D19 - 60
242(chain D and (resid 22 through 25 or (resid 26...D19 - 60
252(chain D and (resid 22 through 25 or (resid 26...D19 - 60
262(chain D and (resid 22 through 25 or (resid 26...D19 - 60

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 8 / MAPK 8 / JNK-46 / Stress-activated protein kinase 1c / SAPK1c / Stress-activated protein kinase ...MAPK 8 / JNK-46 / Stress-activated protein kinase 1c / SAPK1c / Stress-activated protein kinase JNK1 / c-Jun N-terminal kinase 1


分子量: 42032.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8, JNK1, PRKM8, SAPK1, SAPK1C / プラスミド: PET DERIVATIVE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P45983, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2 / cAMP-dependent transcription factor ATF-2 / Activating transcription factor 2 / Cyclic AMP- ...cAMP-dependent transcription factor ATF-2 / Activating transcription factor 2 / Cyclic AMP-responsive element-binding protein 2 / cAMP-responsive element-binding protein 2 / HB16 / Histone acetyltransferase ATF2 / cAMP response element-binding protein CRE-BP1


分子量: 4585.252 Da / 分子数: 2 / Mutation: Q34R, H47R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATF2, CREB2, CREBP1 / プラスミド: PET DERIVATIVE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15336, histone acetyltransferase

-
非ポリマー , 4種, 133分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 10% PEG 20000, 20% PEG MME550, 0.03M MgCl2, 0.03M CaCl2, 0.1 M bicine/Trizma base, pH 8.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 100K-M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.699→44.943 Å / Num. obs: 23961 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.699-2.833.20.432.430510.8680.3760.57387.2
8.95-44.943.60.03925.35980.9940.0330.05283.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XS0, 1BHI

2xs0

1bhi


解像度: 2.699→44.943 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2562 1185 4.95 %
Rwork0.182 22746 -
obs0.1856 23931 90.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 236.22 Å2 / Biso mean: 82.7472 Å2 / Biso min: 28.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.699→44.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5959 0 68 125 6152
Biso mean--49.64 66.33 -
残基数----781
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2088X-RAY DIFFRACTION10.015TORSIONAL
12B2088X-RAY DIFFRACTION10.015TORSIONAL
21C208X-RAY DIFFRACTION10.015TORSIONAL
22D208X-RAY DIFFRACTION10.015TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6992-2.8220.39161440.3129269486
2.822-2.97070.39241640.2827293194
2.9707-3.15680.34791380.2394296194
3.1568-3.40050.29811470.2249292793
3.4005-3.74250.24931490.1808294293
3.7425-4.28370.21211490.1536286291
4.2837-5.39560.22141480.1467274187
5.3956-44.9430.23321460.1653268884
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.7214-0.9029-3.64972.69781.82832.41260.4090.303-0.08690.0250.056-0.24980.2287-0.3447-0.39410.53570.0135-0.02220.3934-0.0440.3641-32.947511.5898-4.2642
21.8126-0.0959-0.26452.673-3.52547.91710.07880.06050.017-0.0042-0.0333-0.07830.12780.0398-0.10210.33720.0003-0.00830.3225-0.02160.3955-33.999115.73612.748
35.10310.79660.43824.0989-0.95354.2866-0.2254-0.38050.45220.49520.17770.1737-0.7425-0.5484-0.03530.65190.1658-0.05880.6506-0.04280.4046-42.972215.234431.495
45.9149-4.3232-4.28964.1644.00573.8741-0.1299-0.63920.61010.32930.2635-0.812-0.48890.8602-0.33770.736-0.0733-0.13080.57580.08030.7349-32.002534.10154.5912
55.67550.89124.2929.49891.62733.36-0.0053-0.5295-0.12390.2667-0.23870.1164-0.2752-0.19010.41180.3641-0.04590.02550.60540.02680.3813-61.71567.902212.8456
62.4375-0.32431.9762.9096-1.55879.09190.08830.0725-0.00620.0051-0.0831-0.0610.13250.50180.0260.2784-0.00610.02270.5160.01260.4349-62.90413.7985-4.1577
75.50520.66342.22874.4795-0.17365.07720.09760.0472-0.2435-0.2590.063-0.11030.29040.271-0.11890.50880.05890.00150.44980.01460.3124-73.33772.9153-21.9323
82.62711.3804-1.46819.53813.48778.79270.36730.7279-0.11020.2759-0.4434-0.17151.15250.64470.14740.84550.0213-0.06510.76170.13030.7402-60.1759-14.67834.363
98.73030.29585.01918.588-0.22627.8370.3856-0.7097-1.53260.7257-0.0751-0.49050.51770.5861-0.1450.650.10030.00460.72060.11570.8113-20.8389-2.635923.7163
104.21-5.6069-2.92418.00842.68234.51730.79880.29410.5709-0.9259-0.4986-0.6751-0.0020.4164-0.23580.8042-0.0865-0.16120.88910.17960.9311-47.639521.2514-16.6574
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 6:55)A6 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 56:168)A56 - 168
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 169:341)A169 - 341
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 342:365)A342 - 365
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 6:55)B6 - 55
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 56:168)B56 - 168
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 169:341)B169 - 341
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 342:365)B342 - 365
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C)C)0
10X-RAY DIFFRACTION10(chain D)D)0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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