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- PDB-5xcv: Crystal structure of NZ-1 Fv-clasp fragment with its antigen peptide -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xcv | ||||||
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Title | Crystal structure of NZ-1 Fv-clasp fragment with its antigen peptide | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / antibody fragment / Fv-clasp | ||||||
Function / homology | ![]() lymphatic endothelial cell fate commitment / regulation of myofibroblast contraction / actin-mediated cell contraction / leading edge of lamellipodium / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of extracellular matrix disassembly / chemokine binding / Specification of primordial germ cells / lymphangiogenesis / regulation of lamellipodium morphogenesis ...lymphatic endothelial cell fate commitment / regulation of myofibroblast contraction / actin-mediated cell contraction / leading edge of lamellipodium / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of extracellular matrix disassembly / chemokine binding / Specification of primordial germ cells / lymphangiogenesis / regulation of lamellipodium morphogenesis / tetraspanin-enriched microdomain / positive regulation of platelet aggregation / filopodium membrane / anchoring junction / wound healing, spreading of cells / microvillus membrane / lamellipodium membrane / Rho protein signal transduction / response to hyperoxia / lymph node development / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / GPVI-mediated activation cascade / ruffle / filopodium / cell projection / lung development / platelet activation / ruffle membrane / cell-cell adhesion / cell migration / lamellipodium / cell junction / regulation of cell shape / protein-folding chaperone binding / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / cell adhesion / positive regulation of cell migration / membrane raft / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / mitochondrion / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Arimori, T. / Takagi, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Fv-clasp: An Artificially Designed Small Antibody Fragment with Improved Production Compatibility, Stability, and Crystallizability Authors: Arimori, T. / Kitago, Y. / Umitsu, M. / Fujii, Y. / Asaki, R. / Tamura-Kawakami, K. / Takagi, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 229.8 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 28.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 39.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5xcqC ![]() 5xcrC ![]() 5xcsC ![]() 5xctSC ![]() 5xcuC ![]() 5xcxC ![]() 4yo0S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 19370.854 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 18586.711 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() #3: Protein/peptide | Mass: 1345.432 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.2M Calcium acetate, 0.1M MES (pH 6.5), 20%(w/v) PEG8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Sep 21, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.14→50 Å / Num. obs: 46235 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 4.1 % / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 16.05 |
Reflection shell | Resolution: 2.14→2.18 Å / Redundancy: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.39 / Rsym value: 0.674 / % possible all: 99 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5XCT, 4YO0 Resolution: 2.143→41.762 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.36 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.143→41.762 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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