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- PDB-4ja9: Rat PP5 apo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ja9
タイトルRat PP5 apo
要素Serine/threonine-protein phosphatase 5
キーワードHYDROLASE / PP5 / activation / tau-dephosphorylation / neurodegenerative disease / Ser/Thr-Protein Phosphatase domain / Tetratricopeptide Repeat domain / Hsp90
機能・相同性
機能・相同性情報


ESR-mediated signaling / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / positive regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / response to arachidonate / Negative regulation of MAPK pathway / peptidyl-serine dephosphorylation / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity ...ESR-mediated signaling / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / positive regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / response to arachidonate / Negative regulation of MAPK pathway / peptidyl-serine dephosphorylation / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / proximal dendrite / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / protein folding chaperone complex / response to morphine / cellular response to cadmium ion / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / G-protein alpha-subunit binding / negative regulation of MAPK cascade / heat shock protein binding / Hsp70 protein binding / Hsp90 protein binding / response to lead ion / ADP binding / cellular response to hydrogen peroxide / perikaryon / microtubule binding / neuronal cell body / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / protein-containing complex / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
PP5, C-terminal metallophosphatase domain / PPP domain / PPP5 TPR repeat region / : / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Tetratricopeptide repeat ...PP5, C-terminal metallophosphatase domain / PPP domain / PPP5 TPR repeat region / : / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / 4-Layer Sandwich / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein phosphatase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Haslbeck, V. / Helmuth, M. / Alte, F. / Popowicz, G. / Schmidt, W. / Weiwad, M. / Fischer, G. / Gemmecker, G. / Sattler, M. / Striggow, F. ...Haslbeck, V. / Helmuth, M. / Alte, F. / Popowicz, G. / Schmidt, W. / Weiwad, M. / Fischer, G. / Gemmecker, G. / Sattler, M. / Striggow, F. / Groll, M. / Richter, K.
引用ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2015
タイトル: Selective activators of protein phosphatase 5 target the auto-inhibitory mechanism.
著者: Haslbeck, V. / Drazic, A. / Eckl, J.M. / Alte, F. / Helmuth, M. / Popowicz, G. / Schmidt, W. / Braun, F. / Weiwad, M. / Fischer, G. / Gemmecker, G. / Sattler, M. / Striggow, F. / Groll, M. / Richter, K.
履歴
登録2013年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references / Other
改定 1.22016年2月10日Group: Database references
改定 1.32016年8月10日Group: Database references
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8483
ポリマ－55,7991
非ポリマー492
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.090, 50.090, 379.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 5 / PP5 / Protein phosphatase T / PPT


分子量: 55799.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ppp5c / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL
参照: UniProt: P53042, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.2 M Mg(NO3)2, 20% PEG 3350, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月21日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 23047 / Num. obs: 22932 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.537 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4JA7

4ja7


解像度: 2.3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 20.802 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27172 1144 5 %RANDOM
Rwork0.2376 ---
obs0.23931 21718 99.79 %-
all-21718 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.084 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.16 Å20 Å20 Å2
2--2.16 Å2-0 Å2
3----4.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3755 0 2 63 3820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0193837
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9911.9615176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7338357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4275465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.27124.55189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.86215687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2761520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02895
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.32937460
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free36.141527
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.8257416
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 81 -
Rwork0.302 1526 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.2042 Å / Origin y: -1.523 Å / Origin z: -22.7721 Å
111213212223313233
T0.1119 Å20.0427 Å2-0.02 Å2-0.0308 Å2-0.0049 Å2--0.0393 Å2
L0.1905 °2-0.0022 °20.0679 °2-0.3355 °20.202 °2--0.7151 °2
S-0.025 Å °-0.0439 Å °-0.0514 Å °-0.0104 Å °0.0032 Å °-0.064 Å °-0.1253 Å °-0.1125 Å °0.0217 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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