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- PDB-5xcu: Crystal structure of 12CA5 Fv-clasp fragment with its antigen peptide -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xcu | ||||||
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Title | Crystal structure of 12CA5 Fv-clasp fragment with its antigen peptide | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / antibody fragment / Fv-clasp | ||||||
Function / homology | p53, subunit A / p53-like tetramerisation domain / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Arimori, T. / Takagi, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Fv-clasp: An Artificially Designed Small Antibody Fragment with Improved Production Compatibility, Stability, and Crystallizability Authors: Arimori, T. / Kitago, Y. / Umitsu, M. / Fujii, Y. / Asaki, R. / Tamura-Kawakami, K. / Takagi, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 275.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 224.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 463.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 465.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5xcqC ![]() 5xcrC ![]() 5xcsSC ![]() 5xctC ![]() 5xcvC ![]() 5xcxC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 19598.133 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 18699.033 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() #3: Protein/peptide | Mass: 1102.151 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 25%(w/v) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 27, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→44.58 Å / Num. obs: 29296 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 5.2 % / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 10.85 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.6 Å / Redundancy: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Rsym value: 0.64 / % possible all: 98.4 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5XCS Resolution: 2.454→44.58 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 27.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.454→44.58 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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