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万見
- PDB-6zqs: Crystal structure of double-phosphorylated p38alpha with ATF2(83-102) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zqs
タイトルCrystal structure of double-phosphorylated p38alpha with ATF2(83-102)
要素
  • Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2
  • Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSCRIPTION / MAPK SIGNALING PATHWAYS
機能・相同性
機能・相同性情報


abducens nucleus development / hypoglossal nucleus development / detection of cell density / H4 histone acetyltransferase complex / growth plate cartilage chondrocyte proliferation / facial nucleus development / growth plate cartilage chondrocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / cellular response to anisomycin / positive regulation of transforming growth factor beta2 production ...abducens nucleus development / hypoglossal nucleus development / detection of cell density / H4 histone acetyltransferase complex / growth plate cartilage chondrocyte proliferation / facial nucleus development / growth plate cartilage chondrocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / cellular response to anisomycin / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / cAMP response element binding / leucine zipper domain binding / cellular lipid metabolic process / cAMP response element binding protein binding / histone H2B acetyltransferase activity / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / cellular response to leucine starvation / brainstem development / NK T cell differentiation / vacuole organization / neurofilament cytoskeleton organization / histone H4 acetyltransferase activity / apoptotic process involved in development / NGF-stimulated transcription / positive regulation of cyclase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / motor neuron apoptotic process / CD163 mediating an anti-inflammatory response / response to osmotic stress / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation / DSCAM interactions / cellular response to UV-B / Platelet sensitization by LDL / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myoblast fusion / positive regulation of muscle cell differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / Myogenesis / hepatocyte apoptotic process / outflow tract morphogenesis / glucose import / Activation of the AP-1 family of transcription factors / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / ERK/MAPK targets / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / MAP kinase kinase activity / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / white fat cell differentiation / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mitogen-activated protein kinase / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of myoblast differentiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chondrocyte differentiation / adipose tissue development / BMP signaling pathway / hematopoietic progenitor cell differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / histone acetyltransferase activity / skeletal muscle tissue development / JNK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / p38MAPK events / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of angiogenesis / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / liver development / DNA damage checkpoint signaling / Regulation of PTEN gene transcription / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / cellular response to ionizing radiation / stem cell differentiation / positive regulation of glucose import / promoter-specific chromatin binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes
類似検索 - 分子機能
Transcription factor cyclic AMP-dependent, CRE-BP1-type / bZIP transcription factor / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site ...Transcription factor cyclic AMP-dependent, CRE-BP1-type / bZIP transcription factor / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3FF / Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kirsch, K. / Sok, P. / Poti, A.L. / Remenyi, A.
資金援助 ハンガリー, 2件
組織認可番号国
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)NN 114309 ハンガリー
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)KKP 126963 ハンガリー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Co-regulation of the transcription controlling ATF2 phosphoswitch by JNK and p38.
著者: Kirsch, K. / Zeke, A. / Toke, O. / Sok, P. / Sethi, A. / Sebo, A. / Kumar, G.S. / Egri, P. / Poti, A.L. / Gooley, P. / Peti, W. / Bento, I. / Alexa, A. / Remenyi, A.
履歴
登録2020年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
B: Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3743
ポリマ－43,9492
非ポリマー4251
水6,323351
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area16720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.401, 84.602, 122.533
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-629-

HOH

21A-704-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / ...MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / MAX-interacting protein 2 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Stress-activated protein kinase 2a / SAPK2a


分子量: 41647.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK14, CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MXI2, SAPK2A / プラスミド: PET DERIVATIVE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2 / cAMP-dependent transcription factor ATF-2 / Activating transcription factor 2 / Cyclic AMP- ...cAMP-dependent transcription factor ATF-2 / Activating transcription factor 2 / Cyclic AMP-responsive element-binding protein 2 / cAMP-responsive element-binding protein 2 / HB16 / Histone acetyltransferase ATF2 / cAMP response element-binding protein CRE-BP1


分子量: 2301.463 Da / 分子数: 1 / Mutation: S90N / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15336, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-3FF / 2-[(2,4-difluorophenyl)amino]-7-{[(2R)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}-10,11-dihydro-5H-dibenzo[a,d][7]annulen-5-one


分子量: 425.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H21F2NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 14% PEG 3350, 0.1 M cacodylate ph 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→69.62 Å / Num. obs: 30463 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 38.37 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 17.8 / Num. measured all: 380252 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.95-26.21.5991.118420.4250.6641.74488.2
8.94-69.6210.30.0361.539710.0090.03199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TCA

6tca


解像度: 1.95→69.62 Å / SU ML: 0.2265 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.277
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 1502 4.94 %
Rwork0.1753 28878 -
obs0.1776 30380 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→69.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2886 0 31 351 3268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00822988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08554070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0583456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4339407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.010.3638930.2842336X-RAY DIFFRACTION88.97
2.01-2.080.24771480.23122592X-RAY DIFFRACTION99.49
2.09-2.170.26661600.21012586X-RAY DIFFRACTION99.82
2.17-2.270.2291360.19682596X-RAY DIFFRACTION99.85
2.27-2.390.25031350.19362613X-RAY DIFFRACTION99.82
2.39-2.540.27831350.19442618X-RAY DIFFRACTION99.93
2.54-2.730.24941390.18312651X-RAY DIFFRACTION99.96
2.73-3.010.26281350.18072671X-RAY DIFFRACTION99.93
3.01-3.440.22011350.16452661X-RAY DIFFRACTION99.86
3.44-4.340.17541450.14652694X-RAY DIFFRACTION99.82
4.34-69.620.21421410.17292860X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.88898831514-2.090076975941.552911918772.22122668572-2.239530229597.767169458860.244589516083-0.0814946983066-0.360869821311-0.380791647573-0.08913191623270.7383052969740.184064519387-0.736336309691-0.1597813466410.4216653344920.0306185851379-0.03484083589890.385134348504-0.07729835357860.385120909005-18.4458567376-31.1436192915-3.00931090359
21.02181407594-0.2861129049650.1294617057961.49703842747-0.3589671759862.538668939730.0550980256993-0.112592195351-0.01665381469340.0945804664874-0.002895726331320.02638756263010.0643215532903-0.0910078119136-0.04955901517590.250469851661-0.0481242686812-0.01182354489970.29701427034-0.03148686047390.276829472583-10.8985061464-32.074746689621.5872150906
32.5507088055-0.985264001507-0.4571118138391.113101474950.4767028005221.87432912035-0.140851637489-0.3013399127270.2177187419940.1931276376290.121934855623-0.3076232320320.1170862040650.0940549174734-0.01306776885970.331867620576-0.0225255452678-0.09493749483560.387977603929-0.03733868330340.346800327229-0.192115554885-35.638179961328.852651272
49.28240221903-1.2796527782-4.739818021567.297743777971.610704406986.678835952740.2262912101280.2665020436910.570317908971-0.426157596512-0.0144842899873-0.402583260168-0.459280255338-0.0547704588981-0.2485874179390.319404909903-0.005919290043520.01566904477010.2125889101480.03240428713420.298300697651-14.6584648065-14.11396206057.52013366166
56.804678221921.81957343491-2.207515572943.30613279294-3.26573140733.255620291280.091630682991-0.7287126378730.5108810069770.5969019122970.04518833137510.802185755421-0.011049290522-0.93435108395-0.2280448794620.535093828604-0.1081279180490.01027356514290.888023102773-0.02874498920590.505090680637-25.5235357991-31.385516345339.5738677176
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 5 through 47 )AA5 - 472 - 44
22chain 'A' and (resid 48 through 261 )AA48 - 26145 - 258
33chain 'A' and (resid 262 through 333 )AA262 - 333259 - 330
44chain 'A' and (resid 334 through 352 )AA334 - 352331 - 349
55chain 'B' and (resid 88 through 101 )BC88 - 1011 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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