PDB-6zpw: Structure of Unliganded MgGH51 a-L-Arabinofuranosidase Crystal Type 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zpw

タイトル

Structure of Unliganded MgGH51 a-L-Arabinofuranosidase Crystal Type 2

要素

MgGH51

キーワード

HYDROLASE / arabinofuranosidse / glycosidase / GH51

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Meripilus giganteus (トンビマイタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.329 Å

データ登録者

McGregor, N.G.S. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structure of a GH51 alpha-L-arabinofuranosidase from Meripilus giganteus: conserved substrate recognition from bacteria to fungi.
著者: McGregor, N.G.S. / Turkenburg, J.P. / Morkeberg Krogh, K.B.R. / Nielsen, J.E. / Artola, M. / Stubbs, K.A. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

履歴

登録	2020年7月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zpw.cif.gz	468.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zpw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zpw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/6zpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/6zpw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zpsSC 6zpvC 6zpxC 6zpyC 6zpzC 6zq0C 6zq1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zq0-d 6zpx-d 6zpy-d 3n95-6 4cce-d 3n95-7 3n93-4 7csr-1 7cso-1 4ufk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: MgGH51

ヘテロ分子

71.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.953, 125.838, 161.226
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-939- HOH
2	1	AAA-1335- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	MgGH51 分子量: 67687.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Meripilus giganteus (トンビマイタケ) 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 739分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 719 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 mg/mL MgGH51 in 10 mM NaOAc pH 5.5, 100 mM NaCl mixed 2:1 with 2.4 M (NH4)2SO4, 0.1 M NaOAc, pH 6, 20% glycerol PH範囲: 6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.329→80.743 Å / Num. obs: 265496 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.33→1.35 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 12835 / CC_1/2: 0.521 / R_pim(I) all: 0.727 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZPS

6zps

解像度: 1.329→80.743 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / WR_factor R_free: 0.146 / WR_factor R_work: 0.124 / SU B: 1.258 / SU ML: 0.022 / Average fsc free: 0.9502 / Average fsc work: 0.9548 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.031 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1511	13118	4.941 %
R_work	0.1303	252355	-
all	0.131	-	-
obs	-	265473	99.849 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.393 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.249 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.341 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.329→80.743 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4788	0	229	719	5736

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	5228
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4498
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.931	1.681	7193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.655	1.592	10485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.043	5	656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.039	23.278	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.315	15	703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.701	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	728
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	5881
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	936
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	4208
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2499
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	440
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.107	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.569	1.409	2550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.505	1.405	2545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.724	2.124	3192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.724	2.124	3193
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.614	1.674	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.614	1.675	2679
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.111	2.452	3989
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.111	2.453	3990
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.027	18.528	5851
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.775	17.852	5695
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.555	3	9726

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.329-1.364	0.276	937	0.266	18312	X-RAY DIFFRACTION	98.5158
1.364-1.401	0.248	911	0.23	18143	X-RAY DIFFRACTION	99.958
1.401-1.442	0.226	857	0.198	17633	X-RAY DIFFRACTION	99.9838
1.442-1.486	0.2	930	0.178	17043	X-RAY DIFFRACTION	99.9444
1.486-1.535	0.171	860	0.15	16627	X-RAY DIFFRACTION	99.9943
1.535-1.589	0.163	865	0.133	15978	X-RAY DIFFRACTION	99.9585
1.589-1.649	0.15	848	0.113	15502	X-RAY DIFFRACTION	99.9878
1.649-1.716	0.134	780	0.102	14911	X-RAY DIFFRACTION	99.9936
1.716-1.792	0.134	714	0.093	14357	X-RAY DIFFRACTION	99.9469
1.792-1.88	0.128	719	0.093	13705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.982	0.133	657	0.099	13082	X-RAY DIFFRACTION	99.9927
1.982-2.102	0.13	637	0.106	12322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.102-2.247	0.132	605	0.104	11686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.247-2.427	0.13	585	0.104	10802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.427-2.658	0.127	488	0.109	10020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.658-2.972	0.144	522	0.124	8995	X-RAY DIFFRACTION	100
2.972-3.432	0.156	408	0.141	8046	X-RAY DIFFRACTION	99.9882
3.432-4.203	0.137	366	0.125	6804	X-RAY DIFFRACTION	100
4.203-5.941	0.155	265	0.151	5348	X-RAY DIFFRACTION	100
5.941-80.743	0.205	164	0.226	3040	X-RAY DIFFRACTION	99.8753

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